signal5 本地版安装及使用（Linux系统）

#蛋白信号肽的预测

网页版有蛋白条数限制，本人实验数据庞大，所以试着利用在Linux系统里安装本地版的signal，其他版本的安装也可借鉴此篇。

一、首先搭建环境

conda create -n signalp5 python=3.7 #搭建名为signalp5的环境，该环境的python版本为3.7

conda activate signalp5 #激活环境

二、signalp需要的一些包提前安装好

#一开始尝试pip安装，但是总是报错，后面改为conda安装，顺利。
conda install matplotlib

# 本人用不到GPU，所以安装的Torch没特殊要求，建议从官网安装需要的版本https://pytorch.org/get-started/previous-versions/
conda install pytorch==1.8.1 torchvision==0.9.1 torchaudio==0.8.1 -c pytorch

三、signalp5安装包的获取及安装

进入官网SignalP 6.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services后按图索骥。

进入后需要填个人基本信息及邮箱，最后进入邮箱下载需要的signalp版本。本人下载的是signalp5的Linux版本。

#解压，解压后的版本已经是编译好的，不是需要从源代码编译安装的版本。对于这种情况，您不需要运行python setup.py install。

tar -vxf  signalp-5.0b.Linux.tar.gz

编译vim  ~/.bashrc 在最后一行下面添加export PATH="$PATH:/path/to/signalp-5.0b/bin" #/path/to/为signal5安装包目录

#编译
vim ~/.bashrc 

#在最后一行下面添加
export PATH="$PATH:/path/to/signalp-5.0b/bin" #/path/to/为signal5安装包目录

重启环境，加载目标环境

#重启环境
source ~/.bashrc

#激活
conda activate signalp5

四、使用

#初次可自行了解signalp语法
signalp -h


#实例：分析真菌蛋白序列里是否含有信号肽
signalp --fasta protein.faa --org euk --prefix output --format txt#其中，protein.faa是你的蛋白质序列文件（FASTA格式），euk指定了蛋白质来源为真核生物，output是输出目录，txt是输出格式。

本人分析13749个蛋白，大概用了10分钟左右吧。

结果如下：

五、结果导读

从结果截图可以看出，通过signalp5预测的上面的蛋白序列均没有信号肽，那么如果有信号肽结果是怎么呈现的呢，请看：    所以只需要注意Prediction的内容即可。