动植物代谢最新研究进展（2021年7月）

01

Metabolites︱研究玉米棒对干旱胁迫响应的代谢组学方法

由一路向北编译

来自纽约大学的Isabella Gaffney和Jonathan Brett Sallach于2021年7月3日在《Metabolites》上发表了题为《Metabolomic Approaches to Studying the Response to Drought Stress in Corn (Zea mays) Cobs》的文章，玉米是全球最重要的粮食作物之一，对不同的生长环境具有很强的适应性。然而，干旱是玉米作物产量的主要限制因素，而且由于干旱时间的增加，气候变化正在威胁粮食安全。本研究应用冻干方法在非靶向 HRMS 代谢组学方法中探索干旱对玉米代谢组的影响。结果表明，实验性干旱胁迫玉米的代谢组学特征出现差异，且是在三叶期干旱胁迫开始时出现的。研究者在两种植物组织——籽粒和内部穗轴中也观察到了对干旱胁迫的反应差异，而干旱胁迫响应在两种组织类型中均占主导地位。

摘要：代谢组学是一种允许评估植物所有可提取化学特征的技术，例如，使用高分辨率质谱 (HRMS)，并可用于评估植物应激反应（如干旱引起的应激反应）。代谢组学分析取决于提取方案的效率，目前，代谢组学实验中广泛使用的提取方法有两种，一种是从液氮处理的植物组织中提取，另一种是从冻干植物组织中提取。本文中，研究者使用非靶向代谢组学对两者进行了评估，发现与更传统的液氮加工相比，冻干可以稳定玉米可提取的代谢组，提高提取量和提取效率。然后，研究者应用冻干方法在非靶向 HRMS 代谢组学方法中探索干旱对玉米代谢组的影响，代谢组学揭示了成熟玉米代谢组在两个关键发育阶段（三叶期和籽粒灌浆期）经历了三种干旱条件后的差异；此外，研究者还在两种组织类型（籽粒和内部穗轴）中观察到了这种差异。结果表明，在理想条件下，组织类型的生化构成是不同的。然而，在压力条件下，压力反应能够主导代谢特征。其他植物系统中已知的干旱相关代谢物已被鉴定，代谢组学揭示了玉米系统中潜在的新型干旱胁迫指标。

关键词：玉米；代谢组学；液质联用；高分辨率质谱；非生物胁迫；气候变化

原名：Metabolomic Approaches to Studying the Response to Drought Stress in Corn (Zea mays) Cobs

译名：研究玉米棒（Zea mays）对干旱胁迫响应的代谢组学方法

期刊：Metabolites

IF：4.932

发表时间：2021.7.3

通讯作者：Jonathan Brett Sallach

通讯作者单位：美国纽约大学

DOI号：10.3390/metabo11070438

原文链接：

https://www.mdpi.com/2218-1989/11/7/438/htm

02

Metabolites︱鲫鱼对缺氧和再充氧的代谢组学反应因组织而异，并暗示了不同的生存策略

由一路向北编译

2021年7月1日奥斯陆大学的Sjannie Lefevre和Helge-Andre Dahl等人在《Metabolites》上刊登了文章《The Metabolomic Responseof Crucian Carp (Carassius carassius) to Anoxia and Reoxygenation Differsbetween Tissues and Hints at Uncharacterized Survival Strategies》。本研究中，研究者采用高通量方法来全面调查了鲫鱼在氧气耗尽时发生的代谢事件，和重新引入氧气时发生的代谢事件。研究表明，在早期再充氧阶段，就 ETC 和氧化磷酸化而言，心脏线粒体的恢复似乎与其他组织完全不同，可能反映了保护机制，但也可能是由于心脏只接收已被其他组织大量吸氧的静脉血，特别是在再充氧的早期。研究者在血浆中也观察到高水平的琥珀酸、尿酸和尿素，以及肝脏中琥珀酸和尿酸和大脑中尿素的大量积累，并提出了这些代谢物是否在组织之间运输的问题。

摘要：多年来，人们对耐缺氧鲫鱼 (Carassius carassius) 进行了详细研究，特别关注耐缺氧的潜在生理机制。然而，很少有研究者关注缺氧之外的事情，他们通常重点关注的是单个器官或组织类型。在这项研究中，作者通过毛细管电泳-质谱 (CE-MS) 对来自四个实验组的大脑、心脏、肝脏和血浆中的 100 多种代谢物进行了量化，分别是常氧（对照）鱼、暴露于缺氧的鱼和两个暴露于缺氧然后再充氧 3 小时或 24 小时的组别。与大脑和肝脏相比，在缺氧期间的心脏恢复得更慢，这主要是由于携带能量的化合物 ATP、GTP 和磷酸肌酸的控制浓度恢复较慢。鲫鱼在大多数组织中积累了氨基酸，而且在缺氧期间研究的所有组织中琥珀酸含量也出奇地高。嘌呤分解代谢增强，导致缺氧期间尿酸积聚，尿素形成增加，持续到再充氧 24 小时。代谢物积累和分布的这些组织特异性差异可能表明组织之间存在复杂的运输系统，为研究减少再氧合过程中活性氧 (ROS) 产生和由此产生组织损伤的机制开辟了新途径。

关键词：代谢组学；糖酵解；电子传递链；富马酸盐; 琥珀酸; 替代电子受体；嘌呤核苷酸循环；能量学；尿素/尿酸溶解

原名：The Metabolomic Response of Crucian Carp (Carassius carassius) to Anoxia and Reoxygenation Differs between Tissues and Hints at Uncharacterized Survival Strategies

译名：鲫鱼对缺氧和再充氧的代谢组学反应因组织而异，并暗示了不同的生存策略

期刊：Metabolites

IF：4.932

发表时间：2021.7.1

通讯作者：Sjannie Lefevre

通讯作者单位：奥斯陆大学

DOI号： 10.3390/metabo11070435

原文链接：

https://www.mdpi.com/2218-1989/11/7/435/htm

03

Metabolites | 单一和联合暴露于干旱和升高的 CO2 浓度能够促进咖啡的主要代谢物谱变化

由一路向北编译

葡萄牙里斯本新大学的Ana I. Ribeiro-Barros,José C. Ramalho和Carla António等人于2021年6月29日在《Metabolites》上发表了文章《Primary Metabolite Profile Changes in Coffee Promoted by Single and Combined Exposure to Drought and Elevated CO2Concentration》。关于咖啡植物对单一和联合暴露于干旱和/或 eCO2 的反应，研究者通过气相色谱飞行时间质谱 (GC-TOF-MS) 主要代谢物分析进一步探讨了缺水环境中植物的变化，并探究了eCO2 如何影响咖啡属植物的干旱反应和植物恢复力。总体而言，本研究的代谢物分析结果显示干旱对两种广泛交易的咖啡品种产生了重大影响，而eCO2 明显减少了 Icatu（非 CL153）MWD 下的代谢物变化，导致代谢特征接近其 WW 植物的代谢特征。

摘要：气候变化对包括咖啡在内的全球许多作物构成重大威胁。本研究探索了两种咖啡基因型（C. canephora cv. Conilon Clone 153和C.arabica cv. Icatu）中的主要代谢物反应。在正常 (aCO2) 或升高 (eCO2) CO2 ：浓度分别为 380或 700 ppm的情况下，在充分浇水 (WW)、中等 (MWD) 或严重 (SWD) 缺水条件中让咖啡生长，以评估咖啡对干旱的反应，以及探究 eCO2 如何影响这种反应，其中，主要代谢物使用气相色谱飞行时间质谱代谢组学平台 (GC-TOF-MS) 进行分析。研究者在两种基因型中共鉴定出 48 种主要代谢物（23 种氨基酸和衍生物、10 种有机酸、11种糖和 4 种其他代谢物），两种基因型均存在差异。在 aCO2和干旱（MWD 和 SWD）的单一和组合条件下，研究者在 CL153 植物中观察到代谢物水平增加，而在两种干旱条件下，研究者在 eCO2 下观察到水平降低。Icatu在 MWD 下显示出微小差异，并且仅在 SWD 下，两种 CO2 浓度条件中显示出水平（尤其是氨基酸）增加的情况。总而言之，与 Icatu 相比，CL153 在MWD 下受很大的影响，并且在 MWD 和 SWD 中似乎都没有从 eCO2 中受益。

关键词：气候变化；阿拉比卡咖啡；咖啡豆; 咖啡树；二氧化碳升高；气相色谱-飞行时间质谱；质谱; 植物代谢组学；缺水

原名：Primary Metabolite Profile Changes in Coffee Promotedby Single and Combined Exposure to Drought and Elevated CO2 Concentration

译名：单一和联合暴露于干旱和升高的 CO2浓度能够促进咖啡的主要代谢物谱变化

期刊：Metabolites

IF：4.932

发表时间：2021.6.29

通讯作者：Ana I. Ribeiro-Barros ，José C. Ramalho，Carla António

通讯作者单位：里斯本新大学

DOI号：10.3390/metabo11070427

原文链接：

https://www.mdpi.com/2218-1989/11/7/427

04

BMC Plant Biol. | 转录组和代谢组学分析揭示‘黄冠’梨褐斑形成

由一路向北编译

安徽农业大学的贾兵和衡伟等人于2021年7月3日在《BMC Plant Biology》上发表了文章《Transcriptome and metabolomic analysis to reveal the browning spot formation of ‘Huangguan’ pear》。本研究观察了梨褐斑病（BS）位点的变化，并在转录组学和代谢组学水平上分析了 BS 形成的分子机制，同时调查了在收获和储存期间用外源试剂[NaH2PO4·2H2O(P)、脱落酸(ABA)、赤霉素A3(GA3)]处理后BS的发生率。研究表明，BS 的发生伴随着蜡层的减少和通过木质化作用的死细胞的积累；与蜡合成相关的基因显着下调；与木栓质和木质素生物合成相关的基因显着上调；与钙和低温相关的基因也上调等情况。研究还发现 P 和 ABA 处理不同程度地抑制了 BS，而 GA3 处理可能会促进 BS，不同处理后参与BS形成的关键基因的表达水平与发病率结果一致。

摘要：背景 褐斑病严重影响‘黄冠’梨的外观质量，造成经济损失。许多关于 BS 的研究主要集中在生理和生化方面，分子机制尚不清楚。

结果 在本研究中，研究者通过扫描电子显微镜（SEM）观察'黄冠'梨的结构特征，评估失水和褐斑，并进行转录组学和代谢组学分析以揭示'黄冠'背后的分子机制梨皮褐变症。结果表明，BS的发生伴随着蜡层的减少和木质化细胞的增加。与蜡生物合成相关的基因在 BS 中被下调，导致 BS 中蜡层减少。与木质素相关的基因在转录水平上调，导致与苯丙烷生物合成相关的代谢物上调， BS 中钙相关基因的表达上调，冷诱导基因可能是诱导 BS 形成的关键基因。此外，结果表明外源NaH2PO4·2H2O和ABA处理可以通过增加蜡相关基因和钙相关基因的表达以及增加植物抗性来抑制收获和储存期间BS的发生，而转录组学结果表明GA3可能加速BS的发生和表征。

结论 这项研究的结果表明了一个分子机制，可以解释 BS 的形成并阐明不同处理对 BS 发生率和分子调控的影响。

关键词：褐变病；代谢组学；分子机制；转录组；‘黄冠’梨

原名：Transcriptome and metabolomic analysis to reveal the browning spot formation of ‘Huangguan’ pear

译名：转录组和代谢组学分析揭示‘黄冠’梨褐斑形成

期刊：BMC Plant Biology

IF：4.215

发表时间：2021.7.3

通讯作者：贾兵和衡伟

通讯作者单位：安徽农业大学

DOI号：10.1186/s12870-021-03049-8

原文链接：

https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-021-03049-8#Sec16

05

Int. J. Mol. Sci. | LED 灯对草珊瑚幼苗根系形态性状和化合物积累的影响

由一路向北编译

来自福建农林大学的郑郁善等人2021年7月2日在《International Journal of Molecular Science》中发表了文章《Consequences of LED Lights on Root Morphological Traits and Compounds Accumulation in Sarcandra glabra Seedlings》。在WL、RL和BL环境下，草珊瑚幼苗的根鲜重和形态性状表现出显着差异。在目前的研究中，研究者通过转录组学和代谢组学分析比较了三种 LED 灯 [白光 (WL)、红光 (RL) 和蓝光 (BL)] 对草珊瑚幼苗根组织的影响。在代谢组学分析中，研究者对鉴定的化合物进行了比较分析，以揭示 WG（WL 下的根组织）、RG（RL 下的根组织）和 BG（BL 下的根组织）之间的差异；同时，进行了转录组分析以分析这些处理之间的差异表达基因（DEG），并分别鉴定了参与苯丙烷和萜类生物合成的 DEG。结果表明，BL促进根系生长，而RL抑制它。转录组学和代谢组学分析表明 (1) 在 BR 生物合成中，BR6ox1 / 2 和 BAS1 基因的共同作用可能促进了 BL 处理下的根发育，而 DWF4 基因的下调可以抑制 RL 处理下的根生长；此外，与植物激素信号转导相关的基因也影响BR生物合成。(2)研究者从已鉴定的 433 种化合物中选择了 32 种主要活性代谢物。

摘要：本研究评估了不同光谱（白光；WL，蓝光；BL 和红光；RL）对草珊瑚根形态特征和代谢物积累和生物合成的影响。研究者分别通过 RNA-seq 和超高效液相色谱-电喷雾电离-串联质谱 (UPLC-ESI-MS / MS) 进行转录组学和代谢组学分析。研究者将形态特征与 WL 进行比较时，发现BL 显着增加了地下鲜重、根长度、根表面积和根体积，而 RL 抑制了这些指标。研究者共鉴定出 433 种代谢物，其中 40、18 和 68 种化合物在 WL (WG) 与 BL (BG) 下的根、WG 与 RL (RG) 下的根以及RG 与 BG 下的根中差异积累。此外，BG和RG中芥子醇、芥子酸、fraxetin和6-甲基香豆素的含量显着降低，而绿原酸、迷迭香糖苷、槲皮苷和槲皮素在 BG 中显着增加，而BG 中八种萜类化合物的含量显着降低。在转录组分析之后，与苯丙烷衍生和萜类代谢物的生物合成相关的几个关键基因差异表达，例如咖啡酸 3-O-甲基转移酶 (COMT)、羟基肉桂酰辅酶 A 莽草酸羟基肉桂酰转移酶 (HCT)、O-甲基转移酶 (OMT) ) 和 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶 (DXS)。总而言之，结果表明，BL 适合草珊瑚根组织中生物活性代谢物的生长和积累。暴露于更高比例的 BL 有可能提高草珊瑚幼苗的产量和质量，但这需要进一步证实。

关键词：草珊瑚；LED灯; 根组织；转录组学；代谢组学；苯丙烷衍生；萜类化合物

原名：Consequences of LED Lights on Root Morphological Traits and Compounds Accumulation in Sarcandra glabra Seedlings

译名：LED 灯对草珊瑚幼苗根系形态性状和化合物积累的影响

期刊：International Journal of Molecular Science

IF：5.923

发表时间：2021.7.2

通讯作者：郑郁善

通讯作者单位：福建农林大学

DOI号：10.3390/ijms22137179

原文链接：

https://www.mdpi.com/1422-0067/22/13/7179/htm

06

Int. J. Mol. Sci. | 短期冷处理对马铃薯叶片碳水化合物代谢的影响

由一路向北编译

2021年7月4日，华沙生命科学大学的Sławomir Orzechowski等人在《International Journal of Molecular Science》中发表文章《Effect of Short-Term Cold Treatment on Carbohydrate Metabolism in Potato Leaves》，在本研究中，研究者发现当马铃薯植物暴露于低温 (2°C) 12 小时的时候，其叶片中可以观察到非常早期的应激反应。本研究首次在马铃薯叶片中研究了碳水化合物代谢的各种参数，如一些重要酶的活性以及流动淀粉和可溶性糖的含量，证明了短期低温对淀粉相关双激酶的表达有很强的影响，这对于适当的淀粉周转至关重要。

摘要：植物经常受到一系列不利环境条件的挑战。在冷暴露期间，会发生许多变化，例如，细胞膜稳定性、基因表达和酶活性的改变以及代谢物的积累。本研究中，在冷处理的前 12 小时内，研究者对种植5周的Russet Burbank 品种马铃薯植株叶片对低温 (2°C) 的极早期反应进行了碳水化合物代谢分析（黑暗 2 小时，光照 10 小时）。首先，研究者考察了一些植物胁迫指标，结果表明，短期冷暴露对相对含水量和叶绿素含量没有显着影响（仅在 12 h 后），但引起了丙二醛浓度增加和NDA1（NADH 脱氢酶基因的同源物）表达的降低。此外，研究表明，在植物对冷处理响应的早期阶段（3-6 小时），流动淀粉的含量短暂增加，然后在 12 小时后减少。相比之下，葡萄糖和果糖等可溶性糖仅在光照期结束时显着增加，而蔗糖含量减少。无论温度如何，组成性高水平的单糖可用性可能会延迟对冷的反应，包括叶绿体中淀粉分解淀粉的降解。在冷暴露 12 小时后，在叶片中观察到的淀粉含量减少之前，淀粉降解起始的关键酶 α-葡聚糖-水双激酶 (GWD-EC 2.7.9.4)和磷酸葡聚糖-水双激酶（PWD-EC 2.7.9.5）的转录水平显着增加。通过实时 PCR 分析，研究者发现两种双激酶的基因表达在冷暴露 9 小时达到峰值。此外，在暴露于寒冷温度期间，研究者观察到酸性转化酶以及两种葡聚糖磷酸化酶的活性增强，还注意到在光照阶段，无论温度如何，对照和冷胁迫植物的葡聚糖磷酸化酶活性普遍增加。总之，短期冷处理会改变马铃薯叶片中的碳水化合物代谢，从而导致可溶性糖含量增加。

关键词：冷应激；α-葡聚糖；水双激酶；磷酸葡聚糖水双激酶；叶绿体分离；葡聚糖磷酸化酶；酸性转化酶

原名：Effect of Short-Term Cold Treatment on Carbohydrate Metabolism in Potato Leaves

译名：短期冷处理对马铃薯叶片碳水化合物代谢的影响

期刊：International Journal of Molecular Science

IF：5.923

发表时间：2021.7.4

通讯作者：Sławomir Orzechowski

通讯作者单位：华沙生命科学大学

DOI号：10.3390/ijms22137203