预测蛋白质序列性质（PTM、抗原表位、亲水疏水性等）

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中预测蛋白质二硫键的操作过程。

所需功能和模块：Discovery Studio Client，DS Sequence Analysis

所需数据文件：1jfq.fasta

所需时间：1小时

介绍

Predict Protein Sequence功能可基于单一蛋白序列预测并计算如下性质：

• 基于蛋白序列预测蛋白翻译后修饰（PTM）位点：

氧化位点、糖基化位点、水解位点、脱酰胺基位点、裂解位点、天冬氨酸异构化位点

• 基于蛋白序列预测抗体中保守氨基酸残基
• 基于蛋白序列预测抗原表位
• 基于蛋白序列识别半胱氨酸、二硫键中的半胱氨酸的识别（需提供蛋白结构）
• 基于蛋白序列计算生物物理学性质，包括分子量、等电点、净电荷、摩尔消光系数、包涵体表达发生几率；
• 基于蛋白序列预测蛋白亲疏水性、跨膜区。

蛋白质序列的分析预测

首先从RCSB网站下载1jfq.fasta文件，将文件中的冒号改为"_"，将文件中的"|"改为空格，在写字板中删除轻链(L)部分。在文件浏览器（Files Explorer）中，找到1jfq.fasta文件，双击打开在分子窗口中显示。

 图1

在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开Macromolecules| Analyze Sequences，点击Predict Sequence Properties。

流程对应参数在参数浏览器中打开。

Input Sequences设置为1jfg:All。

如有相应蛋白结构，则可设置Input Protein Structures参数，若无法提供，则该参数空着即可。

设置Calculate Biophysical Properties参数为True，用于计算蛋白的分子量、等电点、净电荷、摩尔消光系数、包涵体表达发生几率等生物物理学性质。

点击Annotation Types下拉菜单，可勾选Sequence motifs，基于PROSITE预测蛋白翻译后修饰位点（PTM位点）；也可勾选Conserved amino acids识别出抗体中的保守残基；也可勾选Antigenic regions预测蛋白潜在的抗原线性表位。

点击Motifs参数右侧按钮，弹出对话框。（图2）

可选择不同的翻译后修饰位点类型。

其余参数设置为默认参数，点击Run运行。（图3）

 图2

 图3

点击Background等待作业运行。

作业完成后，展开作业浏览器（Jobs Explorer）中该任务并点击Report链接，在Html窗口中打开Report页面。

结果分析

在Report页面中可以看到Summary一栏显示了所有基于蛋白序列预测计算得到的信息（图4）。

 图4

点击表格中Sequence Features栏的19Features链接，会打开一张表格。（图5）

该表格中显示了该蛋白序列中预测出的19个sequence feature及每个feature所对应的序列。

 图5

在Report页面中点击View Results。

会打开两个窗口。（图6）

其中一个窗口为序列窗口，不同sequence feature对应序列用不同颜色进行标注；另一窗口用色块标注出了所有预测的sequence feature。这两个窗口可以交互式对应，如在下图右侧窗口中选中相应sequence feature，则左侧窗口中相应序列即被选中。

 图6