专题课程一:Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题
第一天 |
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时间 |
课时内容 |
主要知识点 |
AM 9:00~9:50 |
教学目标:了解本方向内容、理论基础、研究意义。 |
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AM 10:00~10:50 |
三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础 教学目标:能够使用vim编辑器简单编辑文件,能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。 |
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AM 11:00~12:00 |
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PM 14:00~14:50 |
五.序列设计 PackRotamer和FastDesign 教学目标:了解Rosetta封装好的应用(以relax为例)和RosettaScript编写应用(以pack/min/pack为例)。 |
5.1 Movemap
6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation 6.2 DSSP/Disulfidize Mover |
PM 15:00~15:50 |
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PM 16:00~17:00 |
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第二天 |
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时间 |
课时内容 |
主要知识点 |
AM 9:00~9:50 |
六. 蛋白-蛋白对接基础 教学目标:了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。 |
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AM 10:00~10:50 |
七. 抗体设计 教学目标:熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令 |
案例实践:
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AM 11:00~12:00 |
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PM 14:00~14:50 |
八. CartisenDDG 突变扫描 九. RosettaScript应用 教学目标:熟悉RosettaScript开发流程,了解序列与结构设计原理,完成从头蛋白质设计的操作练习。 |
案例实践:
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PM 15:00~15:50 |
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AM 16:00~17:00 |
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PM 15:00~15:50 |
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PM 16:00~17:00 |
专题课程二:NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题
时间 |
课时内容 |
主要知识点 |
第一天上午 |
一:分子动力学相关软件及Linux入门 目标:了解NAMD软件,掌握NAMD安装环境,了解Linux语言 |