NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题

最新推荐文章于 2024-07-17 20:41:49 发布
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专题课程二：NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题

第一天

时间

课时内容

主要知识点

第一天上午

一：分子动力学相关软件及Linux入门

目标：了解NAMD软件，掌握NAMD安装环境，了解Linux语言

1 NAMD下载与安装

2 NAMD模拟所需文件简介（结构文件，配置文件，参数文件等）

3 相关Linux语言基础

二：VMD可视化软件的安装和使用

4 VMD安装和使用

4.1VMD基础

4.2多分子处理和脚本

4.3载入轨迹并用简单的脚本计算

以泛素为例

三：研究对象模型获取，构建以及优化
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来，了解一下分子动力学模拟（自学版）
yolo_2的博客
05-28 1661
分子动力学是一门结合物理，数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。分子动力学模拟常用的软件：NAMD、GROMACS、Amber。蛋白质结构模拟主要基于分子模拟理论，概括为三个过程：第一步是建立一个可以描述蛋白质体系相互作用的模型；第二步是进行能量最小化以及分子动力学模拟；第三步是将计算结果进行分析。
Amber分子动力学模拟
pang0416的博客
01-17 877
分子动力学基础理论；模型构建方法及技巧；能量优化、分子动力学模拟；结合自由能计算；分子动力学轨迹分析等；
NAMD 分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用-新手村
y2715163545的博客
06-29 245
6.3 基础分析脚本，例如：能量平衡，RMSD，RMSF，氢键分析，SASA，回转半径等。8.4 对每个窗口的结果进行融合模拟得到完整的 PMF 曲线以铵转运蛋白为例。目标：了解 NAMD 软件，掌握NAMD 安装环境，了解 Linux 语言。2 NAMD 模拟所需文件简介（结构文件，配置文件，参数文件等）目标：以文献为例，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解。12 案例：DNA 在纳米孔中的迁移及测序模拟。八：NAMD 在生物技术计算中的应用实例。七：沿着反应坐标的自由能计算：ABF。
NAMD靶向分子动力学模拟Target molecular dynamic stimulation（附conf文件）
Phd丨jay的博客
06-07 3938
下面附上靶向分子动力学的conf文件，具体问题具体分析，参数根据自己体系进行修改。TMD比常规MD的conf不同就在于EXTRA PARAMETERS 这部分多了一些参数。具体设置可参考上述TMD介绍。conf:############################################################### JOB DESCRIPTION               ...
NAMD跑分子动力学模拟出现的一些问题（更新中）
Phd丨jay的博客
12-28 7433
1.能量最小化平衡的时候，如果没有控制好NVT，会出现盒子变小，蛋白跑出水盒子。但是如果仅仅是控制体积不变，又会造成盒子内溶剂密度太小，产生‘Periodic cell has become too small for original patch grid！’这个错误。 NVT: # Pressure and volume control useGroupPressure       ye...
计算机辅助药物设计中的分子动力学模拟
xiaoxiaoxiaolll的博客
01-14 1348
一、分子动力学概述 随着生命科学理论和计算分析方法的快速发展，药物研发已经进入一个全新的时期，计算机辅助药物设计正是其中的领头技术，通过虚拟筛选潜在的药物小分子，可以大大降低新药研发的成本。分子动力学(Molecular dynamics, MD)模拟作为计算生物学的一个分支，为研究蛋白质动力学行为、蛋白质动态相互作用和生物网络分析提供了新视角、新途径，可以从更微观的角度（分子水平）研究药物靶点蛋白的结构和其它各种性质，实现高效准确的虚拟筛选。 图1 使用分子动力学模拟发表的SCI论文数 .
五步提速高性能计算分子动力学模拟
weixin_33912453的博客
09-01 1886
“大自然并不友善”---在纪录世界各地瘟疫爆发过程的《逼近的瘟疫》一书中曾这样提过。埃博拉、HIV、沙拉……这些病毒我们曾谈之色变，地球在孕育生命的同时，危险也在悄悄潜伏，人类需要在病毒面前尽快找出可以攻克的药物。分子动力学模拟被广泛的应用在现代药物开发设计中，常被称为人类战胜病毒的“武器”。 想要了解生命活动过程并进行针对性的药物设计，仅仅知道病毒的基...
基于AI分子力场模拟分子动力学
weixin_58691953的博客
12-17 1134
概述 本教程将展示如何通过Cybertron架构的AI分子力场进行分子动力学模拟, 模拟经典的克莱森重排反应。 背景介绍 在分子动力学MD（molecular dynamics）模拟中，分子力场（force field）用于描述分子不同的构型和构象所产生的能量和力，通常将体系的势能（potential）U(R)描述为关于体系中各个原子的坐标R的函数，而每个原子所受到的力F(R)等于势能U(R)对原子坐标R偏导数的负数： 代数如下： 在传统的MD模拟中，体系的势能函数通常使用两种..
龙讯旷腾PWmat发PRL：多k点计算的NAMD方法应用于小型超胞与在等效的大型超胞中进行的单个Γ点模拟之间的一致性
PWmat的博客
11-20 186
以硅材料的热电子热化为例，作者证明了多k点计算的NAMD方法应用于小型超胞与在等效的大型超胞中进行的单个Γ点模拟之间的一致性。
计算机模拟物理-MD_数值模拟_分子动力学_
10-01
分子动力学（Molecular Dynamics, MD）是一种强大的计算方法，广泛应用于化学、物理、生物以及材料科学等领域。它基于牛顿运动定律，通过追踪大量粒子在时间上的运动轨迹来研究系统的动态行为。在这个主题中，...
批量分子动力学模拟脚本和示例
02-06
在这个名为"批量MD脚本和示例"的压缩包中，可能包含了用于执行批量分子动力学模拟的脚本和相关的示例数据。这些资源通常由计算化学软件的用户编写，用于自动化处理一系列类似的MD模拟任务。 首先，我们要理解分子...
mr:分子动力学模拟
03-09
在实际应用中，分子动力学模拟需要高性能计算资源，因为涉及大量的粒子和长时间的模拟。因此，许多软件包应运而生，如GROMACS、NAMD、LAMMPS等，它们提供用户友好的界面和高效的计算算法，使得科学家能够方便地进行...
分子动力学分析软件namd 2.7
06-27
NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。[1] 1. 软件所能模拟的...
蛋白质间分子动力学模拟及数据分析PPT学习教案.pptx
10-05
"蛋白质间分子动力学模拟及数据分析PPT学习教案.pptx" 以下是根据给定的文件信息生成的相关知识点： 一、蛋白质结构和对接 * 蛋白质结构是蛋白质间分子动力学模拟的基础 * 蛋白质结构可以通过实验方法获得，也...
Linux中的环境变量
最新发布
qhy850716的博客
07-17 553
我们思考这样一个问题：指令也是可执行程序，我们写好的编译好的c语言也是程序，为什么我们在执行c语言程序时要./a.out带上当前路径，而ls这种指令就不要带路径呢？这就是环境变量PATH的作用，Linux中存在一些全局设置，表明命令行解释器应该去哪个路径下寻找可执行程序。系统中的很多配置在我们登录Linux时就已经被加载到bash中了，也就是内存。
定制 Linux 内核的意义
地球空间
07-17 320
2. **配置内核**：使用 `make menuconfig` 或 `make xconfig` 配置内核，选择需要支持的硬件和功能。1. **性能优化**：通过定制内核，可以针对特定的硬件或应用场景优化性能，比如减少不必要的驱动支持、优化调度算法等。7. **持续维护**：随着时间的推移，可能需要对内核进行更新和维护，以支持新的硬件和功能。6. **测试和调试**：启动系统，测试新内核的功能和性能，根据需要进行调试和优化。4. **安装内核**：编译完成后，将生成的内核镜像和相关的模块安装到系统中。
【Linux杂货铺】期末总结篇4：shell编程
聆风吟的博客
07-17 4305
本文主要分享作者本人期末复习的总结，欢迎大家借鉴浏览。
文件在Linux下为binary格式在Windows下为utf-8格式
qq_38220334的博客
07-17 366
想着是不是之前遇到的问题，有可能是文件中含有特殊字符，然后用vim命令来编辑这个文件，发现，还真是含有一个特殊字符，然后将它删除掉，文件就变成utf-8格式的文件了。在Windows下和Mac下都是没有问题的，在华为云服务器上也是没问题的（操作系统不是centos），但是在自己搭建的Linux服务器（centos）上是有问题的。用shell或者Python脚本去将这个文件转为utf-8格式的，但是都失败了。

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