freesurfer分割流程——recon-all 二 Scripts文件夹介绍

最新推荐文章于 2024-11-02 00:18:43 发布
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分类专栏： freesurfer 文章标签： linux 图像处理
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Scripts文件夹

运行完recaon-all以后，如果发现终端输出报错或者显示警告，首先我们应该检查日志scripts文件夹下面的recon-all.log文件，看出错位置，解决问题。如果看到finished without error，该被试成功跑完了所有步骤。

AliceMeng20
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matlab齿轮代码-freesurfer-recon-all:执行FreeSurfer皮质重建过程的全部或任何部分
06-16
matlab 国家代码 scitran/freesurfer-recon-all 此构建上下文将创建一个构建到 的映像，该映像可以在 内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。 您必须阅读并同意许可协议和 。 获得许可证后，您可以在构建容器之前编辑manifest.json文件以包含许可证详细信息。 没有许可证，代码的执行将失败。 此图像是使用包含的 Matlab MCRv84 构建的。 MCR 需要运行可选的海马子域和脑干结构处理（请参阅 参考资料）。 生成的图像约为 12GB，构建时间约为 15 分钟。 配置选项 用于运行算法（并添加许可证）的配置在manifest.json中定义。 文件中描述了可用的选项及其默认值。 如果您想在本地运行此设备时使用特定选项，您可以修改每个选项的default键，这些键将在本地运行期间使用 - 在使用 Docker 执行时执行。 本地使用示例 此 Gear 设计为在 内运行，但您可以在本地运行此 Gear。 要从此映像运行recon-all ，您可以执行以下操作： # Note that the
使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（详细版）
zQIANYUN的博客
11-23 3597
1、安装好matlab和freesurfer2、在目标位置创建文件夹3、开放权限4、将需要计算的nii文件放入文件夹。
Freesurfer简介及学习推荐
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u012570044的博客
03-15 2万+
Freesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可以进行多种模态数据的预处理、皮层重建、volume与surface的互相 之间的配准等。Freesurfer许多功能都可以利用软件包中集成好的pipeline来实现，可以参考官网进行了解，也可以调用一些单独的命令来实现自己的需求，比如查看.mgz/.nii.gz等格式文件的信息时用到的mri_info等。具体介...
freesurfer reconall结果文件介绍
KaSuo幻影的博客
08-24 1817
freeview -v \ good_output/mri/T1.mgz \ good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh..
freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
03-14 3467
freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍freesurfer的安装freesurfer对结构像分割流程及批处理代码freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍scripts文件夹——存放日志文件mri文件夹——存放结构图像和分区模板图像suef文件夹——存储软脑膜表面，白质文件，把脑吹膨胀的软脑膜表面label文件——存储解剖模板，如DK模板和a2009模板stats文件——存储每个分区的灰质体积，皮层厚度，曲率等形态学信息皮层厚度曲率 freesurfer的安装 freesurf
freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍
AliceMeng20的博客
08-23 196
recon命令-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputp​ath{output_dir}下。
Freesurfer学习笔记——Segmentations3.6
KaSuo幻影的博客
04-23 1659
Segmentations 分割，就是把不同value的体素分派到不同的结构中。可以在lookup table中查到相应的结构，同时可以在color table中查到他们相应的颜色。 Loading 加载brainmask or T1 volume之后，可以通过加载按钮加载一个分割的volume，点击黄色文件夹，在mri文件夹中选择所需的文件，打开；刚加载完成，分割的volume会覆盖在br...
Python库 | freesurfer_surface-1.2.0-py3-none-any.whl
02-16
4. **接口对接**：freesurfer_surface提供了与FreeSurfer命令行工具的接口，可以直接调用FreeSurfer的命令，如`recon-all`，实现更复杂的分析任务。 5. **数据导入导出**：支持多种数据格式的导入和导出，如GIFTI、...
recon-all-v7.1.1-parallel-patch:这是一个修补程序的修补程序，它消除了两个地方的并行性，以消除有时会导致失败的竞争条件。
04-02
recon-all-v7.1.1-parallel-patch 这是 （2020年7月27日）中所有内容的修补程序，该版本在两个地方删除了并行性，以删除有时会导致... 使用以下命令安装： patch /usr/local/freesurfer/bin/recon-all parallel.patch
freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.2.0.tar 之二
09-25
freesurfer自己需要时只能慢吞吞用10+kb的速度下载，文件5个G，要下载3天半，非常费时，故上传资源，需要可自行下载。因为每次上传不能超过1G，所以分了几个帖子。第二节。
PyPI 官网下载 | freesurfer_surface-1.2.0-py3-none-any.whl
01-05
资源来自pypi官网。 资源全名：freesurfer_surface-1.2.0-py3-none-any.whl
Linux特种文件系统--tmpfs文件系统
刘元林的博客
10-29 1078
tmpfs类似于RamDisk（只能使用物理内存），使用虚拟内存（简称VM）子系统的页面存储文件。tmpfs完全依赖VM，遵循子系统的整体调度策略。说白了tmpfs跟普通进程差不多，使用的都是某种形式的虚拟内存，至于数据存储在物理内存中还是在交换分区中，全权交由VM子系统。定义： 是一个基于内存的文件系统，它在 RAM 中存储数据，因此访问速度非常快。用途： 通常用于存储临时文件，这些文件不需要永久保存，而且频繁读写。使用 可以减少对物理磁盘的磨损，并提高性能。示例路径：常见的 挂载点包括 、、 等。持
【Linux】MySQLMGR主从复制
Stringzhua的博客
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MySQL是⽬前最流⾏的开源关系型数据库，国内⾦融⾏业也开始全⾯使⽤，其中MySQL5.7.17提出的 MGR(MySQL Group Replication)既可以很好的保证数据⼀致性⼜可以⾃动切换，具备故障检测功能、 ⽀持多节点写⼊，MGR是⼀项被普遍看好的技术。MGR(MySQL Group Replication)是MVSQL⾃带的⼀个插件，可以灵活部署。
第三章.Linux文件管理和IO重定向
Raymond的博客
10-30 79
Linux的文件系统分层结构：FHS Filesystem Hierarchy Standard参考文档：http://www.pathname.com/fhs/ 1.3 应用程序的组成部分 1.4 CentOS 7 以后版本目录结构变化 /bin 和 /usr/bin /sbin 和 /usr/sbin /lib 和/usr/lib /lib64 和 /usr/lib64 范例： 1.5 Linux下的文件类型 - 普通文件 d 目录文件directory b 块设备block c 字符设备cha
‌Linux tac命令‌
weixin_37788102的博客
10-30 334
tac命令实际上是cat命令的一个变体，尽管它的功能相对简单，但在某些情况下非常有用。例如，当需要查看文件的最后一行（通常是标题或总结）时，使用tac命令可以避免滚动查看整个文件。此外，tac命令对于处理大型文件或需要快速定位文件末尾内容的情况非常有用‌。‌Linux tac命令‌是一个用于逆序显示文件内容的工具，其名称来源于“cat”的反向拼写。tac命令的基本功能是将文件的内容从最后一行开始输出，直到第一行结束，这与cat命令的功能相反，cat命令是从第一行开始输出直到最后一行。tac命令的基本用法。
Linux 之 信号概念、进程、进程间通信、线程、线程同步
挥剑决浮云的博客
11-01 639
如果释放互斥锁时有一个以上的线程阻塞，那么这些阻塞的线程会被唤醒，它们都会尝试对互斥锁进行加锁，当有一个线程成功对互斥锁上锁之后，其它线程就不能再次上锁了，只能再次陷入阻塞，等待下一次解锁。事实上，子进程是父进程的一个副本，譬如子进程拷贝了父进程的数据段、堆、栈以及继承了父进程打开的文件描述符，父进程与子进程并不共享这些存储空间，这是子进程对父进程相应部分存储空间的完全复制，执行fork()之后，每个进程均可修改各自的栈数据以及堆段中的变量，而并不影响另一个进程。是一族函数，而不是一个单独的函数。
Linux 基础IO
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对Linux的文件系统和IO接口进行了简单的介绍
1Panel 是新一代的 Linux 服务器运维管理面板
qq_44534541的博客
10-29 491
1Panel 是一款新一代的 Linux 服务器运维管理面板，旨在通过现代化的 Web 界面帮助用户轻松管理 Linux 服务器。它集成了主机监控、文件管理、数据库管理、容器管理等功能，并且支持多语言和国际化，包括英语、中文(繁体)和日语。
bash: /home/nxl/freesurfer/bin/recon-all: /bin/tcsh: 错误的解释器: 没有那个文件或目录
04-05
这个错误提示说明在运行 `/home/nxl/freesurfer/bin/recon-all` 命令时，系统无法找到 `/bin/tcsh` 解释器。 可能的原因是 `/bin/tcsh` 解释器没有安装在系统中，或者路径设置不正确。你可以尝试使用以下命令来查找 `tcsh` 解释器是否存在于系统中： ``` which tcsh ``` 如果 `tcsh` 存在于系统中，你可以尝试修改 `/home/nxl/freesurfer/bin/recon-all` 文件的第一行，将解释器路径修改为正确的路径。例如，如果 `tcsh` 解释器存在于 `/usr/bin/tcsh`，则可以将第一行修改为： ``` #!/usr/bin/tcsh ``` 如果 `tcsh` 解释器不存在于系统中，你需要先安装 `tcsh` 解释器，然后再运行 `/home/nxl/freesurfer/bin/recon-all` 命令。在 Ubuntu 系统中，你可以使用以下命令来安装 `tcsh`： ``` sudo apt-get install tcsh ``` 安装成功后，你可以再次运行 `/home/nxl/freesurfer/bin/recon-all` 命令。
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