利用GlyProt构建糖蛋白

GlyProt的目标要实现一下三点：

（i) 评价一个可能的N糖基化位点在空间上是否可行。

（ii)利用用户定义的糖分子的结构产生合理的糖蛋白的三维构象模型。

（iii)为解决物理化学参数如何影响糖蛋白中糖的构象提供一些依据。

材料和方法

（1）实验流程如下：

如果蛋白结构中本身就含有糖侧链的结构，这些本身存在的糖侧链内部坐标(天冬氨酸中的N与和它连接的N乙酰葡萄糖胺的C1之间的距离和决定糖的部分的角度)会显示出来。

N连接的糖侧链相对于糖基化位点的方向由四个连续的角度参数来确定。可以使用GlyTorsion tool (http://www.glycosciences.de/tools/glytorsion/)工具来获得四个角度的最受欢迎的构象图。

为了评价一个可能糖基化位点在空间上是否可能，使用一个内置的C语言的程序来将糖核心和蛋白连接起来，来测试所有的可能的角度的组合。四个相关角度的发生频率来用于重定向N糖链的核心。接下来，评价连接的糖部分是否与蛋白重叠。如果检测到空间折叠，这个模型将会被拒绝，下一个最高频率的模型用于观察糖部分的方向。这一过程将一直持续直到找到有很小的空间折叠或者是没有空间折叠的结构。如果所有的可能的角度的组合都检测完了，依然有空间折叠的原子，则说明这个位置的氨基酸不能被糖基化。

构建用户自定义的糖蛋白：

对于每一个空间可接受的N糖基化位点，可以通过下面的三个步骤来选择连接的N连接的糖分子。

（i) 选择一个N糖基化的糖分子类型（低聚甘露糖，复合物，杂交，大的糖侧链），默认情况下每一种类型选择默认的典型的结构。

（ii)从多于1000个糖分子的数据库中选择一个N连接的糖分子并且用TINKER MM3力场进行优化(http://dasher.wustl.edu/tinker/)

（iii)应用SWEET-II构建理想的糖侧链，通过用户使用IUPAC系统命名法来输入理想的糖分子的结构。如果你提供的坐标中已经包含了N连接的糖分子的坐标，用户既可以

即可以应用已有的方向也可以应用上面的方法来对糖链部分进行align.