bcftools操作vcf文件

根据染色体提取vcf中的信息:

bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_22.gz -O z

解释:

  • 提取金标准变异NA12878.vcf.gz中20、21和22染色体的变异,保存到NA12878.vcf.chr20_22.gz文件中
  • -O z:表示使用压缩形式保存文件

 

提取之后的文件作为其它软件输入时经常需要索引,可按如下建立索引:

bcftools index -t NA12878.vcf.chr20_22.gz

解释:

  • -t:产生TBI格式的索引(如果没有-t选项,默认会产生csi的索引)
  • 命令结束后会产生NA12878.vcf.chr20_22.gz.tbi的索引文件

 

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