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论文名称：Effective gene expression prediction from sequence by integrating long-range interactions
论文地址：https://www.aminer.cn/pub/615d7dd35244ab9dcb92df24?f=cs
DeepMind 的研究者表示，「我们相信 AI 可以帮助我们深入理解这些复杂的领域，加速科学进步，并未人类健康带来潜在收益。」
以往关于基因表达的研究通常使用卷积神经网络作为基本构建块，但这些网络在建模远端增强子（enhancer）对基因表达的影响方面存在局限。增强子是 DNA 上一小段可与蛋白质结合的区域，与蛋白质结合之后，基因的转录作用将会加强。增强子可能位于基因上游，也可能位于下游，且不一定接近所要作用的基因，这是因为染色质的缠绕结构，使序列上相隔很远的位置也有机会相互接触。因此，要想精确研究增强子对基因表达的影响，模型需要「阅读」尽可能长的 DNA 序列。
DeepMind 表示，他们最初的探索依赖于 Calico 的 Basenji2 模型，它可以从相对较长的 DNA 序列（40, 000 个碱基对）中预测调控活性，但这个长度还是不够。
基于这些认识，研究者意识到，要想捕获长序列，必须在基本架构层面进行改变。
于是，他们开发了一个基于 Transformer 的新模型——Enformer，以利用自注意力机制处理更大范围的 DNA 上下文。和擅长阅读长文本的 Transformer 类似，改造后的 Enformer 能够「阅读」很长的 DNA 序列，可处理的序列长度达到之前的 5 倍（200, 000 个碱基对）。有了这样一个模型，研究者就能从更长的 DNA 序列上建模增强子对基因表达的影响。
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