最近需要用到MPI版本的Gromacs,重新装gromacs,记录一下:
详细的安装可以参考Sob老师的Gromacs安装方法,里面的CMAKE3、FFTW库之前已安装过,所以就不在重复安装,直接安装gmx:
1)先安装openmpi
2)再安装gmx,版本是2019.6
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw338
cmake3 .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_MPI=ON
make install -j
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
(没有指定-DCMAKE_INSTALL_PREFIX路径,所以会安装到/usr/local/gromacs文件夹下)