易基因科技-CSDN博客

原创易基因项目文章｜WGBS+RNA-seq揭示PM2.5引起男性生殖障碍的DNA甲基化调控机制

该研究通过对小鼠睾丸组织的全基因组重亚硫酸盐测序（Whole gene bisulfite sequencing,WGBS）与对应的转录组测序（RNA-seq）联合分析，鉴定出与类固醇生成和精子发生过程相关的关键基因和通路，揭示了PM2.5导致男性生殖障碍的潜在DNA甲基化调控机制。（D-H）每个VII期曲细精管的Sertoli细胞（D）、精原细胞（E）、粗线期精母细胞（F）、圆形精子细胞（G）和总生殖细胞（H）的计数（n=15）。（J） DMR相关基因（DMG）生物过程的富集分析。

2022-10-09 09:49:15 1276

原创 ChIP-seq应用领域、研究思路、数据挖掘、下游实验、实验关键 | 易讲堂

在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。ChIP-seq技术能够提供更高的分辨率、更少的噪音和更大的覆盖范围，然而其只能在明确感兴趣的蛋白（或转录因子）后，才能针对性富集相应的DNA，因此，ChIP-seq需要与其他技术和方法相配合才能更好的进行表观基因组的研究。另外，针对同一蛋白的不同抗体，可能会识别不同的表位（尤其是单克隆抗体）。..

2022-08-17 10:32:15 2106

原创易基因｜染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程

染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验。

2022-07-14 11:27:51 4675

原创易基因｜干货：m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。

2022-06-24 10:44:44 5349 1

原创易基因｜新品：新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序（cfDNA-RBS）

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。游离DNA（Circulating free DNA，cfDNA），是人体组织释放到血液等循环体系中的降解的DNA片段，是一种新型的肿瘤分子标志物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，ctDNA甲基化是重要的表观学修饰之一，可以在不改变基因序列的情况下，改变遗传表现，从而控制基因的表达。基因甲基化发生是癌症发生的重要机制，相当于调控基因表达的“开关”，其稳定性和一致性较好，因此ctDNA甲基

2022-04-01 13:44:42 4016

原创易基因｜全基因组cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌无创诊断成像的准确性

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。乳腺癌早期发现是提高患者预后和生存率的关键。基于乳房X线片和超声技术的乳腺影像报告和数据系统(BI-RADS)被广泛用于乳腺癌的早期诊断，但这种方法的假阳性率较高，会导致不必要的活检，尤其是对于BI-RADS-4类的患者来说。而携带DNA甲基化信息的游离DNA(cfDNA)已经成为一种非侵入性的癌症检测方法。在本文中，作者进行了一项前瞻性多中心研究，利用全基因组重亚硫酸盐测序数据来研究203名疑似恶性乳腺病变的女性患者cfDNA甲基化标志物的

2022-03-31 13:41:47 3489

原创项目集锦 | 易基因DNA羟甲基化5hmC测序研究成果

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。本期以科研内容为序，总结近期易基因羟甲基化合作研究成果。01 宫颈癌 WGBS + oxWGBS标题：An epigenomic landscape of cervical intraepithelial neoplasia and cervical cancer using single-base re

2022-03-24 11:34:43 1355

原创易基因｜一文看懂：ChIP实验和qPCR定量分析怎么做

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。想要获得理想的ChIP结果，选择适合的抗体固然很关键，ChIP 流程中所有步骤也很重要。本文对ChIP实验之前的准备、获得理想ChIP结果步骤、ChIP的qPCR定量分析和ChIP案例分析进行总结，希望帮助到正在做ChIP实验和qPCR定量分析的您。开始 ChIP 之前要考虑三件事（1）为您

2022-03-23 11:59:50 3705

原创宏病毒组富集技术详解

宏病毒组富集技术详解病毒可以说是地球上最大的生物实体之一，但是由于他们具有形态小，遗传物质进化快等的特点，因而不能像细菌、古菌等微生物一样有系统的发育标记，这为其鉴别增加了一定的难度。此外，对于病毒与宿主之间相互关系的研究，也被限制在了可培养的病毒-宿主系统中，这使得对其研究十分困难。目前对病毒组的了解主要是通过以下几个技术的结合，其中包含了传统的病毒培养技术、高分辨率显微镜技术，PCR技术及高通量宏基因组测序分析技术（表1）。目前，通过采用与肠道细菌组的研究相类似的方法，对肠道病毒组中相关复杂病毒群落

2020-08-18 12:00:24 2844

原创病毒宏基因组学（Meta-virome）

宏基因组学（Meta-virome）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，是某类样本中所有病毒(virus)或病毒类似物(virus-like-particle)及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，在病毒发现、病毒溯源、微生物预警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可应用于人或动物肠道或者血液样本、海洋、土壤等的研究，用以挖掘潜在的对人类和环境的危害。易基因科技同丹麦哥本哈根大学

2020-08-06 11:11:44 3634

原创单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?

应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10X Genomics公司的Chromium解决方案（以下简称10X）。但是基于2017年Christoph Ziegenhainet al[1]对6种单细胞转录组技术及2019Broad研究所的团队对7种单细胞RNA测序方法进行了比较[2]，某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技术还是一项研究利器。Smart-seq2与10X技术的区别与应用的科研场景有哪些呢？北京大学张泽民团队在2019年发表的预印文章“..

2020-07-06 14:57:37 7172

原创易基因：MeRIP-seq揭示METTL3介导m6A修饰增加Hspa1a稳定性以抑制细胞衰老 | 研究速递

此外，结果表明METTL3通过m6A修饰增强Hspa1a mRNA的稳定性来调控成骨细胞衰老。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

2024-05-23 10:13:51 600

原创 WGBS+ChIP-seq等表观组分析揭示FOXM1 是抗肿瘤免疫应答的关键调控因子

美国南加州大学De-Chen Lin和Uttam K Sinha团队利用包括WGBS、ChIP-seq、RNA-seq和功能性实验在内的多种方法，对食管腺癌（EAC）进行表观基因组学等分析，揭示了转录因子FOXM1是EAC中抗肿瘤免疫应答的关键调控因子。A-E. 热图显示经FOXM1 siRNA转染的EAC（A）和YTN（B）细胞、或经1 μM Lapatinib处理24小时的ERBB2扩增的EAC细胞（C）、或稳定FOXM1敲低的EAC（D）和YTN（E）细胞中，特定免疫因子基因的相对表达。

2024-05-21 11:13:55 712

原创易基因：干货｜DNA甲基化测序后的后期验证方法

易基因建立的靶基因甲基化高通量测序（Target Bisulfite sequencing，Target-BS）是针对已有目标基因panel组合，运用易基因自主研发的甲基化特异性多重PCR引物设计软件，对亚硫酸盐转化后的目标基因多重扩增，建库后进行超高深度（1000X以上）甲基化精准检测。易基因提供全面的表观基因组学（DNA甲基化、DNA羟甲基化）和表观转录组学（m6A、m5C、m1A、m7G）、染色质结构与功能组学技术方案（ChIP-seq、ATAC-seq），详询易基因：0755-28317900.

2024-05-16 10:08:25 984

原创易基因： WGBS等揭示梨驯化和改良过程中DNA甲基化对果实成熟的作用机制 | 作物育种

通过比较甲基化分析，在梨的驯化和改良过程中全基因组DNA甲基化水平增加，与编码DNA去甲基化酶的基因表达水平降低相关。为分析梨驯化和改良过程中发生的全基因组DNA甲基化变化，研究人员构建了全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）文库，包含41个代表性P. pyrifolia品种的两个生物学重复，其中包括14个野生品种、12个地方品种和15个改良梨品种。a-d. 所有梨（a）和野生品种梨（b）、地方品种梨（c）和改良品种梨（d）不同基因组组成中DMR、DSRs和NSRs之间的遗传多样性比较（*P<0.05；

2024-05-15 10:36:41 661

原创易基因：Nature子刊：ChIP-seq等揭示c-di-AMP与DasR互作以调控细菌生长、发育和抗生素合成｜项目文章

本研究揭示了c-di-AMP与感应N-乙酰葡萄糖胺（GlcNAc）调节因子DasR的结合，表明c-di-AMP和GlcNAc信号之间存在直接关联。GlcNAc不仅在细胞表面结构中扮演基础性角色，还作为一种调控从细菌到人类多种细胞过程的主要营养物质和信使分子。研究还表明，增加的c-di-AMP水平能够变构激活DasR，使其作为GlcNAc利用的主要抑制因子，抑制DasR介导的GlcNAc信号级联反应，并导致红霉素生产菌（Saccharopolyspora erythraea）发育转换和抗生素合成的一致性增强。

2024-05-10 10:07:20 816

原创易基因：cfDNA甲基化组多模式分析早期检测食管鳞状细胞癌和癌前病变｜Nature子刊

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。食管癌（EC）是最常见的胃肠道恶性肿瘤之一，食管鳞状细胞癌（ESCC）是EC的主要组织学亚型，约占新EC病例的88%，大多数发生在东亚和中亚。与晚期ESCC的预后极差相比，早期ESCC（如黏膜内ESCC）和前体病变（如上皮内瘤变，IEN）可以通过内镜下整块切除术实现近100%的五年疾病特异性生存率，从而无需系统性治疗。因此检测早期食管鳞状细胞癌（ESCC）和癌前病变对于提高生存率至关重要。

2024-05-09 10:18:23 299

原创易基因： ChIP-seq揭示H3K27me3去甲基化酶在体细胞重编程调控转录机制｜项目文章

2020年10月8日，中国科学院广州生物医药与健康研究院/生物岛实验室秦宝明教授团队和Miguel A. Esteban课题组在Nature Communications杂志发表了题为"JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency"的研究论文，该成果揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程中协同调控转录新机制，深圳易基因提供本研究中的部分测序分析服务。对重编程发挥怎样的作用。

2024-05-07 10:47:58 856

原创易基因：表观遗传修饰在正常和病理条件下大脑发育、成熟和衰老机制中的作用 | 深度综述

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。表观遗传变化是指不涉及DNA序列改变的基因表达变化。这些变化导致建立所谓的表观遗传代码，它决定哪些基因被激活以及何时被激活，从而调控基因表达，并在发育、健康和疾病中发挥关键作用。由于大脑主要由不经历生命周期更新的细胞组成，因此对导致神经元死亡和神经退行性疾病变化特别敏感，尤其是在晚年。本文回顾了在大脑中的主要表观遗传修饰，特别关注那些与发育异常或神经退行性疾病的发生相关和/或衰老相关修饰。DNA甲基化和几种类型的组蛋白修饰（乙酰化、甲基化、磷酸化

2024-05-07 10:45:57 706

原创易基因：Nat Commun：RRBS测序揭示小鼠衰老过程中的DNA甲基化变化轨迹｜研究速递

研究结果表明，在生命的特定阶段存在突然的高甲基化事件：在早至中年（3-9月龄）和中至晚年（15-24月龄）转换期间的两个表观遗传开关，将啮齿动物的生命周期分为三个阶段，这些非线性的甲基化动态主要影响与神经系统相关的基因，并在双价标记的染色质区域富集。n=882（C5原始）n=602（C5验证）。为了验证衰老过程中非线性甲基化轨迹的存在，研究人员分析了来自另一个小鼠实验装置的四个年龄的20只雄性C57BL6/J小鼠：3月龄（n=4）、7月龄（n=5）、12月龄（n=5）和27月龄（n=6）。

2024-04-26 17:58:10 726

原创易基因：RNA-seq联合ChIP-seq分析揭示肝脏p53依赖的组织特异性抗辐射机制｜抗性研究

运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。X光照射的小鼠和年龄匹配的未受照射的对照小鼠在笼中保持3h。与X-射线的结果一样，多柔比星处理后，在肝脏和脾脏的Cdkn1a、Bbc3和Mdm2基因的反应元件上检测到p53的占据，Alb基因的一个区域被用作阴性对照。

2024-04-24 14:45:52 566

原创会议预告 | 易基因与您相约2024中国衰老科学大会（附日程）新品首发

中国细胞生物学学会衰老细胞生物学分会中国遗传学会衰老遗传学分会中国生物物理学会衰老生物学分会中国生理学会衰老与健康专业委员会中国老年医学学会基础与转化医学分会中国老年学和老年医学学会老年病学分会中国老年学和老年医学学会抗衰老分会中国衰老标志物研究联合体。本次大会以“解码衰老”为主题，旨在汇聚全球科研精英，共同探讨衰老科学的前沿话题，深入分析器官衰老的分子细胞机制，以及衰老相关疾病的预防与治疗策略。由中国细胞生物学学会衰老细胞生物学分会等单位联合主办，瓯江实验室、温州医科大学老年研究院等共同承办的。

2024-04-22 10:24:37 362

原创易基因：ChIP-seq等组学分析揭示猪肝脏组织的H3K27ac状态和基因表达遗传调控｜动物育种

通过与之前研究中的H3K27ac峰值比较，验证了这些峰值的真实性。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。

2024-04-19 10:25:50 568

原创易基因： MeRIP-seq揭示lncRNA甲基化通过lncRNA-miRNA/蛋白质轴抑制胃癌干细胞凋亡｜文献解读

长链非编码RNA（lncRNA）在胃癌的肿瘤发生中起着至关重要的作用。然而，lncRNA甲基化对胃癌干细胞（GCSC）的影响尚不清楚。

2024-04-17 12:05:06 693

原创易基因：ENCODE和modENCODE联盟的ChIP-seq实验设计指南和注意事项｜干货

全基因组ChIP实验的目标是定位整个基因组中具有最大信噪比和完整性目标蛋白的结合位点。ChIP-seq的基本流程如图1A所示。用化学试剂处理细胞或组织，使蛋白质与DNA共价交联。然后是通过细胞破碎和超声处理，或是酶解（某些情况），将染色质剪至100-300bp大小。再通过靶向该因子的特异性抗体纯化目标蛋白（转录因子、组蛋白修饰、RNA聚合酶等）及其结合DNA，相对于起始染色质进行富集。另外，也可以生成表达表位标记因子的细胞系，并通过表位标签免疫沉淀融合蛋白。

2024-04-15 09:33:52 910

原创易基因：肝脏DNA甲基化分析揭示表观遗传衰老对异生素代谢和转运基因的影响｜研究速递

为助力适用低起始量DNA样本（5ng）量多维度甲基化分析，易基因开发了富集覆盖CpG岛、启动子、增强子、CTCF结合位点的甲基化靶向基因组测序方法：extended-representation bisulfite sequencing（XRBS），实现了高灵敏度和微量样本复用检测，使其具有高度可扩展性，并适用于有限的样本和单个细胞基因组CG位点覆盖高达15M以上。展示了在Cyp2d9和Cyp1a2基因的最显著差异甲基化位点（a-DMS）上，随着年龄的增长，DNA甲基化的变化情况。（每个年龄组n=12）。

2024-04-09 14:08:02 958

原创易基因： Kidney Int：RRBS等揭示HOXA5基因高甲基化在肾纤维化中的作用｜国人佳作

HOXA5基因的DNA甲基化导致的表达丢失是肾脏疾病纤维化的一个重要机制，通过诱导JAG1和激活NOTCH信号通路来促进纤维化。该技术显著提高了高CpG区域的测序深度，在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域可以获得高精度的分辨率，是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。”的研究论文，研究了HOXA5基因在肾纤维化中的作用，特别是其启动子区域高甲基化如何导致HOXA5表达丢失，进而影响JAG1表达和NOTCH信号通路，从而促进肾纤维化发展。

2024-04-03 09:47:25 401

原创易基因：NSUN2介导的m5C RNA甲基化在视网膜母细胞瘤进展中的重要作用 | 科研速递

的研究论文，探讨了NSUN2介导的m5C RNA甲基化如何通过促进磷酸核糖甲酰甘氨酸脒合酶（phosphoribosylformylglycinamidine synthase，PFAS） mRNA的稳定性和表达来影响视网膜母细胞瘤（RB）的进展。显著性由不成对的两尾学生t检验确定**p

2024-03-28 09:46:40 270

原创易基因： MeRIP-seq等揭示病原体诱导的m6A甲基化修饰动态调节植物免疫｜抗性研究

A-D) m6A缺失背景下mRNA丰度显著变化的转录本的平均堆叠定位：在14天大的幼苗中，Col-0（黑色）、mta（红色）、增加丰度（虚线）和减少丰度（实线）的转录本在flg22处理前后的分布情况。这些数据显示了m6A标记在转录本中的定位以及在m6A缺失背景下丰度变化的转录本的分布模式。F）在这些低甲基化转录本中，GO富集显示，在暴露于flg22之前，在免疫和防御相关显著富集，而在处理后，在发育、生长和细胞过程富集，这表明，在对病原体信号的响应中，m6A修饰在与防御和生长权衡相关的转录本中特异性富集。

2024-03-26 10:00:05 554

原创项目文章 | WGBS+RNA-seq揭示松材线虫JIII阶段形成过程中的DNA甲基化差异

这种微观线虫具有复杂的生命周期，具有植食性（以植物为食）和菌丝体（以真菌为食）的发育阶段，以及不同的生命周期，包括繁殖和扩散周期（图1A）。全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基（C碱基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。易基因全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶，在超声波打断基因组DNA片段的两端连接接头序列，连接产物通过重亚硫酸盐处理将未甲基化修饰的胞嘧啶C转变为尿嘧啶U，进而通过接头序列介导的 PCR 技术将尿嘧啶U转变为胸腺嘧啶T。

2024-03-22 10:33:48 885

原创易基因：MeRIP-seq揭示m6A修饰在肺动脉高压(PAH)发病机制中的潜在作用和新治疗靶点｜项目文章

N6-甲基腺苷（m6A）是一种丰富的内源性化学修饰，对RNA的剪接、翻译、定位和稳定性起着关键作用。易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的PPI分析、候选基因的m6A修饰可视化展示。

2024-03-20 09:54:59 618

原创易基因：人类大脑的单细胞DNA甲基化和3D基因组结构｜Science

大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。高通通量表观基因组分析技术可用于阐明大脑中细胞复杂性的基因调控程序。5'-甲基胞嘧啶 (5mCs)是哺乳动物基因组中最常见的修饰碱基，大多数5mCs发生在胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸（CpGs）上。CG差异甲基化区域 (DMRs)通常是顺式调控元件（CREs）的标志。在脊椎动物的神经系统中，5mCs也在非CpG（或CH，H=A、C或T）中被大量检测到。CG和CH甲基化（mCG和mCH）在大脑发育过程中高度动态变化，并表现出细胞类型特异性。mCG和mCH

2024-03-18 09:36:47 995

原创易基因：基于亚硫酸盐测序的交集时钟揭示人类胚胎发生过程中年轻化事件 | 甲基化年龄

而植入后样本的表观遗传年龄较低。进一步研究了primed（重编程细胞，早期植入后阶段）和naïve（未重编程细胞，植入前阶段）诱导多能干细胞（iPSCs）的表观遗传年龄，并观察到在所有情况下，primed细胞的表观遗传年龄显著低于naïve细胞。(j、l、n) 图表展示交集时钟对不同数据集（Datasets6–8）的naïve细胞（重置细胞、HNES1细胞）和primed（常规PSCs，primed HNES1细胞，代表植入后外胚层）胚胎干细胞（ESC）样本的平均预测年龄（表观遗传年龄）。

2024-03-15 11:29:24 847

原创易基因项目文章：单细胞转录组测序揭示光疗通过脑膜淋巴系统改善AD和衰老｜Nat Commun

Smart-seq2技术有较好的覆盖范围，可检测到稀有转录本，无需额外的专业设备，应用范围较广，可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题，是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具，极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。2015年，位于硬脑膜的脑膜淋巴管（meningeal lymphatic vessels，mLVs）被发现，构成了广泛的淋巴引流网络，以清除大分子废物和炎症介质，直接免疫细胞转运，并协调中枢神经系统（CNS）的免疫反应。

2024-03-13 09:28:55 826

原创易基因： WGBS+ChIP-seq揭示食管癌的细胞类型和癌症特异性表观遗传调控｜Genome Biol

对21个ESCC组织、5个非恶性食管鳞状（NESQ）组织、12个EAC/GEJ肿瘤组织和7个非恶性GEJ（NGEJ）组织在内的两种不同食管癌亚型及其相应的非恶性组织，共计45例食管样本的WGBS数据进行分析，并开发一种新的sequence-aware方法鉴定大范围的PMD，揭示肿瘤样本中PMD甲基化水平和基因组分布的高异质性。通过在这些DMRs中进行结合motif分析，展示了细胞类型特异性转录因子HNF4A维持了其在正常细胞中产生的结合位点，同时在食管腺癌中与新的合作伙伴如FOSL1共同建立新的结合位点。

2024-03-12 10:24:40 380

原创易基因：妊娠期母体甲基供体摄入对IUGR猪模型回肠DNA甲基化和功能影响｜项目文章

比较MET_IUGR组和MET_NBW组时，DMC位于X染色体上，有5864个高甲基化和3434个低甲基化DMC（图4B和D），结果表明补充MET后回肠甲基化水平增加。与MET_NBW组相比，MET_IUGR组的基因甲基化状态降低，低甲基化基因在分子功能类别中倾向于在钙铁结合中富集，在细胞成分类别中倾向于在细胞表面基因中富集（图5B）。在MET_IUGR组和MET_NBW组中，共有1887个甲基化基因被鉴定为差异表达基因，其中包括CON_IUGR组中的1233个高甲基化基因和1406个低甲基化基因。

2024-03-06 09:46:27 877

原创易基因｜ChIP-seq在植物蛋白质-DNA互作研究中的主要应用

着丝粒序列通过串联重复存在大量的拷贝，如卫星DNA和反转录转座子，在不同的物种中，甚至亲缘关系相近的生物体中，都会存在着很大的差异，其高度保守的功能与其表观遗传特征有关，比如植物中的组蛋白H3变异CENH3，Guo等人(2016)利用CENH3特异性抗体进行ChIP-seq，发现了小麦4DS染色体新着丝粒中存在的异位基因组序列。从ChIP-seq数据中搜索结合位点的共同基序可能会识别出TF的顺式调控元件，例如PRRs和PIFs的G-box (CACGTG)，CCA1的EE (AAATATCT)。

2024-03-05 09:48:56 889

原创易基因：NAR：RCMS编辑系统在特定细胞RNA位点的靶向m5C甲基化和去甲基化研究｜项目文章

本研究作者开发了一种基于CRISPR-Cas13d的编辑系统，名为重编程m5C修饰系统（reengineered m5C modification system，简称RCMS），用于特定转录本中的靶向m5C甲基化和去甲基化。研究揭示了RCMS的广泛功能，允许在跨RNA靶标中进行精确的位点特异性m5C掺入或去除。G-I. 使用dCasRx-NSUN2编辑器在NSUN2-/-细胞系中靶向m5C甲基化后，利用深度序列HiTOM分析tRNAVal的m5C38、m5C48和m5C49位点的m5C比率（n=3）。

2024-03-05 09:45:10 991

原创易基因：DNA甲基化及组学测序在斑马鱼中的科学研究成果

本期易基因聚焦DNA甲基化在斑马鱼中的相关科学研究成果，并就DNA甲基化研究及多组学分析思路进行总结，一起来看看吧！

2024-02-29 10:16:21 855

原创易基因：ChIP-seq等揭示FoxO1增加SMC4转录和METTL14介导m6A修饰以促进卵巢癌发展 | 肿瘤研究

卵巢癌（Ovarian cancer，OC）是影响女性生殖系统的三种常见恶性肿瘤之一。转录因子Forkhead box蛋白O1（FoxO1），又称forkhead横纹肌肉瘤（rhabdomyosarcoma）转录因子，属于Forkhead box O（FoxO）转录因子家族，处于肿瘤分子调控网络的中心。大量研究表明，FoxO1失衡与肿瘤发展、侵袭和转移的病理过程密切相关。然而，关于FoxO1在OC中的作用没有统一的结论。

2024-02-29 10:11:45 955

空空如也

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