8+WGCNA+免疫+实验，干湿结合的经典生信思路，可冲

今天给同学们分享一篇生信文章“Identifying the key genes of Epstein-Barr virus-regulated tumour immune microenvironment of gastric carcinomas”，这篇文章发表在Cell Prolif期刊上，影响因子为8.5。

结果解读：

EBV感染改变了胃癌中的免疫浸润特征

为了确定EBV感染是否影响胃癌中肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）的比例，采用了CIBERSORT算法。有趣的是，TIICs的分布因细胞类型而异。一些TIICs在EBVaGC肿瘤组织中具有更多的免疫细胞，而其他TIICs在EBV肿瘤组织中的比例较低（图1A）。在数值方面，EBV+和EBV-组织之间没有显著相关性（图1B）。呈现了一个景观来检测TIICs的分布和重要性。与EBV-样本相比，EBVaGC组织中CD8+ T细胞的比例更高（图1D），滤泡辅助T细胞（图1G）和巨噬细胞M1（图1J）的比例也更高，而B细胞记忆（图1C），CD4记忆静止T细胞（图1E），静止NK细胞（图1H），CD4激活记忆T细胞（图1F），巨噬细胞M0（图1I），树突状细胞（DCs）静止（图1K）和活化肥大细胞（图1L）的比例较低。此外，作者还采用了另一种免疫浸润方法-MCP-counter来重新分析数据。结果显示EBV感染增加了T细胞、细胞毒性淋巴细胞、CD8+ T细胞、NK细胞、单核细胞系和髓样树突状细胞的比例。在EBV阴性组织中，中性粒细胞和成纤维细胞的比例更高。为进一步评估EBV感染是否与GC的免疫浸润有关，作者使用ESTIMATE分数计算了免疫和基质分数。作者分别计算了TCGA-SWAD中EBV阴性（EBV-）和EBV阳性（EBV+）样本的免疫和基质分数。与EBV阴性组织相比，EBV感染显著增加了免疫分数（图1M）和ESTIMATE分数（图1N），而对基质分数没有显著影响。这些结果表明，EBV改变了GC组织中的免疫浸润特征，并促进了炎症反应。