被子植物353个单拷贝核基因靶向捕获探针 Plant Universal — Angiosperms 353

myBaits Angiosperms 353是从600种被子植物中，筛选353个单拷贝核基因，作为捕获序列，利用k-medoid聚类法设计靶向捕获探针，生物素化的RNA探针长度120 bp，对被子植物的353个单拷贝核基因进行定向捕获测序。平均每个物种覆盖283个基因，所有被子植物至少覆盖100个直系同源单拷贝核基因。每个物种至少靶向137 kbp，最大捕获区域为250 kbp，另外覆盖了212 kbp的非编码区。

产品特点

低起始量 - 1 ng-3 μg，推荐100-500 ng

覆盖广 - 捕获覆盖整个目标序列

兼容性 - 兼容NGS文库制备，允许多个碱基错配

高精度 - 近缘和远缘的个体或者种群精准捕获，不引入biases

低投入 - 节约时间成本和经费成本

高通量 - 多个文库同一反应进行，每个反应pooling 2-16个样本

通用性 - 适用于被子植物的系统进化分析，建立DNA条形码

产品应用

• 系统发生学

• 进化关系的分析

• 内含子测序

• 发现可变区域

• DNA Barcoding

• 对目标序列的富集程度进行评价

基因覆盖效率

解决方案

我们提供的不仅仅是Angiosperms 353产品，而是基于靶向捕获测序技术的基因组学整体解决方案！
完整流程：DNA提取→纯度和浓度检测→DNA片段化→测序文库制备→文库质检→杂交捕获→捕获序列富集→PCR产物纯 化→PCR产物质检→测序→生物信息学分析。

文献引用

• Johnson M. et al. (2018) A universal probe set for targeted sequencing of 353 nuclear genes from any flowering plant designed using k-medoids clustering[J]. Systematic Biology.
• Singhal S. et al. (2017) Squamate Conserved Loci (Sq CL): A unified set of conserved loci for phylogenomics and population genetics of squamate reptiles[J]. Molecular ecology resources. doi: 10.1111/1755-0998.12681
• Shaffer H B. et al. (2017) Phylogenomic analyses of 539 highly informative loci dates a fully resolved time tree for the major clades of living turtles (Testudines)[J]. Molecular Phylogenetics and Evolution. doi: 10.1016/j.ympev.2017.07.006

产品列表