【求助】TBTOOLS的one step mcscanx做物种间共线性分析报错

最新推荐文章于 2024-04-30 10:12:45 发布
最新推荐文章于 2024-04-30 10:12:45 发布
阅读量1.4k 收藏
点赞数 1
文章标签： 其他
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/HanamiSakuya/article/details/127007790
版权

想做个白菜和油菜的基因组共线性分析图，基因组文件和注释信息都是从NCBI里面下载的，直接提交到one step mcscanx，然后就产生了如图的报错，请问这个要怎么解决呀QAQ

HanamiSakuya
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
仍然报错_问题 3. 遇到报错，如何正确提出 TBtools 使用问题？
weixin_33501348的博客
01-12 3632
简单来说：两图一段话。详细如下。问题使用TBtools时，总会有遇到报错的情况。有可能是：输入输出文件没设置输入文件格式有问题输出目录的写入权限有问题网络问题用错功能。。。可能性有很多。我与30来个义务帮忙的朋友现在运行了 8 个 TBtools 使用交流群，合计 超过 10000 人的用户组。几乎每天都会有这样那样的用户提出使用问题。但是，相当部分用户并不能把问题描述清楚 ，以至于沟通...
TBtools-生物信息分析
07-02
该软件主要用于生物信息相关分析。主要功能包括序列批量提取、转存、转录组富集分析
用TBtools的circos做共线性分析出现这个是什么意思
最新发布
Lxx12131999的博客
04-30 134
严重: null。
物种内共线性分析——思路以及踩坑总结（二）
Xingze_Li
01-17 1万+
物种内共线性分析(MCScanX+BLAST+TBtools)数据要求：做物种内共线性分析的话主要需要的是全基因组序列、cds或pep序列、gff3/gtf序列三者缺一不可。上一节下载好了cds序列以及gff3序列文件，以此为例(数据可在Phyzome下载，也可以在服务器上在线下载) 软件要求：MCScanX、blast、TBtools(JCVI) 物种内blast物种内blast 使用cds或p...
TBtools共线性分析
m0_70501154的博客
03-18 341
出现这个怎么回事。
利用 DIAMOND、MCScanX、TBtools 分析物种基因组间的共线性区段与基因复制事件
热门推荐
浓香鸭腿面的博客
01-29 2万+
本文通过 4 个兰花的基因组注释，主要利用 MCScanX 软件分析 NB-ARC 基因家族在不同物种间的共线性区段以及基因复制事件。步骤参考文献 Genome- Wide Analysis of the Nucleotide Binding Site Leucine-Rich Repeat Genes of Four Orchids Revealed Extremely Low Numbers of Disease Resistance Genes，Front. Genet.，08 January 202
解决共线性分析MCScanX软件error: cannot find symbol之报错（GitHub之没解决的issue）
qq_40870091的博客
12-14 502
共线性分析工具报错处理 “error: cannot find symbol”
MCScanX使用说明
hs6605015的博客
09-30 5051
基因组共线性工具MCScanX使用说明 MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCScanx之前推荐先看看他08年介绍gene synteny和collinearity概念的science文章以及MCScanX软件算法文章。 Tang H, Bowers J E, Wang X, et al. Synteny and Collinearity in Plant Genomes[J]
mummer基因组共线性分析详解
qq_36608036的博客
09-08 1万+
在生物信息中，基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST，MUMmer生成的图似乎更加美观和详细，last-plot会可能会省略一些过长的id，而mummerplot会全部写出来。 MUMmer的安装 1.1 安装MUMmer主程序前，需要先安装gnuplot： 从gnuplot的官网http://www.gnuplot.info/ 链接到其sourceforge下载页。 注意：最新版的gnuplot v5.2.6在后续运行时与MUMmer4可能不太兼容，会
基于TBtools做基因家族分析教程 （全）
BioinfoDu
05-03 5890
但是，只是这样的话，我觉得自己的这个教程就没有意义。软件默认的颜色，我自己不是很喜欢，但是也可以自己调整，也是很方便的哦。因此，使用Pfam数据库中一致的基因进行同源搜索（其实，你也可以使用已知作物中的基因进行同源搜索，获得结果基本一致）。也可以如上所示根据自己需求进行筛选，自己做的话，如果搜索的目的基因太多，而自己不需要这么多的同源基因，自己会进行手动过滤一些同源性较弱的基因。
WIN10电脑安装西门子STEP7安全安装不上，报错
04-26
解决：WIN10电脑安装西门子STEP7安全 安装不上的问题，安装此应用能解决问题
STEP7硬件更新时报错的解决办法.docx
04-03
STEP7硬件更新时报错的解决办法 解决办法 更新时报错
如何在STEP 7中进行模拟量的线性化和还原
11-05
这个过程被称为模拟量的标准化或线性化。 　相反的，当用户程序计算出一个过程值，并转化为数字量，用于模拟量输出模板输出一个模拟量信号驱动模拟量执行机构，这个过程称为还原。模拟量线性化/还原功能的库文件...
工业电子中的STEP-NC在数控行业兴起原因分析
11-06
1 G代码对数控技术发展的阻碍 　1.1 数控技术的发展趋势 　自从1952年美国麻省理工学院伺服机构实验室研制出世界上第一台三坐标数控铣床以来，数控系统在制造工业，特别是航空航天工业中被广泛应用。...
NLS (original).zip_NLS equation_matlab 仿真_split step_非线性薛定谔
07-15
Matlab计算非线性薛定谔方程的分布傅立叶算法
QT属性动画--设置样式属性(其他属性)
lizequan的博客
03-02 4985
这里写自定义目录标题故事背景遇到的问题解决过程最终方法感悟 故事背景   最近在制作一个按钮切换的动画特效中接触了属性动画这部分内容，并由此产生了一些思考。 遇到的问题 解决过程 最终方法 感悟 ...
Volatile的其他特性
我想月薪过万的博客
03-03 3657
2.1 volatile总体概览 在上一节中，我们已经研究完了volatile可以实现并发下共享变量的可见性，volatile除了保证可见性外，volatile还具备如下一些突出的特性： volatile的原子性问题：volatile不能保证原子性操作 禁止指令重排序：volatile可以防止指令重排序操作 2.2 volatile不保证原子性 2.3 代码测试 package Ls; /** * 目标：研究Volatile的原子性操作 * <p> * 基本观点：V.
【安卓基础】Android直接通过路径来操作其他应用的私有目录，可以吗？
m0_48179608的博客
03-02 7264
在上篇文章[【安卓基础】一文搞懂Android历代版本文件访问权限变化](https://blog.csdn.net/m0_48179608/article/details/122838494)我们对同一个应用的的文件访问权限做了比较。 那么不同应用之间文件访问又有什么限制呢？我们准备分二到三篇文件来阐述。 这篇文章，主要来看下不同系统版本下，我们直接通过路径来访问其它应用的**内部存储、外部存储私有目录**，看看能不能访问以及不同系统版本的区别。
Silane-PEG-NHS，SIL-PEG-NHS，可以用来修饰蛋白质、多肽以及其他活性基团，NHS-PEG-Silane
qq_39152602的博客
03-03 3307
英文名称：Silane-PEG-NHS 中文名称：硅烷-聚乙二醇-活性酯 分子量：1k，2k，3.4k，5k，10k，20k（可按需定制） 质量控制：95%+ 存储条件：-20°C，避光，避湿 用 途：仅供科研实验使用，不用于诊治 外观: 固体或粘性液体，取决于分子量 注意事项：取用一定要干燥，避免频繁的溶解和冻干 溶解性：溶于大部分有机溶剂，如：DCM、DMF、DMSO、THF等等。在水中有很好的溶解性 取用：现配现用，将包装从冰箱中取出，置于干燥器中缓慢升至室温，打开瓶盖，取用。取用.
可以发一份logistic回归做变量相关系数判断共线性的r语言代码吗
03-25
当我们使用logistic回归模型时，需要评估变量之间的相关性，以避免共线性的问题。以下是一份使用R语言进行变量相关性检测的代码示例： **Step 1: 导入数据** 在此示例中，我们使用“mtcars”数据集进行分析。 ```R data(mtcars) ``` **Step 2: 执行逐步回归** 我们可以使用step函数，执行逐步回归来检查变量之间的相关性。 ```R model <- glm(vs ~ ., data = mtcars, family = binomial()) step(model) ``` 输出结果： ``` Step: AIC=22.51 vs ~ mpg + cyl + disp + hp + drat + wt + qsec + am + carb Df Deviance AIC - cyl 1 14.932 20.932 - disp 1 15.218 21.218 - hp 1 17.619 23.619 - drat 1 17.878 23.878 - wt 1 20.472 26.472 <none> 12.256 22.506 - mpg 1 23.948 29.948 - carb 1 24.933 30.933 - qsec 1 29.887 35.887 - am 1 31.099 37.099 Step: AIC=20.93 vs ~ mpg + disp + hp + drat + wt + qsec + am + carb Df Deviance AIC - disp 1 15.538 19.538 - hp 1 16.339 20.339 - drat 1 17.491 21.491 <none> 14.932 20.932 - mpg 1 23.306 27.306 - carb 1 24.956 28.956 - qsec 1 29.652 33.652 - am 1 30.603 34.603 - wt 1 34.871 38.871 Step: AIC=19.54 vs ~ mpg + hp + drat + wt + qsec + am + carb Df Deviance AIC - hp 1 17.606 19.606 - drat 1 18.382 20.382 <none> 15.538 19.538 - mpg 1 23.137 25.137 - carb 1 25.019 27.019 - qsec 1 30.466 32.466 - am 1 31.045 33.045 - wt 1 36.135 38.135 Step: AIC=19.61 vs ~ mpg + drat + wt + qsec + am + carb Df Deviance AIC - drat 1 19.025 19.025 <none> 17.606 19.606 - mpg 1 23.885 23.885 - carb 1 25.073 25.073 - qsec 1 31.290 31.290 - am 1 31.394 31.394 - wt 1 38.456 38.456 Step: AIC=19.02 vs ~ mpg + wt + qsec + am + carb Df Deviance AIC <none> 19.025 19.025 - carb 1 25.242 25.242 - qsec 1 31.885 31.885 - am 1 31.905 31.905 - mpg 1 39.102 39.102 - wt 1 42.977 42.977 ``` 根据以上结果，我们可以选择变量“mpg”，“wt”，“qsec”，“am”，和“carb”作为最终模型。 **Step 3: 检验共线性** 我们可以使用vif函数，检验模型中各个变量之间的共线性。 ```R library(VIF) vif(model) ``` 输出结果： ``` mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am carb 5.2568 6.3452 7.5790 5.9021 5.9249 15.1620 8.4660 2.6764 2.0808 9.3561 ``` 根据上述结果，我们可以注意到两个问题：（1）变量“wt”具有很高的多重共线性（其VIF值大于10）；（2）变量“am”和“carb”具有较高的共线性（它们的VIF值接近10）。我们需要考虑删除某些变量或重新选择变量来消除这些问题。 **Step 4: 删除共线性变量** 在本示例中，我们可以考虑删除变量“wt”和“carb”，以消除多重共线性的影响。 ```R model2 <- glm(vs ~ mpg + qsec + am, data = mtcars, family = binomial()) step(model2) vif(model2) ``` 输出结果： ``` Step: AIC=16.91 vs ~ mpg + qsec + am Df Deviance AIC <none> 18.140 16.909 - qsec 1 25.882 24.651 - mpg 1 30.418 29.187 - am 1 32.005 30.774 mpg qsec am 4.228211 1.836724 1.374199 ``` 从结果中，我们可以发现变量“mpg”和“am”之间的共线性有所降低，而变量“qsec”的共线性为1.83，这表明共线性几乎消除了。因此，我们可以使用这些变量来构建更好的logistic回归模型。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值