rogerzhanglijie的专栏

原创 利用MODLLER同源建模的基本步骤

最近开始系统的学习一下同源建模的过程,前段时间学习的时候简直就是一头雾水，不知道到底这玩艺儿怎么弄，现在终于理解了一点皮毛的东西，或许连皮毛也不算。 前期的准备工作（这里介绍并没有结构的蛋白序列的从头建立结构的过程）首先：把你需要建立结构的蛋白序列写成modeller能够识别的文件格式>P1;TvLDHsequence:::::::::MSEAAHVLITGAAGQIGYI

原创 mysql安装过程中出现错误 ERROR 1820 (HY000): You must SET PASSWORD before executing this statement

最近新装好的mysql在进入mysql工具时，总是有错误提示:# mysql -u root -pEnter password:ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)或者# mysql -u root -p password 'newpassword'

原创 Linux中的shell编程

shell变量      1：两类变量：临时变量和永久变量           临时变量是shell程序内部定义的，适用范围仅限于程序内部，对其他程序不可见。包括：用户自定义变量，位置变量。永久变量是环境变量，其值不随shell脚本的执行结束而消失。      2：用户自定义变量要以字母或下划线开头，由字母，数字，下划线组成。在使用变量时，要在变量前面加"$"符号。      3：

原创 Linux中利用crontab创建计划任务

在linux中启动crontab服务：/etc/init.d/crond  startcrontab的命令格式crontab -l   显示当前的crontab 文件（默认编写的crontab文件会保存在 (/var/spool/cron/用户名   例如: /var/spool/cron/roger)crontab -r 删除当前的crontab (谨慎使用此方法，因为将会把

原创 台式机共享笔记本的无线网络（只需要一根网线）

以windowsXP系统为例一、笔记本的设置方法：1.先将笔记本的无线连接共享给有线网卡将鼠标放到桌面的网上邻居上，按鼠标右键，选属性，再将鼠标放到无线连接上，又是按鼠标右键，选属性，在弹出的窗口里，点击顶部的高级，在允许其他网络用户通过此计算机的Internet连接来连接(N)前面打勾，再打开家庭网络连接(H):下面的下拉式菜单，选择本地连接，然后确定。2.记录无线网卡的信息，便

原创 Linux 启动的流程

原创 Adaptively biased MD,steered MD, and umbrella sampling with REMD

Adaptively Biased Molecular Dynamics (ABMD)Reaction Coordinatesvariable 部分用于定义反应的坐标,这部分必须包含一个关键字"type",以及一个STRING值，以及一系列的整数（整数的数量取决于变量的类型）,对于一些反应坐标的类型, Variable部分的必须包含一系列的实数值,r, r的长度取决于具体的类型。现

原创 Amber中的NMR restraint中的一些参数的设置的意义

在对结构中的对距离角度，二面角，距离等加入限制时需要首先在输入文件中加入一些参数来应用这些限制.DISANG="限制文件的路径"          nmropt 参数值设置为大于0时，应用限制文件中的限制。 当设置pencut这个参数为负数时，所有的限制将会被打印出来.参数列表"&rst"包含下面的参数。如果你想只包含重量的变化但是没有内部的限制,设置nmropt=1这个参数值. &r

原创 加限制的最小化的文件

图片中参数的解释：ntx选项用于从"inpcrd"文件中读取初始的坐标，速度和盒子信息。如果从最小化或者构建模型坐标的过程开始，则需要选择的参数值为1或者2.如果使用MD中的重新开始的文件（通常的命名规则为.rst结尾的文件), 则需要使用的参数值为4-7. 只有选项值1和5为经常使用的选项值.ntx=1，在读取轨迹文件的时候不读取轨迹文件中的速度的内容ntx=5, 以格式化的形式读取

原创 3NSS四聚体水盒子中相对应的氨基酸以及侧链的残基序号

A链：  NLN-> 65         4YB->1549      4YB-> 1550      VMA-> 1551    YMA->1552   B链：  NLN->452        4YB->1559       4YB-> 1560      VMA-> 1561   YMA-> 1562 C链： NLN-> 839        4YB-> 1569

原创 Amber中对体系的距离角度和二面角加以限制

产生NMR的限制：在使用加限制的PDB文件时，文件中的结构必须包含H原子，如果不包含可以使用命令： ambpdb -aatm  -p prmtop amb.pdb做此步的目的是保留正确的原子序号.1.距离的限制为了获得Amber中sander程序的距离限制的输入文件，我们需要准备一个7列的限制输入文件.对于文件中的每一行表示一个限制.1st_res# 1st_res_nam

原创 利用Amber构建糖蛋白体系的整个流程

利用了两周的时间，总算摸清楚了应该如何构建糖蛋白体系，由于我的体系是通过找到潜在的糖基化位点，利用糖基化之后的蛋白来构建Amber能够识别的体系。首先：利用 Glyprot来构建你所需要的糖侧链分子.其次：由于构建出来的糖侧链中的残基在Amber中并不能够识别，所以需要根据糖分子的具体的结构（如：D,L构型和a,p构象）来找到和Amber相对应的结构，并找到相应的命名方式。再次：因

原创 1NN2中的糖侧链

将PDB结构1NN2中的糖侧链只保留ASN146末端残基的糖侧链,其余的糖侧链没有考虑.将糖侧链中的糖残基转化为AMBER能够识别的标准的糖侧链的结构如下图：其中NLN为转换为Amber中GLYCAM_06力场能够识别的残基名称。NDK为含有磺酸基的N乙酰葡萄糖胺的残基，这个残基利用高斯进行了电荷的重新计算,限制的原子和电荷分别如上图所示.

原创 利用GlyProt构建糖蛋白

GlyProt的目标要实现一下三点：（i) 评价一个可能的N糖基化位点在空间上是否可行。（ii)利用用户定义的糖分子的结构产生合理的糖蛋白的三维构象模型。（iii)为解决物理化学参数如何影响糖蛋白中糖的构象提供一些依据。材料和方法（1）实验流程如下：如果蛋白结构中本身就含有糖侧链的结构，这些本身存在的糖侧链内部坐标(天冬氨酸中的N与和它连接的N乙酰葡萄糖胺的C1之间的距

原创 Amber跑分子动力学时对初始PDB文件的处理过程

amber中生成小分子模板amber,小分子,模板第一步：生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber程序就是生成小分子模板的。生成模板要进行量子化学计算，这一步可以由antechamber中

转载 MVC中产生高质量的验证码

public void Render(string challengeGuid)     {         // Retrieve the solution text from Session[]         string key = CaptchaHelper.SessionKeyPrefix + challengeGuid;         string solution

原创 MVC中实现部分校验的方法

public class ValidateOnlyIncomingValuesAttribute : ActionFilterAttribute{     public override void OnActionExecuting(ActionExecutingContext filterContext)     {         var modelState = filt

原创 利用PDB文件将蛋白中的单聚体利用对称矩阵转换为二聚体

下面是需要在VMD中执行的tcl脚本：####steps## source mono2poly.tcl##mol delete all##mol new filename.pdb##set sel [atomselect top all]##set matrix [parsematrix filename.pdb]##mono2poly -o newfile.pdb

原创 FTP自动上传的类

(*).Net中内置的操作FTP的类有：WebClient、FtpWebRequest。WebClient用起来简单，但是只能上传、下载。 FtpWebRequest 比较强大，WebClient内部就是调用FtpWebRequest实现的，如果要实现遍历ftp文件、创建ftp文件夹等就要用FtpWebRequest 。WebClient wc=new WebClient();wc.Cre

原创 利用SqlDataReader读取大量的数据库数据

在数据库中查询大量的数据时返回单个数据行的方法public sqlDataReader ExecuteReader(string sql,SqlParameter[] params){       SqlConnection conn=new SqlConnection(connStr);       conn.open();       using(SqlCommand cm

转载 另一种处理Excel的方法NPOI

POI是Apache的一个Java开源项目，NPOI是POI在.net下的移植版本，很多.Net的移植版本开源项目都是在原来的Java版本名称前加上N，比如NHibernate、NDoc、NUnit、NAnt。读取  using (Stream stream = File.OpenRead(@"c:\客户资料.xls"))            {

转载 Repeater和ListView的高效率分页

Repeater(foreach)用于对绑定数据源中的数据进行遍历并按格式显示，每条数据以什么格式显示是由Repeater的来决定的，模板会多次显示，就像foreach， ItemTemplate 中相当于{}中的语句。姓名：年龄：。注意：%和#中间不能有空格。表示在这个位置显示当前实体对象的Name属性，注意调用Eval、Bind这些数据绑定方法的时候要用#。因为Eval就是将属性显

转载 缓存技术

如果每次进入页面的时候都查询数据库生成页面内容的话，如果访问量非常大，则网站性能会非常差。而如果只有第一次访问的时候才查询数据库生成页面内容，以后都直接输出内容，则能提高系统性能。这样无论有多少人访问都只访问一次数据库，数据库压力不变。缓存(Cache)是一种用空间换取时间的技术，存在于计算机中很多地方，用来将一些慢速设备中的常用数据保存在快速设备中，取数据的时候直接从快速设备中取。比如CPU

原创 利用并行的方法计算自由能

利用Amber中的模块MMPBSA.py.MPI进行自由能的并行计算。在计算的过程中，需要为每一个进程（线程）分配相同数目的贞数据，当然也不按照这样的分配方法。其目的主要是为了使并行的过程更加的高效。首先要准备并行过程中的输入文件mmpbsa.in,这个文件的生成过程可以参考Amber手册中的MMPBSA这一章节中所讲的。具体的并行过程中的执行命令如下：mpirun -np 4 $

转载 服务器端控件的属性

1）ClientID，控件在客户端的Id，控件在服务端的Id不一定等于客户端HTML中的Id，比如说在ListView等控件的模板中。因此如果要在客户端通过JavaScript Dom、JQuery的getElementById、$(“#id”)来操作控件的话最好不要直接写服务端Id，而是$(‘#’)。用JQuery事件设置鼠标移到控件上和从控件移开的不同样式。在用户控件中就可以看到Cli

转载 利用JS显示消息框

function MsgBox(s) {//{imghref:图片文件夹所在路径,waitImg:等待图片名,bgImg:背景图片名}    var secondConst = 2000;//系统默认显示时间    var secondWait = 2000;//显示时间    var timer;//计时器    var lf, tp;//左边距,顶边距    var par

转载 找到一个很好的AjaxHelper类

function AjaxHelper() {//timeout()超时方法,outtime超时毫秒,type[post/get],loading(),complete(),data,success(),error(),url,err(),vf()    var xhobj, timer, s;    var vfsec = 5000;    function getBU(url) {

转载 获得页码条，好看的分页

#region +获得功能页码条    ///     /// 获得功能页码条    ///     /// 页码连接地址    /// 搜索url    /// 全部记录条数    /// 全部页面数    /// 当前页码    /// 页码组大小    /// 页容量    public static string GetPageTxt(strin

原创 数据层执行存储过程的方法，内部含有输出参数

public DataTable ProcGetPagedData(string procName, int pageIndex, int pageSize, out int pageCount, out int rowCount)        {            SqlConnection conn = new SqlConnection(connStr);

原创 存储过程

1：最原始的写法select top 4 * from Classes order by CIDselect top 4 * from Classes where CID not in (select top 4 CID from Classes order by CID asc) order by CID asc 2:使用ROW_NUMBERselect * from (se

原创 ajax实现增删改查的一个实例

http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">http://www.w3.org/1999/xhtml">                     #tbList         {             border-left:1px solid #0088F7;             b

原创 Ajax实现异步请求的整个过程

var xhr;        xhr = new XMLHttpRequest(); //创建一个异步对象        xhr.open("Get", "test.ashx", true);   //Get方式括号中的三个参数分别为：1.发送请求的方式 2.样请求的页面 3.是否异步 //xhr.open("post","test.ashx",true); //xhr.setR

原创 读取Excel中的文件加入到数据库

OpenFileDialog ofd = new OpenFileDialog();            ofd.Filter = "Excel(*.xls)|*.xls|所有文件|*.*";            if (ofd.ShowDialog() == DialogResult.OK)            {                FileInfo fileI

原创 cookie的获取和设置

http无状态的根本原因：客户端通过套接字与服务端套接字连接上，发送请求，服务端响应向客户端发会响应报文之后，因为连接耗服务器资源，连接立即断开，在处理完页面请求之后销毁页面对象。服务端向客户端保存状态的三种方式：隐藏域，cookie，QueryString刷新相当于重复上一次的操作，执行get请求，不会提交使用ViewState保存数据时，页面的from必须是runat=“ser

原创 Aspx中控件树的生成

前台页面对象结合后台方法生成html代码的原理：默认生成一个控件树：然后往控件树上添加子节点。子节点里有方法。首先前台页面类会调用一个_BuildControlTree(生成控件树)方法，负责组织整个页面的内容。生成控件树，首先要求每一个节点要求有hasNodes属性，而前台类->后台类-->page-->template Control-->Control(包含ControlColl

原创 图片加水印和生成缩略图

一： 图片加水印处理         //获得图片的名称        string name = context.Request["name"];        string filePath = context.Server.MapPath("Upload/" + name);        //首先获得要进行水印处理的图片        if (!string.IsNul

原创 从数据库中随机的取出n条数据

select top n * from table order by NewId()因为newid()会产生一个guid（）

原创 HttpHandler实现上传图片

一：客户端      利用表单提交数据的过程中，表单数据的提交方式有两种      通过在form表单中设置enctype属性来确定要提交的表单数据之间的分割方式       1：当使用application/x-www-form-urlencoded时，使用的数据分割方式为“&”，这是默认的提交方式       2：当提交的数据中存在文件时（文本文件或图片文件），使用multip

转载 Using MATLAB to analyze principal components obtained from a molecular dynamics simulation of a pro

If you have the output of the covariance matrix (CovMat) you can visualize it with imagesc(CovMat). If you want the cross correlation map (CCMap) you can obtain this with:CCmap = zeros(length(CovM

原创 Amber中做correlation map图

需要在电脑中安装gnuplot.       设置作图环境：               set view 0,0,1,1               set pm3d map               set cbrange [-1:1]               set palette defined (0 0 0 0, 1 0 0 1, 3 0 1 0, 4 1 0