【Windows下安装MRtrix3】

MSYS2下载安装

MSYS2提供了一个完整的类Unix终端环境，包括bash shell，并允许使用MinGW编译器将应用程序编译为Windows本地代码。如果您计划使用MRtrix3 GUI组件mrview和shview，这一点尤其重要，因为这些组件通常无法正常工作（至少不可靠或不具有全部性能）。

1. 下载并安装最新的64位MSYS2安装程序（文件名格式应为msys2-x86_64-*.exe）
   下载地址：[link](https://www.msys2.org/）

2. 运行安装程序。安装MSYS2需要64位Windows 10或更高版本。

3. 输入所需的安装文件夹（建议遵循命名标准规则）。

   
   4. 完成后，单击完成。
   
   5. 现在MSYS2已经准备好了，UCRT 64环境的终端将启动。
   

MSYS2下MRtrix3的安装

在打开的UCRT 64环境下输入以下代码(复制后使用shift+insert插入到终端)：

pkg=$(curl -s https://api.github.com/repos/MRtrix3/mrtrix3/releases/latest | grep browser_download_url.*.tar.zst | awk ‘{print $2}’ | tr ‘"’ ’ ’ | sort -n | tail -n 1 )
echo $pkg
curl -L $pkg -O
pacman -U $(basename $pkg)

安装过程可能会持续20分钟左右，会执行以下步骤：
1.找出最新软件包的URL
2.打印出URL以检查它是否符合预期（这应该报告类似https://github.com/MRtrix3/mrtrix3/releases/download/3.0.3/mingw-w64-x86_64-mrtrix3-3.0.3-2-x86_64.pkg.tar.zst的内容）
3.下载并使用pacman安装包
注：若要升级再次执行安装过程即可

检查安装是否成功

在安装MSYS2是会得到MSYS2 MSYS，MSYS2 MINGW64及MSYS2 UCRT64，我们打开MSYS2 MINGW64，输入以下代码查看是否安装成功。

mrconvert --version

输出版本信息表明成功安装，使用可参考链接：MRtrix3

若显示-bash: mrconvert: command not found 请尝试设置环境变量。

1. 确定 MRtrix3 的安装路径： 通常情况下，MRtrix3 的默认安装路径是 /usr/local/mrtrix3/bin。在 MSYS2 中，你可以通过以下命令确认这一点：

ls /usr/local/mrtrix3/bin

如果该目录存在，并且里面包含 mrconvert 等可执行文件，说明 MRtrix3 已经成功安装。

注：以实际路径进行调整，我在D:\MSYS2\mingw64\bin 文件夹下找到了mrconvert等可执行文件，则为ls D:/MSYS2/mingw64/bin，第三步中同理。

2. 在 MSYS 的终端中运行以下命令：

nano ~/.bashrc

3. 添加环境变量： 在文件的末尾添加以下行（确保根据你的安装路径进行调整）：
   使用方向键移动光标到尾部添加命令行。

export PATH="/usr/local/mrtrix3/bin:$PATH"

4. 保存并退出： 如果你使用的是 nano，可以按 CTRL + O 保存文件，然后按 CTRL + X 退出。
5. 更新环境变量： 要使更改立即生效，运行以下命令：

source ~/.bashrc

6. 再次尝试MINGW64下mrconvert --version是否可用
   参考链接
   mrtrix
   MSYS2
   脑技术计划