利用metaphlan2结果计算alpha多样性

最新推荐文章于 2024-07-03 14:59:47 发布
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分类专栏： 宏基因组 文章标签： 宏基因组 人类肠道
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利用metaphlan2结果计算alpha多样性

前期回顾

MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，可以基于宏基因组数据，获得微生物群体中种水平精度的组成，包括细菌、古菌、真核生物和病毒。如果有株水平基因组的物种，也可以追踪和研究。
MetaPhlAn2整理了超过17000个参考基因组，包括13500个细菌和古菌，3500个病毒和110种真核生物，汇编整理了100万+类群特异的标记基因，可以实现：

  • 精确的分类群分配
  • 准确估计物种的相对丰度
  • 种水平精度
  • 株鉴定与追踪
  • 超快的分析速度

结果展示

输出结果为各层级物种相对丰度值，但是这样的表格并不合适进行α多样性的分析

SampleID Metaphlan2_Analysis_1 Metaphlan2_Analysis_2 Metaphlan2_Analysis_3
k__Archaea|p__Euryarchaeota|c__Methanobacteria 0.31692 0 0.14969
k__Archaea|p__Euryarchaeota|c__Methanococci 0 0.00208 0.00174

所以我们需要将MetaPhlAn2的结果转成STAMP的格式

格式转化<

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安装生物信息学软件-MetaPhlAn2
dengleize6745的博客
10-30 1020
上周20161021-20161028的任务还没有搞完，所以今天来填坑（微笑脸） ××××××××××××××××××××我是萌萌哒分割线××××××××××××××××××××××××××××××× 本文参考：https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2 MetaPhlAn2是使用宏基因组鸟枪法测序数据描绘微生...
多样性指数介绍
dengleize6745的博客
11-07 1949
之前了解了shannon diversity index，所以顺便补一下其他多样性指数的概念～ ××××××××××××××××××××××××××I AM 分割线×××××××××××××××××××××××××××××× 1) Species richness 系统中物种的观察值是其真实物种丰富度的有偏估计值，并且观察值会随着取样的增加非线性的增长。因此在表示 从生态系统中...
Nature Methods：宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-04 3278
文章目录宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2导读主要结果图1：MetaPhlAn2可以准确地重建鸟枪法宏基因组的分类组成Reference扩展阅读猜你喜欢写在后面 宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2 MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling Nature Methods [IF:28.467] 2015-09...
MetaPhlAn2-增强版宏基因组分类谱工具
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-21 1万+
简介 MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具，它在宏基因组研究中非常有用，只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆样本、切除引物、比对等步骤，此软件居然分析宏基因组这么方便)。同时配合自带的脚本可进一步统计和可视化。 主页：http://segatalab.cibio.unitn.it/tools/metaphlan2/...
3、微生物α多样性分析-R
weixin_65283273的博客
08-06 3184
反映的是物种丰富度和均匀度的综合状况，常见的有Shannon、Simpson等。群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。反映的是群落内物种的分配状况，也即各物种相对丰度的均匀程度，在同一群落内与丰富度指数呈正相关，常见的有Pielou等。反映的是群落内物种的丰富程度，常见的有Sobs、Chao、ACE等。Sobs为该样本实际包含的OTU（或ASV等）的物种数目。而Chao为修正后的物种数目。
Nature综述 | 种内多样性：解释微生物组中的菌株
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
07-24 6950
原文信息题目：Diversity within species: interpreting strains in microbiomes期刊：Nature Reviews Microbi...
五子棋alphabeta--VCF-VCT--并行计算
07-18
在之前的五子棋alphabeta--VCF VCT版本的基础上，进行了如下改进，智能得到了增强，还有改进空间 1，减少参数传递。...2，加入了并行计算。 注意:运行时参数栈的大小设大一点，设为200M(-Xss204800k)。
surakarta-cpp-alphazero_surakarta_计算机博弈_alphazero_
10-01
4. **并行计算**：由于AlphaZero的训练过程计算密集，项目可能利用多线程或者GPU加速，以提高自我对弈和训练的速度。 5. **评估与调优**：项目可能会包含一个评估系统，定期用已知的最佳策略或人类玩家的对局来测试...
D3D-study.rar_Alpha_d3d_d3d 2d
09-20
本系列学习资料主要探讨的是D3D中的一个重要概念——Alpha颜色混合，它在2D游戏、3D游戏以及图像处理中扮演着关键角色。 Alpha颜色混合，也称为透明度或不透明度混合，是图像处理中的一种技术，它允许两个或多个...
matlab开发-alphaShape2im
08-27
2. **调用`alphaShape2im`**：将计算出的Alpha Shape对象作为输入传递给`alphaShape2im`函数，该函数会返回一个二进制图像矩阵，矩阵大小与原始图像相同，元素为0或1。 3. **显示图像**：你可以使用MATLAB的`imshow...
netty 5.0.0 Alpha2
05-21
netty 5.0.0 Alpha2,netty新版本，修复alpha1的很多bug
metaphlan实际能够使用方法（超详细）
m0_50542529的博客
12-15 1266
metaphlan实际能够使用方法（超详细）linux下
不同处理的土壤样本的各功能群落的香农指数（Shannon）和辛普森指数（Simpson）的计算（Python）
weixin_53705272的博客
07-03 626
香农指数（Shannon Index），也称为香农多样性指数（Shannon Diversity Index），是用来衡量群落中物种多样性的一种指数。它考虑了物种的丰富度（即物种数量）和均匀度（即各物种的相对丰度）。辛普森指数（Simpson Index）也是用来衡量群落多样性的指标，但它更侧重于描述物种的优势度。- 如果群落中所有物种的个体数量都非常均匀，则辛普森多样性指数接近于0。- 辛普森指数可以用来衡量群落中物种的均匀度，指数越高表示均匀度越高。- 如果某个物种非常占优势，香农指数较低。
Nature子刊：刘洋彧、Rob Knight等评测不同宏基因组物种定量方法及其对结果的影响...
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
05-15 1036
Zheng Sun, Shi Huang, Meng Zhang, Qiyun Zhu, Niina Haiminen, Anna Paola Carrieri, Yoshiki Vázq...
R语言中常用的生物多样性指数的计算（Alpha,Beta,Gamma,功能多样性,系统发育多样性）
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weixin_45803246的博客
04-14 2万+
library(vegan) ##加载群落数据分析常用的包 data(BCI) ##vegan包中自带的群落数据 shannon <- diversity(BCI,MARGIN = 1) ## Shannon 多样性指数， MARGIN=1 计算行的多样性 ，一般的群落数据表行名为样方名，列名为物种名 index默认为“shannon” simpson <- diversity(BCI,index = “simpson”,MARGIN = 1) ## Simpson多样性指数 SR
群体Polymorphism information content(PIC)、 Nei diversity index (Nei s) 和 Shannon index (I)计算方法
cfc424的博客
06-14 5937
根据文献参考1，Polymorphism information content(PIC)用于衡量标记的多态性，PIC值取决于等位基因的个数和等位基因的频率分布两个因素，因此用来反应基因的多样性。 PIC值由Bostein 1980年公布的公式如下（参考文献2）： and are allele frequencies at alleles i and j, respectively； is the number of alleles. 计算步骤实际上是1减去每个pi和pj的平方和，再减去非重复取两个
计算多样性指数
wangyueand的博客
09-21 812
shannon
开题报告宠物医院管理系统的设计与实现 已通过开题答辩的.docx
最新发布
07-25
随着人们生活水平的提高和精神需求的增加，宠物已经成为很多家庭的重要成员，宠物市场的规模和潜力也不断扩大。宠物医院作为宠物健康保障的重要机构，需要适应市场的发展和变化，提供更加专业和便捷的服务。宠物医院的业务和信息涉及多个方面，如科室信息、医生信息、坐诊信息、药品信息、挂号信息、网站公告信息等。如果采用传统的手工或半自动化的管理方式，会造成信息的分散、混乱、更新困难、查询不便等问题，影响管理的效率和质量。系统能够通过计算机技术和网络技术对宠物医院业务进行集中管理。它可以实现信息的录入、存储、查询、修改、删除、统计、分析、展示等功能，方便宠物医院的管理人员和工作人员进行业务操作和决策支持。宠物医院管理系统还可以利用网络技术，向宠物主人和宠物爱好者提供在线的服务和咨询，方便宠物主人和宠物爱好者了解和关爱自己的宠物，增强宠物医院的社会影响力和竞争力。综上所述，宠物医院管理系统是一个具有实际意义和应用价值的选题，它可以为宠物医院的管理和服务提供有效的支持，为宠物主人和宠物爱好者提供便捷的服务和咨询，为宠物的健康和福利做出贡献。
如何用r语言计算alpha多样性
08-11
计算Alpha多样性是用来衡量一个群落中物种多样性的一种方法，常用的指标有物种丰富度和物种均匀度。R语言提供了丰富的函数和工具包来计算Alpha多样性。 首先，你需要将你的数据导入到R语言中。可以使用`read.table()`函数读取数据文件，并将其保存为一个数据框。确保你的数据框每行代表一个物种，每列代表一个样本。 接下来，你可以使用rdiversity包中的`alpha()`函数来计算Alpha多样性指数。该函数的语法为：`alpha(data, index)`。其中，data是你的数据框，index是你想要计算的Alpha多样性指数，常见的有Shannon、Simpson和Chao1等。例如，若要计算Shannon指数，使用`alpha(data, "shannon")`。 当你运行该函数后，R会计算出相应的Alpha多样性指数。你可以将结果打印出来或者将其保存为一个变量以便进一步分析。 除了rdiversity包，你还可以使用其他工具包来计算Alpha多样性。例如，vegan包提供了`diversity()`函数，使用方法类似于`alpha()`函数。你也可以使用其他的优化和自定义方法来计算Alpha多样性。 最后，记得对你的计算结果进行解释和分析。你可以绘制图表、计算置信区间或进行统计检验来进一步理解和解释Alpha多样性的结果。 总之，通过R语言，你可以很方便地计算Alpha多样性指数。关键是选择合适的函数和工具包，并理解如何解释和分析计算结果。
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