生物信息百Jia软件（23）：SOAPdenovo

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编者按
SOAPdenobo是soap系列软件中最好用的一款。已经完成非常多的基因组的拼接了，我曾经用过模拟数据，比较SOAPdenovo和velvet以及spades等几款软件的拼接效果，SOAPdenovo无论是完整性还是准确性方面效果否非常好。

一、功能分类：
序列拼接

二、软件官网：
http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/SOAPdenovo2/

三、软件介绍:
SOAPdenovo是由华大基因开发的SOAP软件包的一部分，SOAPdenovo主要用于短序列reads拼接，尤其是illumina测序数据。从小的细菌基因组到大的动植物基因组，人基因组都适用。已经成功应用于大熊猫基因组，黄瓜基因组等众多基因组的拼接中。
SOAPdenovo的一个优点是使用起来比较简单，但是却拥有很好的拼接效果，尤其在基因组构建Scaffold方面，效果很好。对于内存控制的也比较好。通常只要给软件输入测序的数据，即可拼接出很好的全基因组。

四、下载安装：
wget https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/SOAPden