#蛋白信号肽的预测
网页版有蛋白条数限制,本人实验数据庞大,所以试着利用在Linux系统里安装本地版的signal,其他版本的安装也可借鉴此篇。
一、首先搭建环境
conda create -n signalp5 python=3.7 #搭建名为signalp5的环境,该环境的python版本为3.7
conda activate signalp5 #激活环境
二、signalp需要的一些包提前安装好
#一开始尝试pip安装,但是总是报错,后面改为conda安装,顺利。
conda install matplotlib
# 本人用不到GPU,所以安装的Torch没特殊要求,建议从官网安装需要的版本https://pytorch.org/get-started/previous-versions/
conda install pytorch==1.8.1 torchvision==0.9.1 torchaudio==0.8.1 -c pytorch
三、signalp5安装包的获取及安装
进入官网SignalP 6.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services后按图索骥。
进入后需要填个人基本信息及邮箱,最后进入邮箱下载需要的signalp版本。本人下载的是signalp5的Linux版本。
#解压,解压后的版本已经是编译好的,不是需要从源代码编译安装的版本。对于这种情况,您不需要运行python setup.py install。
tar -vxf signalp-5.0b.Linux.tar.gz
编译vim ~/.bashrc 在最后一行下面添加export PATH="$PATH:/path/to/signalp-5.0b/bin" #/path/to/为signal5安装包目录
#编译
vim ~/.bashrc
#在最后一行下面添加
export PATH="$PATH:/path/to/signalp-5.0b/bin" #/path/to/为signal5安装包目录
重启环境,加载目标环境
#重启环境
source ~/.bashrc
#激活
conda activate signalp5
四、使用
#初次可自行了解signalp语法
signalp -h
#实例:分析真菌蛋白序列里是否含有信号肽
signalp --fasta protein.faa --org euk --prefix output --format txt#其中,protein.faa是你的蛋白质序列文件(FASTA格式),euk指定了蛋白质来源为真核生物,output是输出目录,txt是输出格式。
本人分析13749个蛋白,大概用了10分钟左右吧。
结果如下:
五、结果导读
从结果截图可以看出,通过signalp5预测的上面的蛋白序列均没有信号肽,那么如果有信号肽结果是怎么呈现的呢,请看: 所以只需要注意Prediction的内容即可。