刚开始生信分析遇到的一些问题
解决方法都是参考网上其他人的方法找到的适合自己的。
1.对de novo数据生成gvcf文件时,发生以下错误提示:发生这个错误的原因是在前面所做的比对分析中@RG头文件命名不一致,对于多次测序获得的reads,在比对时@RG\tID:foo_samplename应该命名一样,这样在后面才不会将一个样本识别出多个样本
发生错误后的修改命令:
2.进行PSMC分析时,首先要将.bam文件转化为.fq.gz文件。使用的服务器没有配置权限,所以有下错误:
/bin/bash: warning: setlocale: LC_ALL: cannot change locale (en_US.UTF-8)
/bin/sh: warning: setlocale: LC_ALL: cannot change locale (en_US.UTF-8)
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = “en_US.UTF-8”,
LC_ALL = “en_US.UTF-8”,
LC_CTYPE = “en_US.UTF-8”,
LANG = “en_US.UTF-8”
are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to the standard locale (“C”)
对于语言环境配置命令:
export LC_ALL=C