funannotate安装

funannotate安装

https://funannotate.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/nextgenusfs/funannotate

(funannotate库需要python3.6，emapper.py需要python3.8)

conda install -n base conda-forge::mamba

#add appropriate channels

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

mamba create -n funannotate funannotate
conda activate funannotate
cd /home/yue/anaconda3/envs/funannotate

#查看依赖是否安装

funannotate check

#安装缺失软件
emapper.py:

mamba install eggnog-mapper / conda install eggnog-mapper

数据下载：

download_eggnog_data.py -P -M -f -H -d taxid

一路选择y,最后taxid，输入真菌的ID：4751

gmes_petap.pl:
http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi
下载GeneMark-ES/ET/EP，解压后将gm_key_64移到gmes_linux_64_4文件夹，再将gmes_linux_64_4下的文件全部移到/home/yue/anaconda3/envs/funannotate/bin下

signalp:
访问https://services.healthtech.dtu.dk/cgi-bin/sw_request
下载signalp5，解压
将signalp5*/bin下文件复制到/home/yue/anaconda3/envs/funannotate/bin
将signalp5*/lib下文件复制到/home/yue/anaconda3/envs/funannotate/lib

Bio::Perl：

cpanm --force Bio::Perl 

#download/setup databases to a writable/readable location(-l 参数)

funannotate setup -d funannotate_db -l

(-l 需要下载JSON文件：https://github.com/nextgenusfs/funannotate/blob/master/funannotate/downloads.json)
(在python3.8环境下，上述下载可能无法一键下载，解决办法：在python3.6环境下使用:pip install funannotate 安装主程序，然后上述命令下载数据库，再将数据库文件夹移到funannotate环境下即可)

#~/.zshrc中添加环境变量

export FUNANNOTATE_DB=$PATH:/home/yue/anaconda3/envs/funannotate/funannotate_db
export GENEMARK_PATH=/home/yue/anaconda3/envs/funannotate/bin:$PATH

如若出现以下错误，而YAML已安装，则将/home/yue/anaconda3/envs/funannotate/bin/gmes_petap.pl文件第一行修改为:
#!/home/yue/anaconda3/envs/funannotate/bin/perl (which perl的路径)