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RSS订阅原创 【DMol3经典课程】两位DMol3资深用户为大家准备的饕餮大餐
上海理工大学。多年来一直从事低维材料第一性原理与分子动力学计算研究工作，主持和参与多项国家自然科学基金、上海市科委基础科研、企业横向项目等，熟悉多种分子模拟计算方法和软件，并具有较强的脚本编写能力，在《J. Catal.》、《ACS Appl. Mater. Interfaces》、《Chem. Eng. J.》、《Compos. B. Eng.》等学术期刊以第一作者或通讯作者发表SCI论文十余篇。
2023-07-13 15:23:00
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原创 【CASTEP王炸课程】第二轮通知，李明宪亲授6天
台北市人，服务于淡江大学物理学系、并同时在台湾大学材料科学与工程学系兼课。1990 本科毕业于淡江大学，获物理与数学双主修学士学位（共修业六年）；1991留学英国，受业于Volker Heine教授门下；1995 获剑桥大学博士学位，并释出第一代CASTEP赝势资料库，附随MSI 公司Cerius2软件全球发行，使用CASTEP已 30 逾年。为Materials Studio CASTEP Psudopotential资料库的主要作者，自 1995起至2015发展了共四个世代；
2023-07-13 15:19:15
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翻译 Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） 创建2D QASR模型
若事先没有计算过化合物的2D性质，则在Calculable Properties栏中选择需要计算的性质。如果能够搜集到一系列结构类似物的生物活性数据，则可以采用。由于本教程不使用文献报道的理化参数（W，1ΧR，J）作为构建QSAR模型的参数，所以需要使用DS来计算训练集化合物的其他理化性质。的方法流程有全面的了解，不采用文章中所使用的理化性质作为构建构效关系模型的参数。
2022-12-13 15:05:31
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原创 如何使用Discovery Studio进行反向找靶
反向找靶又被叫做靶点垂钓（Target Fishing）目前，通过计算机辅助进行反向找靶主要有三种方法：反向分子对接（Inverse Docking）、药效团模型搜索（Compound Profiling）及基于配体分子相似性分析（Lignad Similarity Search）。这三种方法可以实现反向筛选以搜索小分子药物的未知靶标、非预期靶标或二级靶点。这三种不同的计算方法是互补的，可以相互结合使用。相比之下，形状和药效团筛选更简单、更快捷，而反向对接更复杂、更慢。我们将在以下部分中详细介绍这三种方法。
2022-11-10 11:55:00
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翻译 Discovery Studio | 构建基于受体结构的药效团模型（SBP）
SBP方法首先通过对活性部位的分析产生特征相互作用图（feature interaction map），特征相互作用图用于反映可能的配体与蛋白之间的合理的相互作用，接着通过特征相互作用图产生药效团模型，进一步利用药效团模型发现潜在的活性化合物。蛋白活性位点处药效团模型共由18个特征元素表征，特征元素的选取是基于观察到的配体和蛋白间相互作用，以及从单一蛋白结构得到的作用。CTRL-选取donor feature44，63，75，76，94，101，107，141，198，207，单击工具面板中的。
2022-11-09 11:43:55
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翻译 【无标题】
柔性分子对接是指在对接过程中，蛋白的侧链和配体分子构象都可以自由变化，多用于精确考查分子间的结合模式，但由于计算量和计算时间的缘故，在实际应用中，一般只将活性位点处残基侧链定义为柔性，可以考虑其构象的改变。此外，结合位点也已识别，窗口中只显示该结合位点周围的8个残基及其相应的残基名，在对接过程中将会考虑这8个残基的侧链柔性，上述8个残基已被定义为一组并命名为1s1x_res8，系统视图中已显示。在表格视图中，将第一个1fk9_lig对接构象的visible勾选上，让其显示在分子视图窗口中。
2022-11-08 15:02:48
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翻译 Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） 预测突变形成二硫键改造蛋白质
比如一个稳定的二硫键的位置应该符合以下条件：能量变化小于5、过近接触为0、温度因子变化大于20、氨基酸间隔大于25、氨基酸埋藏深度在3和8之间、体积变化在25至50之间、理想环境在Coil-Coil之间、Chi3角度变化小于20.Predict Disulfide Bridges工具尝试建立二硫键在一对氨基酸之间，保持它们之间的最好的几何空间距离，同时下列因素可能影响建立二硫键的稳定性，比如立体位阻、可溶剂表面积、氨基酸埋藏深度、体积改变、序列间隔、温度因子变化等。然而稳定的突变位点不仅仅由空间距离决定。
2022-11-08 14:50:02
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翻译 预测蛋白质序列性质（PTM、抗原表位、亲水疏水性等）
这两个窗口可以交互式对应，如在下图右侧窗口中选中相应sequence feature，则左侧窗口中相应序列即被选中。文件，将文件中的冒号改为"_"，将文件中的"|"改为空格，在写字板中删除轻链(L)部分。作业完成后，展开作业浏览器（Jobs Explorer）中该任务并点击Report链接，在Html窗口中打开Report页面。该表格中显示了该蛋白序列中预测出的19个sequence feature及每个feature所对应的序列。参数，若无法提供，则该参数空着即可。文件，双击打开在分子窗口中显示。
2022-11-08 14:39:34
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翻译 Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） 可视化分子对接非键作用
最终过滤得到19个对接构象，这19个对接构象满足以下条件：是每个配体分子对接结果中-CDOCKER_INTERACTION_ENERGY最高的对接构象，和ILE274可以形成疏水作用，和SER67可以形成氢键作用。在基于结构的药物设计过程中，识别和优化配体分子和受体分子间的相互作用是一个基本过程，因此，全面细致的分析非键相互作用非常关键。打开一个个分子窗口和图形窗口，分子窗口中包含了所有的共500个对接构象及相应的非键相互作用信息，图形窗口中含有一张相互作用热图（图5）。
2022-11-08 14:25:55
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翻译 Discovery Studio（Help-Tutorials） 定义蛋白活性位点以进行分子对接
每一个找到的结合位点都由绿色的点（Binding Site）和一个红色的球（SBD_Site_Sphere）构成，绿色的点显示了空腔所在的位置和空腔形状，并被红色的球体所囊括。寻找结合位点有两种方法：在受体空腔中寻找结合位点和在指定位置寻找结合位点。注：该方法也可以选择任意原子或体系来进行结合位点的定义，如复合物晶体结构中自带的小分子配体等。在系统视图（Ctrl+H）中展开1kim，将上述步骤产生的9个位点全部选中，然后点击键盘上的。，最大的可能的结合位点被展示在图形视图中（图2）。
2022-11-08 14:01:49
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翻译 Discovery Studio（Help-Tutorials） 使用MCSS进行基于片段的分子对接
故为了更加准确的确定配体分子中相应的片段（基团）在靶标结构中结合位点处的正确位置（position），可以采用基于片段的药物设计方法（Fragment based drug design）。采用此方法，分子片段先被随机放置在结合位点中，然后程序采用CHARMm对这些随机片段进行能量优化以找到最适的片段位置。结果中，对接的片段与布洛芬的晶体结构可以很好的叠合，这表明MCSS可以准确找到疏水片段（isopentane）以及亲水片段（isobutyric acid）在受体结合位点中的位置。
2022-11-08 13:53:14
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翻译 Discovery Studio（Help-Tutorials） 采用QMMM的方法对配体结构在活性位点中进行优化
我们在接下来的QM/MM优化中只优化配体的空间结构，而保持金属蛋白的构型固定。在这里，我们默认晶体中金属蛋白的位置是准确的，而CDOCKER得到的配体位置还需要refine，我们就沿用半柔性对接的思想，在QM/MM优化中，将金属蛋白的位置固定，而只优化配体的构型。在Report.htm的Summary中，我们可以分别看到QM区域，MM区域的能量以及QM与MM区域之间的相互作用能，点击Output Files中的Output Molecules，查看QM/MM优化后的配体结构。(QM 区域的总电荷数)。
2022-11-08 13:16:55
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翻译 Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） 药物毒理学性质预测及结果分析
模型，所得结果Probability of Biodegradability是一范围，为0到1数值，数值大于0.7则表示该小分子化合物可以被好氧微生物降解，数值小于0.3则表示该小分子化合物无法被好氧微生物降解，数值位于0.3-0.7之间则无法确定。其中Page1（图4）显示了该化合物所有预测的性质汇总及化合物的简单属性，Page2-5（图5）分别显示的是各预测模型所提供的详细数据。本教程主要介绍了在Discovery Studio中如何进行小分子化合物毒理学性质的预测，以及预测结果的分析。
2022-11-08 12:05:47
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翻译 Discovery Studio（Help-Tutorials） 预测蛋白质聚集、水溶性、粘度、可开发性等性质
这会导致抗体的活性下降，并引起免疫反应。一个注释窗口被创建出来，指向Site 1的中心，并注明了组成Site 1的所有氨基酸以及每个氨基酸相应的蛋白聚集趋势得分。计算完成之后，窗口中的蛋白结构将会自动更新，显示为带有计算完成的蛋白聚集趋势得分的结构。通过计算和分析蛋白聚集趋势得分和蛋白聚集位点，我们可以找到蛋白表面上聚集趋势得分比较高的氨基酸，并在实验中通过定点突变进行蛋白的改造。聚集位点被定义为一组具有高蛋白聚集趋势得分，且暴露于蛋白表面的毗邻氨基酸的组合，并会在Hierarchy窗口中的。
2022-11-08 11:43:20
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翻译 Discovery Studio | Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD) 进行自由能计算
一个表列出了配体和复合体状态下的平均自由能，以及这些自由能的差值作为平均相对结合自由能，这是对所有位点上模拟核心取代基的第一个配体的自由能的归一化。注：操作方式是，按住Shift，选择4个H原子，然后右键选择GROUP，Define即可，也可以在打开Enumerate Ligands for MSLD程序的情况下（最小化），选中对应H原子，在MSLD site的参数下，选择Creat New Group From Selection。两者都是溶剂化完成热力学循环，这允许计算的相对结合亲和的配体的集合。
2022-11-08 10:39:03
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空空如也
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