三代测序数据质控过滤拼接

NanoPlot-质量评估

NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估-CSDN博客https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/108701454

NanoPlot --fastq nanopore.fastq.gz -o nanoplot

NanoFilt-数据过滤

nanopore测序技术专题（十六）：利用NanoFilt对数据进行过滤 - 知乎 (zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/93767206

NanoFilt nano.fastq -q 7 -l 1000 --headcrop 50 --tailcrop  50| gzip > clean.NanoFilt.fastq.gz

使用NanoPlot对过滤完的数据再次进行质量评估

Flye——拼接组装

time flye --nano-raw clean.filtlong.fq.gz -g 5.4m -t 12 -o flye

wtdbg2——拼接组装

wtdbg2 | 三代测序数据组装软件③ - 简书 (jianshu.com)https://www.jianshu.com/p/6d819a791f19

canu——拼接组装

• It is requesting:
• -- ERROR    merylMemory=4-12 memory (gigabytes)
• -- ERROR    merylThreads=1-4 threads

三代组装软件Canu简介 - 简书 (jianshu.com)https://www.jianshu.com/p/ac6f29113dfe

canu -d canu -p canu genomeSize=5.4m maxThreads=24 -nanopore clean.filtlong.fq.gz #-d为输出文件 -p输出文件前缀名