bcftools操作vcf文件

根据染色体提取vcf中的信息：

bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_22.gz -O z

解释：

• 提取金标准变异NA12878.vcf.gz中20、21和22染色体的变异，保存到NA12878.vcf.chr20_22.gz文件中
• -O z：表示使用压缩形式保存文件

 

提取之后的文件作为其它软件输入时经常需要索引，可按如下建立索引：

bcftools index -t NA12878.vcf.chr20_22.gz

解释：

• -t：产生TBI格式的索引（如果没有-t选项，默认会产生csi的索引）
• 命令结束后会产生NA12878.vcf.chr20_22.gz.tbi的索引文件