将PDB结构1NN2中的糖侧链只保留ASN146末端残基的糖侧链,其余的糖侧链没有考虑.
将糖侧链中的糖残基转化为AMBER能够识别的标准的糖侧链的结构如下图:
其中NLN为转换为Amber中GLYCAM_06力场能够识别的残基名称。
NDK为含有磺酸基的N乙酰葡萄糖胺的残基,这个残基利用高斯进行了电荷的重新计算,限制的原子和电荷分别如上图所示.
将PDB结构1NN2中的糖侧链只保留ASN146末端残基的糖侧链,其余的糖侧链没有考虑.
将糖侧链中的糖残基转化为AMBER能够识别的标准的糖侧链的结构如下图:
其中NLN为转换为Amber中GLYCAM_06力场能够识别的残基名称。
NDK为含有磺酸基的N乙酰葡萄糖胺的残基,这个残基利用高斯进行了电荷的重新计算,限制的原子和电荷分别如上图所示.