科研绘图系列:R语言TCGA分组饼图(multiple pie charts)

介绍

在诸如癌症基因组图谱(TCGA)等群体研究项目中,为了有效地表征和比较不同群体的属性分布,科研人员广泛采用饼图作为数据可视化的工具。饼图通过将一个完整的圆形划分为若干个扇形区域,每个扇形区域的面积大小直接对应其代表的属性在整体中的占比。这种图形化的展示方式不仅使得数据信息的传递更为直观,而且便于观察者快速识别和比较不同属性在群体中的相对重要性。饼图的这种特性,使其成为科研领域中一种非常有效的数据展示和比较手段。表征群体的不同属性,我们一般会采用多个饼图。

加载R包

knitr::opts_chunk$set(warning = F, message = F)
library(tidyverse)
library(data.table)
library(patchwork)
library(ggpubr)

导入数据

数据可从以下链接下载:

  • 百度云盘链接: https://pan.baidu.com/s/1M4vgU1ls0tilt0oSwFbqYQ

  • 提取码: iuqe

dat <- read.csv("./inputdata/48-multiple-pies.csv")

数据预处理


                
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TCGA(The Cancer Genome Atlas)是一个大规模的癌症基因组项目,它为研究人员提供了丰富的癌症基因组和临床信息。R语言是一种流行的统计分析和数据可视化工具,广泛应用于生物信息学和癌症研究领域。 在R语言中进行TCGA生存分析,首先需要下载TCGA数据集。可以从TCGA官方网站或使用相关的R包(如“TCGAbiolinks”、“RTCGA”)下载数据。下载完成后,可以使用R语言加载数据,并利用生存分析方法来研究患者的生存情况。 生存分析的目的是评估一个特定群体的生存概率,并确定可能影响生存的因素。常用的生存分析方法包括Kaplan-Meier曲线和Cox比例风险模型。 在R语言中,可以使用“survival”和“survminer”等包来执行生存分析。首先,可以使用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,根据不同的组别(例如基因表达的高低)比较生存情况。接下来,可以使用Cox比例风险模型来评估各种因素对生存的影响,以及它们的相对风险。 除此之外,还可以使用R语言进行生存分析的其他扩展和应用。例如,可以进行生存预测和分类器构建,通过基因表达数据预测患者的生存风险,并构建分类器将患者划分为不同的生存组。 综上所述,R语言提供了丰富的工具和包来进行TCGA生存分析。这些工具可以帮助研究人员对癌症数据进行生存分析,并提取患者的生存信息,以了解癌症发展的潜在机制和生存预测。

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