freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍

处理流程介绍

核心分割指令 recon-all

recon命令

recon-all -i ${data_dir}/001.dcm -s ${output_dir}  -sd ${output_path}

-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在