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RSS订阅转载 iMeta | SIDERITE：全面揭示化学空间隐藏的铁载体
点击蓝字 关注我们SIDERITE：全面揭示化学空间隐藏的铁载体iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.192●2024年4月5日，北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心李志远、钱珑及南京农业大学韦中等团队在iMeta在线联合发表了题为 “SIDERITE: Unveiling Hi...
2024-04-10 07:02:15
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转载 EST丨南京地湖所王建军-微塑料多样性增强了微生物网络的复杂性和稳定性
点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟薇薇，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读微塑料混合物广泛分布在全球生态系统中，包含各种类型。然而，微塑料多样性如何影响微生物的生物相互作用尚不清楚。本研究进行了600个微宇宙实验，微塑料多样性从1到6种类型不等，并在15°C...
2024-04-10 07:02:15
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原创 BiB | 浙大蒋超组开发面向多组及纵向实验设计的各类组学数据的功能富集新方法...
基于广义报告评分的富集分析可用于各类组学数据Generalized reporter score-based enrichment analysis for omics dataArticle，2024-03-27，Briefings in Bioinformatics， [IF 9.5]DOI：https://doi.org/10.1093/bib/bbae116原文链接：https://aca...
2024-04-09 07:03:11
917
原创 mSystems | 干旱对土壤微生物组的影响
干旱对土壤微生物组的影响增加干旱对干旱土壤微生物组的显著影响Significant Impacts of Increasing Aridity on the Arid Soil MicrobiomemSystems, [IF：6.4]2017-05-30 ArticlesDOI: https://doi.org/10.1128/mSystems.00195-16第一作者：Julia W. Nei...
2024-04-09 07:03:11
309
原创 QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2024.2)
QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析原文地址：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/atacama-soils/此实例需要一些基础知识，要求完成本系列文章前两篇内容：《1简介和安装Introduction\&Install》和《4人体各部位微生物组分析Moving Pictures》。本教程设计用于两个目的。首先，它描述了对双端序...
2024-04-09 07:03:11
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转载 iMeta | 刘杏忠团队揭示长期连作缓解烟草连作障碍的微生物机制
点击蓝字 关注我们长期连作缓解烟草连作障碍的微生物机制iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.189●2024年4月2日，南开大学刘杏忠、中国科学院微生物研究所向梅春和云南中烟工业有限责任公司王明锋等团队在iMeta在线联合发表了题为 “Microbiome-mediated alle...
2024-04-08 07:01:53
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原创 Microbiome | 粪菌移植改善自闭症Fecal microbiota transplant (FMT)
粪菌移植改善自闭症微生物转移疗法改变肠道生态系统，改善肠胃和孤独症症状：一项开放性研究Microbiota Transfer Therapy alters gut ecosystem and improves gastrointestinal and autism symptoms: an open-label studyMicrobiome, [15.5]2017-01-23 Articles...
2024-04-08 07:01:53
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原创 QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant(2024.2)
QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study: an exercisehttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/fmt/注意：本教程假定您已经完成1简介和安装Introduction\&Install，成功安装QIIME 2。本教程计划在完成《4人体各部位微生物组分析Mov...
2024-04-08 07:01:53
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原创 QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2024.2)
QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组“Moving Pictures” tutorialhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/moving-pictures/本节1.6万字，14张图，1个视频。阅读时间大约40分钟。注意：本文学习需要安装好QIIME 2，请务必完成1简介和安装Introduction&Install在本教程中，你将使用...
2024-04-07 07:01:49
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转载 iMeta | 武汉理工方临川组揭示以丛枝菌根真菌为中心的退化生态系统恢复新机制...
点击蓝字 关注我们丛枝菌根真菌桥接了根相关微生物群对侵蚀坡面多功能性的支持iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.187●2024年3月25日，武汉理工大学方临川团队在iMeta在线发表了题为 “Arbuscular mycorrhizal fungal interactions br...
2024-04-07 07:01:49
83
转载 IF=12.1 | 中国农科院资划所长期保护性耕作下微生物对团聚体稳定性和有机碳固存的调控...
近日，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所盐碱地改良团队取得重要进展，研究揭示了长期保护性耕作下微生物对团聚体稳定性和有机碳固存的调控机制，研究成果有助于提升对土壤固碳培肥调控机制的理解，也可为保护性耕作实践和应对气候变化提供科技支撑。相关研究成果发表在《Sustainable Production and Consumption》（IF 12.1）上。在保护性农业中，土壤团聚体的稳定性对土壤有...
2024-04-07 07:01:49
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转载 NC | 华科宁康/中科院水生所缪炜高原水生微生物的基因组集
（通讯员：陈小可，程铭悦；来自：BioMed 科技）青藏高原面积250多万平方公里，平均海拔4500多米，是世界上海拔最高、面积最大的高原。其独特的地形特征使青藏高原成为众多河流的主要源头，并作为水塔滋养着周边地区近20亿人。青藏高原内多样的水生态系统，包括冰川、湿地、温泉、湖泊和河流，孕育着丰富多样的水生微生物。且这些微生物群可能在青藏高原极端环境条件例如剧烈的温度波动、低氧浓度、低压和强烈的紫...
2024-04-06 07:01:32
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转载 JGG｜丁士刚/王军团队揭示膜蛋白CMTM4参与溃疡性结肠炎的新机制
点击蓝字 关注我们先天免疫成分的功能障碍是溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的主要驱动因素之一。膜蛋白CMTM4作为IL-17受体亚基，参与多种自身免疫性疾病，如银屑病、自身免疫性脑炎等，然而其在UC中的作用尚未报道。因此，深入了解CMTM4参与UC的发病机制意义重大。2024年4月2日，Journal of Genetics and Genomics在线发表北京大学第三...
2024-04-06 07:01:32
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转载 iMeta | 南科大杨亮/刘洋-开发研究细菌DNA甲基化组及其转录调控工具Bacmethy
点击蓝字 关注我们Bacmethy：一种新颖、便捷的研究细菌DNA甲基化模式及其转录调控作用工具iMeta主页：http://www.imeta.science方法论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.186●2024年3月19日，南方科技大学医学院杨亮、南方科技大学医院医学研究中心刘洋团队在iMeta在线联合发表了题为 “Bacmethy: A n...
2024-04-06 07:01:32
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转载 EST | 浙大蒋超组合作开发可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘...
第一作者：黄子诺、彭晨通讯作者：蒋超、谢长勇通讯单位：浙江大学生命科学研究院图片摘要成果简介近日，浙江大学生命科学研究院蒋超课题组受邀并联合海军军医大学谢长勇团队在著名期刊Environmental Science & Technology上在线发表了题为“Longitudinal Mapping of Personal B...
2024-04-05 07:03:20
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原创 QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2024.2)
老司机上路指南QIIME 2 for Experienced Microbiome Researchershttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/正文共：7000 字 0 图 1 视频预计阅读时间：17 分钟，视频时长 14 分钟更新时间：2024年3月31日本节我...
2024-04-05 07:03:20
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转载 “热心肠奖”升级更名并于4月1日启动评选
“热心肠奖”是热心肠研究院于2022年推出，旨在致敬肠道领域内作出卓越贡献的中国科学家与产业人士的专属奖项。特设“年度科学家奖”“年度肠道产业人奖”，每年评选一次，各有三位获奖者。成立至今，已有12位国内肠道产学研领域的专业人士获此殊荣。2024年，我们携手高水平国际学术期刊iMeta，升级更名为“热心肠 × iMeta年度人物奖”，并在5月29日召开的热心肠大会上颁奖。奖项设置设立“年度科学家奖...
2024-04-04 07:04:39
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转载 中国农科院基因组所刘永鑫组2024年硕士研究生调剂名额2个，期待你的加入
//中国农业科学院深圳农业基因组研究所（简称“基因组所”）成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。基因组所通过整合生物学和大数据科学，来认识与利用农业生物基因组，服务全球农业生产。为此，基因组所成立了组学技术、合成生物学、植物基因组、动物基因组、生态基因组、食品科学等研究中心和相关技术平台。基因组所的长期愿景是致力于通过颠覆性创新来促进全球农业可持续发展，服...
2024-04-04 07:04:39
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原创 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2024.2)
QIIME 2插件工作流程概述Overview of QIIME 2 Plugin Workflows英文原文见：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/overview/正文共：9858 字 9 图 1 视频预计阅读时间：25 分钟，视频时长 18 分钟更新时间：2024年3月31日本节即是对QIIME 2工作流程的概述，也是对扩增子分析过程的高度概括和...
2024-04-04 07:04:39
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转载 iMeta微生物组工具集专刊征稿：生物信息学、生物技术和宏组学方法
点击蓝字 关注我们微生物组工具集专刊征稿：生物信息学、生物技术和宏组学方法微生物组是栖息在肠道、土壤和水生生态系统等不同环境中的复杂微生物群落，在生态系统功能、宿主健康和生物技术应用中发挥着重要作用。计算生物学、生物信息学工具、宏基因组学和组学分析的进步以及测序技术的创新推动了微生物组研究的蓬勃发展。自iMeta推出以来，我们发表了一系列相关文章，引起了研究界的高度关注，目前平均被引用次数为 31...
2024-04-03 07:01:46
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转载 iMeta | 最受欢迎的10篇方法学文章
iMeta 微生物组工具虚拟专刊发布2024年3月22日iMeta发布了题为“Microbiome Toolbox: methods for bioinformatics, biotechnology, and metaomics”的虚拟专刊。虚拟专刊包括ComplexHeatmap、ImageGP、iNAP、ggClusterNet和fastp等10篇高被引方法论文。虚拟专刊链接：https:/...
2024-04-03 07:01:46
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转载 iMeta姊妹刊iMetaomics电子版和印刷版ISSN申请获批
iMeta姊妹刊iMetaomics电子版和印刷版ISSN申请获批iMeta姊妹刊iMetaomics于2024年3月成功申请国际标准期刊号ISSN: 2996-9506eISSN: 2996-9514。iMeta姊妹刊iMetaomics链接：http://www.imeta.science/imetaomics/1卷2期封面更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用7000...
2024-04-03 07:01:46
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转载 根系生态系列讲坛第9期：氮沉降背景下高寒生态系统根际碳氮耦合过程与机制...
温馨提示：因为腾讯会议有时间和人数限制，故本期及后续的线上会议改为“科技云会”。扫描下方二维码即可下载安装。正如年年岁岁花相似，岁岁年年人不同。只道是不悔梦归处，只恨太匆匆。讲坛展望本公众号将不定期邀请国内外从事根系表型和根系生态学领域研究的专家和学者们为我们分享精彩的最新的研究进展，希望能够得到大家的支持和关注。您的精彩，我的分享，只为一起探究神秘复杂的根系世界！何为科技云会？如果仅参与线上会...
2024-04-02 07:03:41
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转载 iMeta | 基因组所刘永鑫组联合全球95家单位合作倡议发起微生物组实验手册第二版...
点击蓝字 关注我们微生物组实验手册第二版倡议：架起各领域通向微生物组研究的桥梁iMeta主页：http://www.imeta.science综 述●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.182●2024年3月19日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所刘永鑫等团队在iMeta在线发表了题为 “The Microbiome Protocols eBook ...
2024-04-02 07:03:41
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转载 Naure Micro | Paul 团队与Julia 团队背靠背发表微生物群落的动态和组装技术文章
微生物在陆地和海洋生态系统中无处不在。它们形成的群落对这些栖息地产生了强烈的影响，塑造了它们，反过来又受到环境的影响。微生物组还以各种方式促进宿主生物的健康和适应性。例如，当微生物与多细胞生物结合时，它们形成了分类结构的群落，这表明了决定这种结果的指导原则，并涉及微生物相互作用和微生物-微生物相互作用。微生物在群落聚集过程中，由于正或负的相互作用而相互影响。因此，相互作用可能导致优先效应。这些影响...
2024-04-01 07:04:27
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原创 QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2024.2)
写在前面QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，14年来引用65000+次，2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件——里程碑16：生物信息学工具助力菌群测序数据分。为满足当前大数据、可重复分析的需求，北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授于2016年起从头开发了QIIME 2，并获得了来自全世界79家单位的112名同行参与，于2018年全面接档QI...
2024-04-01 07:04:27
980
转载 iMeta | 探究人体肠道菌群与口服降糖药之间相互作用的特性与共性
点击蓝字 关注我们人体肠道菌群与口服降糖药的相互作用编译：朱婷、赵明月iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.179●2024年3月13日，深圳华大生命科学研究院钟焕姿、上海交通大学医学院顾燕云、中华医学会内分泌学分会王卫庆和丹麦哥本哈根大学Karsten Kristiansen等团队...
2024-03-31 07:01:32
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转载 2023年影响因子预测: 中国期刊
点击蓝字 关注我们2023年影响因子预测: 中国期刊经过Web of Science 官网对引用前50和IF排名前50的中国（包括香港、澳门和台湾）期刊以及中国主办或中国人主编的高影响力期刊进行了2023年影响因子预测。结果显示，108本中国期刊的2023年影响因子平均IF上升了1.76%，有54本增长，49本下降。其中，Chinese Science Bulletin-Chinese(科学通报)...
2024-03-31 07:01:32
138
转载 2023年影响因子预测: 环境学科期刊
点击蓝字 关注我们2023年影响因子预测: 环境学科期刊经过Web of Science 官网对环境学科引用前30和IF排名前30的期刊进行了2023年影响因子预测。结果显示，48本环境学科期刊的2023年影响因子平均IF下降了5%，有13本增长，35本下降。其中，Nature Reviews Earth & Environment的IF增长最快，涨幅20%；Reviews in Envi...
2024-03-30 07:03:16
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原创 BiB | 珠江医院周宏伟/方臻成等开发基于语言模型的宏基因组益生菌挖掘算法
metaProbiotics：利用语言模型从宏基因组分箱数据中挖掘益生菌metaProbiotics: a tool for mining probiotic from metagenomic binning data based on a language modelArticle，2024-03-14，Briefings in Bioinformatics，[IF 9.5]DOI：https:...
2024-03-30 07:03:16
652
转载 Cell | 肠菌接力来帮忙，浙大抗癌新方案
在肿瘤治疗领域中，一种名为“免疫治疗”的新疗法逐渐进入公众视野。其中抗PD-1单抗等免疫检查点抑制剂通过重启人体免疫反应、减少免疫逃逸来控制肿瘤进展，极大改善了晚期患者的预后和长期生存率，让无数肿瘤患者看到了新的希望。然而，实际应用中不同肿瘤类型对免疫治疗的反应性大不相同，患者之间的疗效差异很大。除了肿瘤本身的突变因素外，肠道中的微生物群似乎也对肿瘤免疫治疗的疗效发挥着举足轻重的作用。北京时间20...
2024-03-30 07:03:16
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转载 iMeta | 浙江省农业科学院李有贵团队揭示桑黄多酚抗结肠炎肠道分子机制
点击蓝字 关注我们肠道菌群—芳香烃受体（AhR）轴介导桑黄多酚抗结肠炎作用iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.180●2024年3月11日，浙江省农业科学院李有贵、天津中医药大学吴崇明和中国农科院深圳基因组所刘永鑫等团队在iMeta在线联合发表了题为 “The gut microb...
2024-03-29 07:01:22
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转载 Biosafety and Health：河南农业大学王亚楠教授构建国际上首个鸡胃肠道多界微生物基因组目录...
参考来源：Biosafety and Health 近日，河南农业大学王亚楠教授在《Biosafety and Health》在线发表了题为“Themulti-kingdom microbiome catalog of the chicken gastrointestinal tract” 的研究论文。该研究构建了国际上首个综合性的鸡胃肠道多界微生物基因组目录。B&H期刊精选文章...
2024-03-29 07:01:22
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转载 SCLS | 南昌大学聂少平团队综述肠道共生菌调控葡萄糖代谢的机制
点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟皮皮，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读2型糖尿病(T2D)已升级为全球流行病，引起了广泛关注。利用无菌(GF)小鼠、抗生素治疗和粪便微生物群移植方法进行的大量研究已经确定了肠道微生物群在调节葡萄糖代谢中的关键作用。微生物群...
2024-03-28 07:01:34
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转载 2023年影响因子预测: 食品学科期刊
点击蓝字 关注我们2023年影响因子预测: 食品学科期刊经过Web of Science 官网对食品学科引用前30和IF排名前30的期刊进行了2023年影响因子预测。结果显示，45本食品学科期刊的2023年影响因子平均IF下降了6%，有15本增长，30本下降。其中，Future Foods的IF增长最快，涨幅39%；Food Science and Human Wellness的IF下跌最厉害，跌...
2024-03-28 07:01:34
61
转载 Microbiome | 北京大学谢曙光团队揭示磺胺甲恶唑生物强化去除策略和微生物机制...
沉积物微宇宙中磺胺甲恶唑生物强化去除的新见解：去除效率、生态风险和微生物机制New insights into bioaugmented removal of sulfamethoxazole in sediment microcosms: degradation efficiency, ecological risk and microbial mechanismsArticle，2024-02...
2024-03-27 07:03:16
111
转载 葛源研究组揭示钴铵酰胺合成微生物全球纬度梯度分布模式与功能
中国科学院生态环境研究中心葛源研究组在钴铵酰胺合成微生物全球分布模式与功能研究方面取得重要进展，相关成果近期发表于The ISME Journal和Environmental Science & Technology。 所有动物以及大部分微生物的氨基酸、核酸合成等生命活动都需要钴铵酰胺，但仅有少部分原核微生物能够合成钴铵酰胺，因此钴铵酰胺合成微生物是群落中的“关键少数”，可能通过调控...
2024-03-27 07:03:16
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转载 Nat Ecol Evol | 施莽团队在全国范围内采集10万余只蚊虫样本--联合华大研究院、复旦大学探索单只蚊虫携带病毒组...
近日中山大学施莽团队联合深圳华大生命科学研究院、复旦大学利用宏转录组测序方法探索全国23个省82个县市共计2438只蚊子个体的病毒组分析。课题组所有成员历时5年，在全国范围内多种生态环境下采集超过80个蚊种，约10万只蚊虫，样点的地理跨度最大达到4000公里，覆盖我国主要人口密集区，以及云南、西藏、内蒙古、新疆等边境地区（图1）。全球变化的大背景下，由虫媒病毒引起的新发传染病的流行趋势不断上升。然...
2024-03-26 07:03:15
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转载 iMeta | 刘金鑫/徐珂琳/张安云-揭示生命早期微生物碳水化合物代谢的改变
点击蓝字 关注我们婴儿年龄与肠道携带抗性基因呈现负相关，揭示生命早期微生物碳水化合物代谢的改变iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.169●2024年1月31日，南京农业大学刘金鑫、复旦大学公共卫生学院徐珂琳和四川大学生命科学学院张安云团队在iMeta在线联合发表了题为 “Infan...
2024-03-26 07:03:15
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转载 “2024热心肠×iMeta奖学金”火热申报中！
2024年，热心肠研究院携手高水平国际学术期刊iMeta，将热心肠奖学金升级更名为“热心肠×iMeta奖学金”，现火热申报中。“热心肠奖学金”是热心肠研究院于2019年推出的奖学金计划，该项跨学科跨院校奖学金旨在发掘、支持和鼓励全球优秀的中国藉（含港澳台）研究生，培养中国肠道领域的学术及研发后备人才，分设三大专业组别。基础研究（含药学）临床医学农牧渔及食品科学4月10日截止申报，欢迎中国肠道研究领...
2024-03-25 07:01:25
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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