参考http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1110159.html
MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具,它在宏基因组研究中非常有用,只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆样本、切除引物、比对等步骤,此软件居然分析宏基因组这么方便)。同时配合自带的脚本可进一步统计和可视化。
MetaPhlAn2安装(手动安装)
wget https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2/get/default.zip
unzip default.zip
mv biobakery-metaphlan2-5175d8783801 metaphlan2
cd metaphlan2/
export PATH=`pwd`:`pwd`/utils:$PATH
export mpa_dir=`pwd`
metaphlan2.py -v # MetaPhlAn version 2.7.6
官网安装: