Discovery Studio（Help-Tutorials） 定义蛋白活性位点以进行分子对接

目的：采用Discovery Studio，以一个蛋白为实例，示范定义受体结合位点的操作过程。

所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client

所需数据文件：1kim.pdb

所需时间：10分钟

介绍

受体结合位点的定义对于分子对接和打分都非常重要。寻找结合位点有两种方法：在受体空腔中寻找结合位点和在指定位置寻找结合位点。

本教程中，会介绍如何寻找并定义结合位点。具体包括：

• 基于蛋白空腔定义结合位点
• 基于指定位点定义结合位点

准备体系

在文件浏览器（Files Explorer）中，找到并双击打开Samples | Tutorials | Receptor-Ligand Interactions| 1kim.pdb。

在分子窗口中将打开一个蛋白质三维结构，该蛋白已经过一定的预处理。

在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开Receptor-Ligand Interactions|Define and Edit Binding Site，点击Define Receptor，将选择的蛋白分子1kim定义为受体分子。（图1）

 图1  定义蛋白为受体

在受体空腔中寻找结合位点

在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开Receptor-Ligand Interactions|Define and Edit Binding Site，点击From Receptor Cavities。

通过寻找的空腔来定义受体中可能的结合部位。

在系统视图（Ctrl+H）中展开1kim。

可以看到识别出9个可能的结合位点（Site1-9），最大的可能的结合位点被展示在图形视图中（图2）。

图2  从受体中寻找结合位点

每一个找到的结合位点都由绿色的点（Binding Site）和一个红色的球（SBD_Site_Sphere）构成，绿色的点显示了空腔所在的位置和空腔形状，并被红色的球体所囊括。

红色的球体为SBD_Site_Sphere，可通过Receptor-Ligand Interactions |Define and Edit Binding Site工具面板下的Show/Hide Site Spheres选择显示与否。

在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开Receptor-Ligand Interactions|Define and Edit Binding Site，点击按钮可以观察不同的Site。

此外，可以通过Receptor-Ligand Interactions |Define and Edit Binding Site工具面板下， Expand或Contract按钮来调大或缩小binding site和SBD Site Sphere的大小。

在指定位置寻找结合位点

在系统视图（Ctrl+H）中展开1kim，将上述步骤产生的9个位点全部选中，然后点击键盘上的Delete予以删除。

在系统视图（Ctrl+H）中展开1kim的链A，选择残基HIS58和VAL70。

在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开Receptor-Ligand Interactions|Define and Edit Binding Site，点击From Current Selection，在HIS58和VAL70处寻找可能的结合部位（图3）。

图3  在指定位置寻找结合位点

注：该方法也可以选择任意原子或体系来进行结合位点的定义，如复合物晶体结构中自带的小分子配体等。

修改活性部位球体半径

单击选中SBD_Site_Sphere球体，点击鼠标右键选择Attributes of SBD_Site_Sphere...，打开SphereObject Attributes对话框，在半径（Radius）选项输入设定的数值，点击OK按钮即可修改球体半径（图4）。

图4  打开Sphere Object Attributes对话框，更改半径大小