GEO :将ENTREZ_GENE_ID转换为gene symbol

gset <- getGEO("GSE43322",destdir = ".",getGPL = T)
gset <- gset[[1]]
pdata <- gset@phenoData@data
exprset <- gset@assayData[["exprs"]]
gpl <- gset@featureData@data

#在平台信息中加上探针对应的基因名称
BiocManager::install("org.Hs.eg.db")
library(org.Hs.eg.db)
library(dplyr)
keytypes(org.Hs.eg.db)#查看一下有哪些基因ID
x1 <- gpl$ENTREZ_GENE_ID
x1 <- as.character(x1)
x2 <- AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=x1,columns=c("ENTREZID","SYMBOL",keytype ="ENTREZID"))#keys和keytype需对应
                            gpl$gene <- x2$SYMBOL
                            
                            #将探针表达矩阵和平台信息合并
                            exp <- as.data.frame(exprset)
                            exp.pl <- merge(gpl,exp,by.x = 1,by.y = 0)#将平台信息和含探针信息的表达矩阵按照探针合并
                            exp.pl1 <- distinct(exp.pl,gene,.keep_all=T)#去除重复的基因名
                            exp.pl2 <- na.omit(exp.pl1)#将缺失的基因名去除
                            rownames(exp.pl2) <- exp.pl2$gene
                            exp.pl3 <- exp.pl2[,-c(1:5)]
                            rm(x1,x2,exp,exp.pl,exp.pl1,exp.pl2)