染色质开放性测序（ATAC-seq）

于 2025-04-29 17:24:39 发布
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分类专栏： 蛋白和DNA的互作 文章标签： 染色质开放性测序 ATAC-seq
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版权

技术简介

染色质开放性测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq），一种用于检测染色质开放性的高通量测序技术，通过Tn5转座酶切割并标记开放的染色质区域，从而揭示基因组中调控元件（如增强子、启动子）的位置和活性。

技术原理

在真核生物中，DNA并不是裸露存在的，而是与组蛋白等结合形成染色质。染色质的结构状态会影响基因的表达，那些处于开放状态的染色质区域，更容易与转录因子等蛋白结合，进而启动基因的转录过程。

ATAC-seq利用Tn5转座酶识别并切割染色质中开放区域的DNA，切割后的DNA片段直接用于文库构建和测序。测序结果通过生物信息学分析，可以确定基因组中开放染色质区域的位置和特征。

应用领域

基因组图谱绘制：在全基因组范围内精确绘制不同细胞类型、发育阶段及生理病理状态下的染色质可及性图谱，展现染色质开放状态的变化。

转录因子研究：借助染色质开放区域与转录因子结合的紧密联系，挖掘潜在的转录因子结合位点，探究其在基因调控中的作用机制。

基因表达调控分析：通过关联染色质可及性变化与基因表达数据，深入研究基因表达调控机制，发现新的顺式作用元件和反式作用因子，以及它们在细胞分化、发育和疾病发生过程中的动态变化。

疾病机制探索与标志物发现：在疾病研究中，通过对比疾病细胞与正常细胞的染色质可及性差异，揭示疾病发生的表观遗传机制，寻找潜在的疾病标志物和治疗靶点。‌

技术流程

 分析流程

 部分结果示例

植物ATAC-seq文献集锦（一）——基因组篇
Igenebook的博客
05-13 1545
ATAC-seq广泛用于染色质开放性研究，该技术利用Tn5转座酶可以接近核小体疏松区域切割暴露的DNA，获得开放染色质区段（open chromatin），然后结合高通量测序和生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因，以此探究生物学相关问题。
ATAC-seq以及相关技术(DNase-seq,MNase-seq，NOMe-seq)的发展
热门推荐
leianuo123的博客
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ATAC-seq技术及相关技术的发展 Reveling in the Revealed这篇文章中，对DNase-seq和ATAC-seq还有MNase-seq相关技术原理以及优缺点进行了总结。具体如下: 首先，向我们了解到的，CHIP-seq即染色质免疫共沉淀质谱技术，它主要通过对已知的蛋白，通常是目的转录因子TF免疫沉淀，抓取与该TF结合的DNA片段，然后再进一步的扩增，找到TF的潜在靶基因。...
一文了解scATAC-seq分析的一些必知概念
m0_69464764的博客
03-13 4879
本文是作者在进行scATAC-seq时进行的一些基础知识铺垫
ATAC-seq : 上游分析流程（一）（学习笔记）
liruihanSOS的博客
03-05 1024
X 2000 参数： 设置双端测序数据的最大插入片段长度（即左右两端reads之间的最大间隔）是2000bp（参考自 2013年 ATAC nature methods ：Reads were aligned to hg19 using Bowtie with the parameters -X2000 and -m1）ATAC-seq关心的是在哪切断，断点才是peak的中心，所以使用shift模型，–shift -75或-100。ck_sorted.bam：输入的未过滤的 BAM 文件。
ATAC-seq
大甘的博客
12-27 1592
（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing）是一种强大的基因组学技术，用于研究染色质的开放状态以及核小体定位、DNA结合蛋白位置等染色质特征。以下是一个ATAC-seq分析代码流程，基于主流的工具和框架，涵盖从原始数据处理到下游分析。：将ATAC-seq与RNA-seq或Hi-C结合，进行全基因组调控网络分析。交叉比较ATAC-seq和RNA-seq结果，关联开放染色质与基因表达。
ATAC-Seq 数据分析（上）
weixin_34087503的博客
12-18 3393
背景： 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装，否则就是一团乱麻，不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。 包装分为多个水平，核小体核心颗粒(nucleosome core particle)、...
ATAC-seq简介
weixin_30517001的博客
06-20 1242
以下内容来自知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355 　　真核生物的DNA并不裸露在外面，而是与组蛋白相结合，即DNA缠绕在组蛋白上（即形成核小体），形成念珠状结构。然后，进一步折叠，压缩，并在其他架构蛋白的辅助作用下，形成染色体。 　　DNA复制时，DNA需要先从核小体上解下，即打开染色质，这部分开放的染色质叫开放染色质（open chromat...
ATAC-pipe:ATAC-seq数据的分析管道
05-22
ATAC-seq（Accessibility Assay using Transposase-Generated Tags and Sequencing）是一种高通量测序技术，用于研究细胞核的开放染色质区域，揭示基因调控元件，如启动子、增强子等。ATAC-pipe是针对ATAC-seq数据...
ATAC-Seq：ATAC-Seq管道分析
02-12
ATAC-Seq（ Accessibility, Transcription factor binding and Chromatin organization sequencing）是一种高通量测序技术，用于研究细胞核开放染色质区域、转录因子结合位点以及整体染色质结构。它揭示了基因表达...
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
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09-04 1万+
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
ATAC-seq学习记录
GeekFocus
10-07 4227
致密核小体结构被破坏后，启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件和反式作用因子可以接近的特性，叫染色质的可及性，也叫染色质开放性(chromatin accessibility ），这段区域叫开放染色质（open chromatin） 。 2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequenc.
ATAC-seq分析：教程简介（1）
冷冻工厂
12-26 887
简介 本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ATACseq 分析。 该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常 ATACseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.broadinstitute.org/igv/ MACS2 MACS2[2] 没有 R 包，但 MACS2 可在适用于 Linux 或 MacOS 的 Anaconda 包
ATAC-seq分析：数据介绍（2）
冷冻工厂
12-27 1002
1. 简介 ATACseq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的 DNA（DNA可极性）。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。 与其他技术相比，ATACseq 有几个优点，包括： 所需输入材料少（> 10,000 个细胞）实验所需时间短（约 4 小时） ATACseq 2. 酶 下面介绍几种不同酶获取数据的差异 ATACseq, MNaseseq and
ATAC-seq 数据分析实战
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03-11 3120
ATAC-seq 实践
多组学-ATAC-seq-概念
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08-27 1344
s
使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章)
xuzhougeng blog
05-25 6780
第1章: ArchR基础入门 这一章将会介绍如何导入数据，如何构建Arrow文件，这是后续ArchR分析的基础。 1.1 ATAC-seq术语介绍 "fragment"是ATAC-seq实验中的一个重要概念，它指的是通过Tn5转座酶对DNA分子进行酶切，然后经由双端测序得到的序列。 fragment产生过程 我们会根据Tn5插入导致的偏移从read比对得到的位置推断出fragment的...
ATAC-seq数据分析流程学习记录及总结
ACGTexplorer的博客
10-27 2034
记录ATAC-seq数据分析流程，主要是参考健明老师的教程以及网上各种学习资源进行总结，网址在下面。
Your local changes would be overwritten by merge.Commit, stash or revert them to proceed.
最新发布
05-28
<think>好的，用户遇到了Git合并时本地更改会被覆盖的问题，需要解决方案。根据之前的引用资料，解决方法主要有commit、stash和revert三种。首先，我得确认用户的具体情况，比如他们的本地更改是否已经完成，是否需要保留，或者是否可以丢弃。用户可能不太清楚这三种方法的适用场景，需要详细解释每个选项的步骤和优缺点。比如，commit适用于需要保留更改的情况，stash适合临时保存以便后续恢复，而revert则是直接撤销更改，适用于不需要保留的情况。需要结构清晰，分点说明，每个方法都给出操作步骤和适用场景，帮助用户理解哪种情况最适合他们。还要注意使用中文，避免技术术语过于复杂，让用户容易理解。同时，生成相关问题，可能涉及如何恢复stash的内容，或者如何避免频繁冲突等，扩展用户的知识点。另外，要确保LaTeX格式正确，但在这个问题中可能用不上数学公式，所以主要关注代码块和引用标识。检查引用是否正确，比如引用[^1]和[^2]的来源是否相关，用户提供的引用内容是否准确对应解决方案。 最后，确保回答真实可靠，操作步骤准确无误，避免误导用户。可能还需要提醒用户根据具体情况选择方法，比如如果有未完成的实验性代码，stash可能是更好的选择，而如果是确定要保留的修改，则应该commit。</think>要解决Git合并时本地更改被覆盖的问题，可根据不同场景选择以下三种方法： ### 一、提交本地更改（commit） **适用场景**：当本地更改已测试通过且需要保留到版本历史中。 **操作步骤**： 1. 将改动添加到暂存区： ```bash git add . # 添加所有文件 # 或指定文件 git add file1.txt file2.py ``` 2. 提交更改并添加描述： ```bash git commit -m "完成用户登录模块优化" ``` 3. 执行合并操作： ```bash git merge origin/main ``` **优点**：保留完整的开发记录，便于后续追溯[^1]。 ### 二、暂存更改（stash） **适用场景**：需要临时保存未完成的修改（如调试代码），优先处理合并操作。 **操作步骤**： 1. 保存当前工作状态： ```bash git stash # 可选添加备注 git stash save "用户登录模块调试代码" ``` 2. 查看暂存记录列表： ```bash git stash list ``` 3. 合并远程分支： ```bash git merge origin/main ``` 4. 恢复暂存内容： ```bash git stash pop # 恢复并删除最近一次暂存 # 或指定特定暂存 git stash apply stash@{1} ``` **优点**：保持工作目录整洁，特别适合处理紧急合并任务[^2]。 ### 三、撤销本地更改（revert） **适用场景**：本地修改可丢弃（如实验性代码或错误修改）。 **操作步骤**： 1. 撤销所有未提交的修改： ```bash git checkout -- . # 全部文件 # 或指定文件 git checkout -- file1.txt ``` 2. 执行合并操作： ```bash git merge origin/main ``` **风险提示**：此操作不可逆，需确认文件无需保留。 --- ### 对比决策表 | 方法 | 保留记录 | 可恢复性 | 适用阶段 | |---------|----------|----------|------------------| | commit | ✅ | ✅ | 功能开发完成时 | | stash | ❌ | ✅ | 开发中途临时切换 | | revert | ❌ | ❌ | 放弃无效修改 | ### 扩展应用场景 - 当存在多个暂存时，可用`git stash list`查看记录，通过`git stash apply stash@{n}`精准恢复 - 合并后出现冲突时，可使用`git mergetool`可视化工具解决冲突 - 长期分支开发推荐使用`git rebase`保持提交历史线性
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