Gromacs安装（WSL2、Colab）

WSL2 Ubuntu 20.04.6 LTS

1. 安装WSL2

在bios中打开虚拟化，Advanced -> CPU Configuration -> Intel Virtualization Technology，选择Enabled。

安装WSL2，参考官方文档。

在Windows功能中，启动’适用于Linux的Windows子系统’和’虚拟机平台’，按照提示重启电脑。

在Microsoft Store中搜索Ubuntu，安装Ubuntu 20.04.6 LTS。

安装完成后，启动Ubuntu，设置用户名和密码。

可能默认安装的Ubuntu版本为WSL1，打开Windows终端（win10中的powershell），查看Ubuntu版本。

wsl -l -v

如果版本为1，则将其转换为2；如果版本为2，则跳过此步骤，直接从2. 安装必要的软件继续。

下载Linux内核更新包，下载地址
安装这个包，然后再次打开Windows终端，输入

wsl --set-version Ubuntu-20.04.6 2

2. 安装必要的软件

2.1 安装gcc、g++、cmake

sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install cmake
sudo apt-get update

2.2 安装cuda（需要nVidia显卡）

查看显卡驱动版本最高支持的cuda版本

在终端中输入

nvidia-smi

在官网下载CUDA Toolkit，选择不高于显卡驱动支持的最高版本的CUDA Toolkit。

选择Linux -> x86_64 -> WSL-Ubuntu -> 2.0 -> deb（local）。

复制下面的代码，将其粘贴到终端中，回车执行。

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/wsl-ubuntu/x86_64/cuda-wsl-ubuntu.pin
sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/11.8.0/local_installers/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-8-local_11.8.0-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-11-8-local_11.8.0-1_amd64.deb
sudo cp /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-11-8-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda

配置环境变量

echo 'export PATH=/usr/local/cuda-11.8/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.8/lib64:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

查看cuda版本

nvcc -V

3. 安装Gromacs

3.1 下载Gromacs

在官网下载Gromacs，选择Source code（.tar.gz）。

复制到Ubuntu中（此电脑 -> Linux -> Ubuntu-20.04 -> home -> user name）

解压

tar -zxvf gromacs-2022.3.tar.gz

3.2 安装

AMD显卡、CPU等cmake具体参数设置，参考官方文档。

cd gromacs-2022.3
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.8
make -j4
sudo make install

echo 'source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

3.3 测试

gmx -version

Colab

1. 首次使用

1.1 上传gromacs-2022.tar.gz

在自己的Google云端硬盘中新建一个文件夹gromacs，将gromacs-2022.tar.gz上传到这个文件夹中。

再新建一个文件夹usr_local，用来存放gromacs的运行环境

1.2 在Colab中使用（修改自己上传的gromacs版本）

第一次安装时可以不用选择GPU版本，直接用CPU版本安装。点击左上角的“编辑” -> “笔记本设置”，将“硬件加速器”改为“NONE”，然后点击“保存”。

第一次安装后，将gromacs-2022和usr_local文件夹保留在Google云端硬盘中，之后使用时不再需要重新编译，只需要添加环境变量即可。

2. 后续使用

2.1 在Colab中使用

使用GPU版本，点击左上角的“编辑” -> “笔记本设置”，将“硬件加速器”改为“GPU”，然后点击“保存”。

所有的输入输出都存储的Google云端硬盘中，可以在自己的Google云端硬盘中查看。

2.2 防止断连

免费版本的Google Colab每次使用12小时后会自动断开连接，并且长时间不操作也会断开连接。

在浏览器中ctrl+shift+i打开开发者工具，点击console,然后下面输入

function ConnectButton(){
    console.log("Connect pushed"); 
    document.querySelector("#top-toolbar > colab-connect-button").shadowRoot.querySelector("#connect").click() 
}
setInterval(ConnectButton,180000);

回车执行，可以防止断开连接，每3分钟自动点击一次页面上的按钮。

参考资料

https://www.bilibili.com/read/cv16081398?from=search&spm_id_from=333.337.0.0

https://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html

https://colab.research.google.com/github/bioinfkaustin/gromacs-on-colab/blob/main/GROMACS_for_CHARMM-GUI.ipynb#scrollTo=WV8aP1j0Ra0E

https://blog.csdn.net/jinniulema/article/details/128994223