使用R包itol.toolkit制作精美进化树

不懂python不懂R

已于 2023-03-08 16:36:00 修改

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分类专栏： itol.toolkit 文章标签： r语言聚类开发语言

于 2023-03-02 19:48:45 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44231554/article/details/129306969

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1.准备文件

1.1：iTOL网站：https://itol.embl.de/
1.2：一个nwk格式文件，SPL3.nwk，可以使用mega生成，格式如下：

((((name04,name05),name06),name01),name02,(name03,name07));

1.3：一个详细信息文件比如SPL3.txt，格式如下：

ID	Phylum	Genus	Expression_level
name01	c	Salvia miltiorrhiza	0.8
name02	a	Ambrosia artemisiifolia	1.3
name03	b	Platanus acerifolia01	1.6
name04	c	Platanus acerifolia02	1.8
name05	c	Platanus acerifolia03	1.4
name06	c	Platanus acerifolia04	1.2
name07	b	Cardamine hirsuta	1.1

这个SPL3.txt文件需要自己提前准备好，其中ID列是自己起的名字，Phylum的含义是哪些聚类在一起，Genus的含义是基因的名字，Expression_level的含义是表达量，

2.使用R包itol.toolkit进行文件加工

getwd()
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Biostrings")
install.packages("devtools") # if you have not installed "devtools" package
devtools::install_github("TongZhou2017/itol.toolkit")

library(itol.toolkit)
library(data.table)
library(dplyr)    # alternatively, this also loads %>%
tree_1 <- "SPL3.nwk"
hub_1 <- create_hub(tree_1)
data_file_1 <- "SPL3.txt"
data_1 <- data.table::fread(data_file_1)

# relabel by genus
unit_1 <- create_unit(data = data_1%>%select(ID, Genus), 
                      key = "SPL3_labels", 
                      type = "LABELS",
                      tree = tree_1)

# tree_colors range by phylum
unit_2 <- create_unit(data = data_1 %>% select(ID, Phylum), 
                      key = "SPL3_range", 
                      type = "TREE_COLORS", 
                      subtype = "range", 
                      tree = tree_1)
unit_3 <- create_unit(data = data_1 %>% select(ID,Expression_level), 
                      key = "SPL3_Expression_level", 
                      type = "DATASET_SIMPLEBAR",
                      tree = tree_1)
unit_3@specific_themes$basic_plot$size_max <- 100

hub_1 <- hub_1 + 
  unit_1 + 
  unit_2+
  unit_3
write_hub(hub_1,getwd())

输出的结果文件有三个：SPL3_labels.txt，SPL3_Expression_level.txt，SPL3_range.txt
SPL3_labels.txt内容如下

LABELS
SEPARATOR TAB
DATA
name04	Platanus acerifolia02
name05	Platanus acerifolia03
name06	Platanus acerifolia04
name01	Salvia miltiorrhiza
name02	Ambrosia artemisiifolia
name03	Platanus acerifolia01
name07	Cardamine hirsuta

SPL3_Expression_level.txt内容如下：

DATASET_SIMPLEBAR
SEPARATOR TAB
DATASET_LABEL	SPL3_Expression_level
COLOR	#ffff00
LEGEND_TITLE	Example legend title
LEGEND_SHAPES	1	1	2	2
LEGEND_COLORS	#ff0000	#00ff00	#00ffff	#0000ff
LEGEND_LABELS	value1	value2	value3	value4
MARGIN	0
DATASET_SCALE	0.8	NA	1.8
WIDTH	1000
HEIGHT_FACTOR	1
MAXIMUM_SIZE	100
BAR_SHIFT	0
BAR_ZERO	0
DATA
name04	1.8
name05	1.4
name06	1.2
name01	0.8
name02	1.3
name03	1.6
name07	1.1

SPL3_range.txt内容如下：

TREE_COLORS
SEPARATOR TAB
DATA
name04	range	#7570b3	c
name05	range	#7570b3	c
name06	range	#7570b3	c
name01	range	#7570b3	c
name02	range	#1b9e77	a
name03	range	#d95f02	b
name07	range	#d95f02	b

3.使用iTOL网站进行美化

使用之前最好注册个账号，好处是能保存你的运行记录
3.1
upload a tree，上传上述的SPL3.nwk即可，但是，出来的图会比较简陋，此时，我们的itol.toolkit就发挥了它的价值
在这里插入图片描述
然后点击右边红框里的Datasets，然后upload annotation files

首先上传SPL3_labels.txt，名字立即得到注释；然后上传SPL3_range.txt；然后上传SPL3_Expression_level.txt；

后记：iTOL里面还有很多小的技巧和参数，另外itol.toolkit的功能很强大，我只是用了其中的三个小功能，后期还要继续探索学习