2013年05月_rogerzhanglijie

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原创 Amber中对体系的距离角度和二面角加以限制

产生NMR的限制：在使用加限制的PDB文件时，文件中的结构必须包含H原子，如果不包含可以使用命令： ambpdb -aatm -p prmtop amb.pdb做此步的目的是保留正确的原子序号.1.距离的限制为了获得Amber中sander程序的距离限制的输入文件，我们需要准备一个7列的限制输入文件.对于文件中的每一行表示一个限制.1st_res# 1st_res_nam

2013-05-31 09:58:47 3113

原创利用Amber构建糖蛋白体系的整个流程

利用了两周的时间，总算摸清楚了应该如何构建糖蛋白体系，由于我的体系是通过找到潜在的糖基化位点，利用糖基化之后的蛋白来构建Amber能够识别的体系。首先：利用 Glyprot来构建你所需要的糖侧链分子.其次：由于构建出来的糖侧链中的残基在Amber中并不能够识别，所以需要根据糖分子的具体的结构（如：D,L构型和a,p构象）来找到和Amber相对应的结构，并找到相应的命名方式。再次：因

2013-05-28 09:01:54 2839

原创 1NN2中的糖侧链

将PDB结构1NN2中的糖侧链只保留ASN146末端残基的糖侧链,其余的糖侧链没有考虑.将糖侧链中的糖残基转化为AMBER能够识别的标准的糖侧链的结构如下图：其中NLN为转换为Amber中GLYCAM_06力场能够识别的残基名称。NDK为含有磺酸基的N乙酰葡萄糖胺的残基，这个残基利用高斯进行了电荷的重新计算,限制的原子和电荷分别如上图所示.

2013-05-23 15:50:04 1463

原创利用GlyProt构建糖蛋白

GlyProt的目标要实现一下三点：（i) 评价一个可能的N糖基化位点在空间上是否可行。（ii)利用用户定义的糖分子的结构产生合理的糖蛋白的三维构象模型。（iii)为解决物理化学参数如何影响糖蛋白中糖的构象提供一些依据。材料和方法（1）实验流程如下：如果蛋白结构中本身就含有糖侧链的结构，这些本身存在的糖侧链内部坐标(天冬氨酸中的N与和它连接的N乙酰葡萄糖胺的C1之间的距

2013-05-20 19:41:44 1685

原创 Amber跑分子动力学时对初始PDB文件的处理过程

amber中生成小分子模板amber,小分子,模板第一步：生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配体分子，这些有机小分子有很高的多样性，他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中，需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber程序就是生成小分子模板的。生成模板要进行量子化学计算，这一步可以由antechamber中

2013-05-08 13:57:32 15920 1

转载 MVC中产生高质量的验证码

public void Render(string challengeGuid) { // Retrieve the solution text from Session[] string key = CaptchaHelper.SessionKeyPrefix + challengeGuid; string solution

2013-05-04 19:11:45 757

原创 MVC中实现部分校验的方法

public class ValidateOnlyIncomingValuesAttribute : ActionFilterAttribute{ public override void OnActionExecuting(ActionExecutingContext filterContext) { var modelState = filt

2013-05-04 17:51:03 841

GATK使用方法详细介绍

GATK软件使用方法详细描述，好的资源不容错过！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！

2018-07-31

zend framework.php

Zend Framework手册中文版

2013-09-26

空空如也

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