BioPython读取FASTA文件保留header中空格的方法

问题

最近开始学习使用Biopython这个工具包，非常方便地可以处理一些序列文件。最近用Bio.SeqIO模块进行读取fasta文件到字典中的时候发现一个问题，如果你的fasta文件>开头的那一行header中含有空格的话，该行内容以键存到字典里，这个header会被从第一个空格的地方截断，比如原本的文件是这样的：

>Header1 this is the sequence name

读进去之后可能就变成了

>Header1

解决办法

使用description。如：

nucl_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(input_file,"fasta"), key_function = lambda rec: rec.description) #keep whitespace in FASTA header