（R语言）-10-曼哈顿图

明天吃什么好呢~

已于 2024-05-06 00:11:58 修改

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文章标签：算法 r语言

于 2024-05-02 23:07:17 首次发布

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重点

qqman包，manhattan函数绘制曼哈顿图

subset()函数用来从数据框中取出满足条件的数据集

subset(x, subset, select, ...)

x:要筛选的数据框
subset:指定筛选规则，筛选满足条件的行
select:指定要选择的列
...：其他参数

数据概览

#曼哈顿图的绘制
install.packages("qqman")
library(qqman)
gwasResults#包括四列SNP：ID CHR：编号 BP：坐标 P：PValue
head(gwasResults)
#绘制曼哈顿图
manhattan(gwasResults)

#main添加标题，ylim设置范围，cex设置点大小，cex.axis设置坐标轴刻度的大小
#suggextiveline设置提示线（上限），默认为8，默认TRUE， genomewideline显著线（下限），默认为5，默认TRUE
#chrlabs设置染色体标签即x轴数据，一共为22个染色体，将最后两个染色体命名为P和Q
manhattan(gwasResults, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 6), cex = 0.6,cex.axis = 0.9, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline =F, genomewideline = F,chrlabs = c(1:20, "P", "Q"))

#改变颜色
library(RColorBrewer)
yanse <- brewer.pal(name = "Set1",n=4)#选定Set1，4处的数据为颜色
manhattan(gwasResults, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 6), cex = 0.6,cex.axis = 0.9,  suggestiveline =F, genomewideline = F,chrlabs = c(1:20, "P", "Q"),col=yanse)
unique(gwasResults$CHR)

#只将3号染色体取出并画图
manhattan(subset(gwasResults,CHR==3))#subset()函数单独取出数据
manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest)#把感兴趣的snpsOfInterest进行高亮
#annotatePval对显著的点进行注释，给定一个阈值范围，标注每条染色体上最显著的位点,annotateTop将所有位点标注
manhattan(gwasResults,annotatePval = 0.01)
manhattan(gwasResults,annotatePval = 0.01,annotateTop = F)

结果如下：