好看的云图对我们论文的质量有着至关重要的影响,lammps中如下图lammps仿真过程通过输出温度数据、用origin绘制的的温度分布云图:
在分子动力学仿真过程中,云图的应用较多,如做力学性质的常常需要绘制应力应变云图,做热力学性质的常常需要绘制温度云图,但大致绘制思路基本一致,均是根据有限元的思想,将整个系统划分为若干个块,每个块中包含有若干个原子,计算每个原子温度(应力、应变、速度等)的平均值。本文将介绍如何利用利用lammps命令输出温度数据以绘制温度云图。
用到的命令有(详细介绍参加lammmps官网)
compute chunk/atom
fix ave/chunk
本文添加的命令为
compute T1 all chunk/atom bin/2d x lower 2 y lower 2 units box
fix saveT2 all ave/chunk 1 1000 1000 T1 temp file Tyuntu.data