法1
首先在官网下载安装包:
我这时候的版本是:cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz
切换到安装包所在目录,执行:
gzip -d cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz
tar -xvf cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar
进入解压好的文件夹,进行编译(make),这里有时候会报错:
In file included from cdhit-common.c++:28:0: cdhit-common.h:39:9: fatal error: zlib.h: No such file or directory #include<zlib.h>
这是因为缺少了zlib.h头文件,安装即可:
apt-get install zlib1g-dev
然后再进行编译
再进入cd-hit-auxtools进行编译
执行的时候使用,就可以了,其他参数,查看官网即可
./cd-hit-est-2d -i 输入文件 -o 输出文件
法2
直接用sudo apt-get install cd-hit
安装