文章MSM_metagenomics（一）：介绍

介绍

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用于复现Huang et al. [@huang2024establishment]研究分析的计算工作流程，所有复现数据和代码见WX公zhong号：生信学习者。

目录

• 累积分布函数Read质量检查：Reads quality inspection with cumulative distribution function
• Alpha多样性分析：Alpha diversity analysis
• Beta多样性分析：Beta diversity analysis
• 共现分析：Co-presence analysis
• 复杂热图绘制：ComplexHeatmap plotting
• 分组马赛克图：Make mosaic plot
• 机器学习分析：Machine learning analysis
• 偏差图、UpSet图、棒棒糖图：Deviation plot, UpSet plot, Lollipop plot

数据

大家通过以下链接下载数据：

• 百度网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1f1SyyvRfpNVO3sLYEblz1A
• 提取码: 请关注WX公zhong号_生信学习者_后台发送 复现msm 获取提取码

用法

提供了两种类型的实用工具：1) Python脚本；2) 可导入的R函数。

1. Python脚本是封装好的代码，用于执行特定的分析。

2. 可导入的R函数是包装好的R代码，用于解决特定问题，只需导入它们的脚本即可重用

可视化R包

可视化用到的R包

• ggpubr

• ComplexHeatmap

结果图片