（踩坑向+靠谱安装贴记录）ubuntu20.04安装freesurfer、FSL、ANTs、MRtrix，虚拟机

皎皎如月明

已于 2023-12-29 19:59:06 修改

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文章标签： ubuntu linux

于 2022-06-12 15:44:48 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/mingrisanyang/article/details/125236197

版权

由于不懂电脑，被安装双系统的电脑小哥坑了，啊只给我根目录划了13G存储空间是什么魔鬼

尝试扩容结果ubuntu系统配置文件损坏进不去了，之前好不容易安装好的所有软件都没了，呜呜呜

在实验室小伙伴们倾情安利下，重新安好了虚拟机

0.虚拟机安装ubuntu20.04（双系统请跳过）

参考八分钟完成VMware和ubuntu系统安装_哔哩哔哩_bilibili

安装完以后，调整虚拟机配置

尽量不要放在机械硬盘，会有点卡

设置共享文档这样可以将windows的文档分享给ubuntu

虚拟机的快照功能真的强，可以记录当前环境设置并留着以后还原

大佬为了给我演示快照功能，直接整崩我的ubuntu再快照复原的操作是真的秀到我了hhh

1.Freesurfer

FreeSurfer 安装（Ubuntu20.04）_Hannah不要BBQ的博客-CSDN博客_freesurfer ubuntu安装（这个不是特别详细，不太适合刚接触linux系统的小白）

FreeSurfer的安装及使用（个人踩坑记录）_凊-of的博客-CSDN博客_freesurfer

（这个新手友好）

安装tsch出现问题

运行sudo apt-get install/update/或其他命令时，由于各种说不清的原因有时会出现如下提示：
E: 无法获得锁 /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (11: 资源暂时不可用)

E: Unable to acquire the dpkg frontend lock (/var/lib/dpkg/lock-frontend), is another process using it？

强制解锁（记得重启）

sudo rm /var/cache/apt/archives/lock

sudo rm /var/lib/dpkg/lock

2.FSL

网上看大家建议是不要用清华和中科大的镜像

注意：FSL安装最好要到指定官网下载 fslinstaller.py ，不要去下载清华或者中科院的镜像，我开始下载的清华镜像，是fsl5.0.8版本，没有fslview、fsleyes等功能，找了半天问题，建议最好就是下载py文件进行编译，这就是最新的fsl安装版本。

参考Ubuntu20.04下MRtrix3, Freesurfer, FSL的安装_yoyoxueli123的博客-CSDN博客_安装mrtrix3

Ubuntu通过python脚本安装FSL_QYD_的博客-CSDN博客_fsl安装（这个非常详细，更适合刚入门，包含了配置环境变量）

配置完以后记得source一下，如果还不行就重启一下终端

3.MRtrix

（重新安装一遍发现MRtrix已经不推荐一个一个装库配置环境了，我用这个老方法发现在链接Qt的时候有很多问题，网上搜了很多没法解决，最后装了miniconda才安装成功，最新参考这个MRtrix3在ubuntu20.04下的安装及可能遇到的坑_mrtrix3 安装-CSDN博客）

B站大佬有很详细的安装及使用教程，实验室师兄和小伙伴推荐

MRtrix3-弥散像分析和神经纤维束追踪-01：安装MRtrix3_哔哩哔哩_bilibili

****之前遇到过无法链接到git克隆的问题（我第一遍安装的时候，几乎把所有坑都踩了一遍）

解决方法：输入命令
git config --global url."https://".insteadOf git:// （直接输入这段话就可以，不用去找项目的具体地址）

参考fatal: 无法连接到 github.com_nownow_的博客-CSDN博客

其实就是把https换成git就行了

*还遇到了github拒绝连接的问题（先用虚拟机的浏览器看下你能不能翻墙，解决网络问题）

可以尝试一下 sudo apt-get install git

可以尝试改hosts文件

可以尝试把https换成http （本人有次用这个竟然真的有效）

*如果你怎么都连接不上github，无法clone，查找了很多资料发现都没作用

检查一下你有没有挂梯子.....我看到一个博客里面提到网络连接和代理问题，尝试关掉我的梯子，再用git://就能成功clone了

*如果是在make -j 4（安装ANTs时用到）

这些命令中包含了从github克隆的指令，但是又无法链接到github

参考ubuntu 20.04 | 解决 Connecting to raw.githubusercontent.com :443... failed: Connection refused._软耳朵DONG的博客-CSDN博客

修改hosts文件，加一个github.com的ip，就可以了

4.ANTs

LInux环境下ANTs软件安装_The_best_man的博客-CSDN博客

Linux 下Cmake+ITK+ANTs安装配置（Could not find ZLIB）_喜之郎0317的博客-CSDN博客

Linux系统下的ANTs的安装_我都傻了�的博客-CSDN博客_ants安装

参考这几个，但是注意一下先安装make

sudo apt-get install make

然后再./configure才能跑起来

******检查一下你的make cmake ccmake itk有没有安装（which语句）

如果不要求最新版本的话，可以用命令安装

pip install itk

*遇到问题

-- Could NOT find OpenSSL, try to set the path to OpenSSL root folder in the system variable OPENSSL_ROOT_DIR (missing: OPENSSL_CRYPTO_LIBRARY OPENSSL_INCLUDE_DIR)
CMake Error at Utilities/cmcurl/CMakeLists.txt:586 (message):
Could not find OpenSSL. Install an OpenSSL development package or
configure CMake with -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF to build without OpenSSL.

-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/gpu/cmake/cmake-3.23.2/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/gpu/cmake/cmake-3.23.2/CMakeFiles/CMakeError.log".
---------------------------------------------
Error when bootstrapping CMake:
Problem while running initial CMake
解决方法：编译时提示 Could NOT find OpenSSL 的解决方法_Npgw的博客-CSDN博客

安装一下openssl依赖

sudo apt-get install libssl-dev

再执行./configure

*因为ANTs依赖的包很多，需要cmake、ccmake、ITK，中间ccmake出来的参数也需要修改，有些教程没有提到，默认你有，其实很坑

cmake和ccmake的安装包不一样，ccmake是 sudo apt-install cmake-curses-gui

*ccmake修改ANTs的参数时，我没有SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL这一项，不知道为什么，按t看了下，也没有这项，太致命了，后面修改host以后就能链接github了

可能是因为SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL这个是针对由于防火墙导致的连接github失败，我的问题是host里面没有github的ip....（电脑小白头秃）