代谢组数据分析七:溯源分析
微生物群及其代谢产物在维持人类健康与疾病发展中扮演着至关重要的角色。然而,深入了解微生物组和代谢物之间错综复杂的相互作用一直是一个具有挑战性的任务。尤其是在研究肠道代谢物时,确定代谢物的来源——是源自肠道微生物的代谢活动还是宿主自身的代谢过程——是一个无法回避的关键问题。
为了应对这一挑战,Yu, Gang等人于2022年发表了一项重要研究[@yu2022metorigin],其中介绍了一个能够区分微生物和宿主代谢物的创新工具。该工具的核心是一个经过人工验证的代谢物数据库,该数据库根据代谢物的来源进行了分类,包括:
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微生物独有的代谢物:这些代谢物仅由肠道微生物产生,是微生物群落活动的直接标志。
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宿主独有代谢物:这些代谢物由宿主自身代谢产生,反映了宿主自身的生理状态和代谢活动。
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两者都可以代谢的代谢物:存在一部分代谢物既可以由肠道微生物产生,也可以由宿主自身代谢生成,它们可能在微生物-宿主互作中起到桥梁作用。
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其他类型(未知):还有部分代谢物的来源尚未明确,需要进一步的研究和探索。
值得注意的是,该工具目前没有提供R版本,用户需要访问其官方网站来使用。本教程旨在指导用户如何准备网站所需的输入文件,以便能够顺利利用这一工具进行代谢物来源的区分分析,从而增进对微生物组和宿主代谢物之间相互关系的理解。
加载R包
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