Nat Med | 癌症肿瘤、免疫和微生物组综合图谱

今天给同学们分享一篇实验文章“An integrated tumor, immune and microbiome atlas of colon cancer”，这篇文章发表在Nat Med期刊上，影响因子为82.9。

结果解读：

AC-ICAM 概述

新鲜冷冻的肿瘤样本和配对的健康结肠组织（肿瘤-正常对）来自未接受全身治疗的具有结肠癌组织学诊断的患者，通过正交基因组平台进行了分析。在交叉平台质量控制（基于全外显子测序（WES）和RNA-seq数据）和纳入标准检查后，保留了来自348名患者的基因组数据，并用于下游分析（图1a和扩展数据图1a，b；方法提供了更多细节）。中位随访时间为4.6年。作者将此资源称为Sidra-LUMC AC-ICAM：免疫-癌症-微生物组相互作用的图谱和指南。

ICR超越了传统的分子分类方法

一个模块化的免疫基因签名，捕捉到癌症免疫监视的连续性，被称为免疫排斥的恒定（ICR）。作者随后对其进行了优化和压缩，形成了一个固定的20基因面板，在不同类型的癌症中显示出预后意义（例如，黑色素瘤、膀胱癌、乳腺癌、神经母细胞瘤和软组织肉瘤）。ICR还与多种癌症类型对免疫治疗的反应相关，包括乳腺癌、黑色素瘤和非小细胞肺癌。ICR签名包括反映T1细胞信号通路激活、CXCR3/CCR5趋化因子配体表达、细胞毒性和免疫调节机制的逆激活的基因模块（图1b）。

作为第一个目标，作者对AC-ICAM队列上的ICR签名进行了验证。这个目标在数据生成之前就预先定义好了（前瞻性验证回顾性收集的样本；方法提供了详细信息）。基于ICR基因的共识聚类方法（扩展数据图2a、b）将队列分为三个聚类/免疫亚型：ICR高（热瘤）、ICR中和ICR低（冷瘤）（图1b）。使用103个先前定义的免疫特征（方法）进行系统转录组分析，将这些特征共聚成七个不同的模块（M1-M7）（扩展数据图3），其中ICR属于M2（淋巴细胞浸润特征），与其他免疫特征一起，包括肿瘤炎症特征。然后，作者根据共识分子亚型（CMS）对免疫状态进行了表征，CMS是结直肠癌的一个明确定义的转录组分类，包括CMS1/免疫型、CMS2/经典型、CMS3/代谢型和CMS4/间质型。总体而言，整个表达数据的t分布随机邻域嵌入（t-SNE）图表将CMS1-CMS3样本分开，但CMS4表现出高度的异质性（扩展数据图2c，左图）。在CMS亚型中，ICR变化很大（扩展数据图2c，右图）。虽然大多数CMS1样本的ICR值较高，表明免疫活化，但CMS4样本分布在三个ICR免疫亚型之间。根据解剖位置，右侧结肠富集CMS2，而左侧结肠贫乏CMS1（扩展数据图2d）（扩展数据图2d）明显可见。ICR评分（20个ICR基因的平均值）和白细胞亚群富集评分显示，从右侧结肠到左侧结肠只有轻微的降低，ICR高在盲肠与直肠乙状结肠肿瘤中更为普遍。癌细胞相关通路的富集评分在CMS亚型