fastqc

1.下载
fastqc下载地址

2.unzip解压fastqc的zip压缩文件。里面有个fastqc的文件，就是fastqc的程序了。

3.使用
用fastqc -o output dir [-(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN的命令让它进行质量控制。

-o是用来指定输出文件的目录，注意是这里是不能自动新建目录的。输出的结果是.zip文件，默认自动解压缩，

-noextract则不解压缩。

-f用来强制指定输入文件格式，默认会自动检测。

-c用来指定一个contaminant文件，fastqc会把overrepresented sequences往这个contaminant文件里搜索。后面加上你要质控的序列的文件名就可以了。

把所有的fastq.gz文件用fastqc软件处理得到的测序质量检测报告是一个html文件加上一个文件夹，如果没有解压缩需要用命令ls *zip|while read id;do unzip $id;done，把所有压缩包批量解压开。可以看到对每个测序数据它都进行了十几项统计结果和可视化的图片，对该款软件的结果感兴趣的可以下载（http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip） 文件，对原始数据处理前后的fastqc报告的区别显而易见。