使用bcftools合并vcf过程中遇到的问题与解决方案

最新推荐文章于 2024-08-24 03:00:00 发布

Q.1

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分类专栏：生物信息

本文链接：https://blog.csdn.net/yuqiuwang929/article/details/103732054

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首先因为我的vcf并不是标准的vcf，我用的这些vcf是通过python拼凑了几个call snp软件的结果，所以遇到了各种问题，开帖记录一下。

要对多个vcf文件进行合并，就是标准的压缩，做索引，然后merge：

bcftools view sample.vcf -Oz -o sample.vcf.gz
bcftools index sample.vcf.gz
bcftools merge sample1.vcf.gz sample2.vcf.gz sample3.vcf.gz ... -o merged.vcf

但是第一步就报错了：

[E::vcf_parse_format] Invalid character '.' in 'PL' FORMAT field at chrY:2730114
[E::vcf_parse_format] Invalid character '.' in 'PL' FORMAT field at chrY:2730134
Error: VCF parse error

在这里插入图片描述
提示格式有问题，于是把这两行拿出来看了一下

vcf里P