易基因：微量转录组测序揭示槟榔碱、咖啡因和尼古丁对神经系统转录水平的作用｜项目文章

易基因科技

于 2025-01-16 10:15:51 发布

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分类专栏：高分文章项目文章高分文献文章标签：人工智能算法机器学习

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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

槟榔、咖啡和烟草的主要活性成分分别为槟榔碱（arecoline）、咖啡因（caffeine）和尼古丁（nicotine），这些物质通过影响中枢神经系统产生不同的生理效应，但目前对其神经机制的研究有限，尤其是它们对神经系统的相似性和差异性尚不清楚。伏隔核（nucleus accumbens, NAc）是奖赏回路中的一个关键区域，在调节奖赏、愉悦和动机方面发挥着至关重要的作用，并且在对药物刺激的反应中显著参与。尼古丁通过激活大脑中的多巴胺系统影响奖赏和动机路径，咖啡因通过多种机制增强多巴胺活性，而槟榔碱作为一种强效的毒蕈碱激动剂，能迅速穿过血脑屏障，引发一系列副交感神经系统效应。尽管这三种物质都被认为具有神经刺激作用，但它们对神经系统的具体作用机制和成瘾潜力仍不明确。

近日，海南大学生物医学工程学院周非凡教授团队研究了槟榔碱、咖啡因和尼古丁三种精神活性物质对小鼠伏隔核（nucleus accumbens, NAc）转录水平的影响，并通过行为实验比较其作用。研究使用微量RNA测序（Smart-seq2/scRNA-seq）技术分析基因表达，并结合行为测试和神经免疫组化方法，从转录和行为层面探讨这些物质的效应。相关研究成果以“Comparative effects of arecoline, caffeine, and nicotine on transcription level in the nucleus accumbens of mice”为题发表在《Genomics》期刊。深圳易基因科技为本研究提供微量转录组测序分析技术服务。

研究方法

动物模型：使用6-8周龄的C57BL/6J小鼠，分为药物组和对照组，通过腹腔注射给予不同剂量的槟榔碱（0.5 mg/kg）、咖啡因（10 mg/kg）、尼古丁（0.5 mg/kg）或等体积的生理盐水。
RNA-seq测序：在条件性位置偏爱实验（Conditioned Place Preference, CPP）完成后，提取小鼠NAc组织，进行RNA提取、文库构建和测序分析。
行为测试：包括旷场试验和CPP测试，评估小鼠的活动性和对药物的偏爱。
免疫荧光染色：检测ΔFosB在NAc的表达，作为成瘾标记。

结果图形

（1）基因表达和生物过程变化

图1：NAc中的差异表达基因（DEGs）和基因本体（GO）富集分析。

A. NAc样本的基因组reads分布；

B. NAc中的DEGs数量；

C. DEGs的维恩分析；

D. 三组中31个共有DEGs的热图；

E-G. 槟榔碱（E）、咖啡因（F）和尼古丁（G）组的前20个GO生物学过程；

H. SynGO生物学过程富集分析。

（2）与神经系统和物质依赖相关的通路变化

图2：差异表达基因（DEGs）的KEGG富集分析。

A. KEGG二级分类注释的条形图；

B. 与神经系统和物质依赖相关的DEGs的维恩分析；

C-E. 槟榔碱（C）、咖啡因（D）和尼古丁（E）组中富集的关于神经系统和物质依赖通路；

F. 三组中可卡因成瘾通路的DEGs维恩分析。

（3）与神经递质相关的基因表达变化

图3：与神经系统和物质依赖通路相关的DEGs互作分析。

A-C. 槟榔碱（A）、咖啡因（B）和尼古丁（C）组中DEGs互作网络图；

D-F. 槟榔碱（D）、咖啡因（E）和尼古丁（F）组中DEGs火山图；

G. 神经递质相关基因热图（橙色：上调，紫色：下调，*P < 0.05 且 |log2FC| > 1）。

（4）不同精神活性物质对小鼠行为和ΔFosB的影响

图4：行为和免疫荧光变化特征。

A. 条件性位置偏爱（CPP）实验方案；

B. CPP得分（后测减去前测；测试时长，1200秒；n=9-12）；

C-E. 旷场试验中的总距离（C）、活动次数（D）和活跃时间（E）；

F. 伏隔核（NAc）位置示意图；

G. CPP后测后，用ΔFosB染色的小鼠NAc脑切片的代表性图像（红色：ΔFosB；蓝色：DAPI）；

H. 通过ΔFosB+荧光定量检测NAc中ΔFosB+细胞数量（n=4）。

易小结

本研究通过微量转录组测序（Smart-seq2）分析等揭示了槟榔碱、咖啡因和尼古丁均能影响小鼠NAc的基因表达，但它们的作用机制和对神经系统的潜在成瘾性存在差异。尼古丁对神经系统和物质依赖相关功能影响最为显著，而槟榔碱的影响最小。咖啡因和尼古丁在调节突触可塑性方面具有更显著的作用，这可能是它们成瘾潜力较高的原因。行为测试结果支持尼古丁具有较高的成瘾潜力，而槟榔碱和咖啡因的成瘾潜力相对较低。

研究亮点

全面的转录组分析：首次使用微量转录组Smart-seq2技术全面比较了槟榔碱、咖啡因和尼古丁对小鼠NAc转录水平的影响。
揭示神经机制差异：明确了三种精神活性物质在影响神经系统方面的相似性和差异性，尤其是它们对突触功能和物质依赖相关通路的不同影响。
行为学证据：通过行为测试提供了尼古丁具有奖励效应的直接证据，而槟榔碱和咖啡因则未显示出类似效应。
成瘾标记物分析：通过免疫荧光染色检测了ΔFosB表达，为评估这些物质的成瘾潜力提供了分子层面的证据。

关于易基因单细胞转录组测序（smart-seq2）

Smart-seq2技术在单细胞水平对带Poly（A）的RNA进行全长转录组扩增及高通量测序，能够满足高灵敏度、低偏好性的cDNA扩增，得到全长转录本，实现高水平的序列模板转换。

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

技术优势：

（1）起始量低：1-1000个细胞或10pg-10ng total RNA即可高效扩增；

（2）转录本覆盖度高：通过双端引物扩增全长cDNA，获得全转录组信息，避免3’端和5’端偏好性，产物完整性好；

（3）检测灵敏度高：大幅度增加了低表达基因的检出量;

（4）碱基分辨率高：可达单碱基分辨率，且可以定位到具体基因的具体转录本;

（5）实验可控：质控点多，可从实验的开端判断细胞状况。

研究方向：

可应用于细胞分子机制中细胞异质性研究，解决因样本量少而无法进行高通量测序的情况。

免疫学研究
肿瘤及微环境研究
绘制组织精细化表达图谱
早期胚胎发育

易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化、cfDNA）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G、ac4C、RNA与蛋白互作）、DNA与蛋白互作及染色质开放性技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900。

参考文献：

Huang S, Wang X, Zhou F. Comparative effects of arecoline, caffeine, and nicotine on transcription level in the nucleus accumbens of mice. Genomics. 2025 Jan 4;117(2):110986. pii: S0888-7543(25)00002-3. doi: 10.1016/j.ygeno.2025.110986. PubMed PMID: 39761763.