如何用iTOL绘制简单的物种进化树

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一、前言

当拥有一组物种名或Taxonomy ID后，如何用iTOL网站绘制简单的物种进化树？

参考资料：https://zhuanlan.zhihu.com/p/443229461?utm_id=0

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二、步骤

1.建立物种txt文件

将物种名或Taxonomy ID复制进txt文件。

2.NCBI网站转为.phy文件

进入NCBI网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，选择Taxonomy，点击Search。

• 点击Common Tree。

• 上传文件后点击Choose subset。

• 点击choose。

• 选择phylip tree再点save as，得到.phy文件。

• 文件长这个样子。

3.iTOL网站画图导出

• 点击upload
  

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• 点击分支为对应的一组物种添加背景颜色

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选择导出格式，分辨率后导出

三、总结

缺点是只有花钱订阅才能长期保存画好的图的样式，免费版每次退出重进样式会清空。