扩散模型新应用——微软推出蛋白质生成框架EvoDiff

最近，微软推出了一个名为EvoDiff的通用框架，据称它可以根据蛋白质序列生成“高保真度”和“多样性”的蛋白质。

这项技术的意义非凡，因为蛋白质是构成我们身体的疾病的基本组成部分。通过研究蛋白质，我们可以揭示疾病的机制，并找到减缓或逆转疾病的方法。

而通过创造蛋白质，我们可以开发全新的药物和治疗方法。

目前，设计蛋白质的过程非常复杂且昂贵，但EvoDiff的出现可能会改变这一现状。它不需要目标蛋白质的结构信息，从而省去了最繁琐的步骤。

这项技术有望应用于新型治疗药物和药物传递方法的酶的创造，以及用于工业化学反应的新型酶的开发。

蛋白质生成成本高昂

从计算和人力资源的角度来看，目前在实验室设计蛋白质的过程成本高昂。

这个过程涉及两个关键步骤。

• 首先，需要找到一种蛋白质结构，这种结构可以在体内执行特定的任务。
• 其次，需要找到一种可能“折叠”到该结构中的蛋白质序列，也就是构成蛋白质的氨基酸序列。

只有当蛋白质正确折叠成三维形状时，它才能发挥其预期功能。这个过程需要大量的计算和人力资源，因此成本很高。

但有时候我们不必把事情搞得太复杂。

最近，微软推出了一个名为EvoDiff的通用框架。微软表示这个框架可以只在给定蛋白质序列的情况下，生成高保真、多样化的蛋白质。

与其他蛋白质生成框架不同的是，EvoDiff不需要任何关于目标蛋白质结构的信息，这样就省去了通常最费力的步骤。

▲产生蛋白质的过程

EvoDiff框架

EvoDiff框架的核心是一个6.4亿参数的模型，该模型是通过使用来自不同物种和功能类别的蛋白质数据进行训练而得到的。

训练模型所使用的数据来自于序列比对的OpenFold数据集以及UniRef50和UniProt的数据子集。

UniProt是由UniProt联盟维护的蛋白质序列和功能信息数据库。通过使用这些数据，EvoDiff框架能够训练出一个强大的模型，用于生成蛋白质等任务。

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