基于质谱的蛋白质鉴定，第3节：基于MALDI-MS肽指纹图谱的蛋白质质谱鉴定

自从将质谱（mass spec, MS）引入蛋白质分析中以来，肽指纹图谱（peptide mass fingerprint, PMF）分析已成为高通量蛋白质鉴定的首选方法。在肽指纹图谱PMF分析方法中，来自二维凝胶电泳纯化的目标蛋白质，无论是通过酶水解还是化学裂解，最后都是通过质谱技术对所得的肽混合物进行分析。分析得到的肽指纹图谱与通过理论裂解数据库中存储的蛋白质序列而获得的无指纹图谱进行比较，检索得分最高的蛋白质作为可能的候选蛋白质。与其他电离技术（如ESI）相比，MALDI可以容纳分析物混合物中适度的缓冲液和盐浓度，几乎只产生单电荷离子。基于这些原因，MALDI已成为肽指纹图谱PMF分析的首选电离技术。在90年代初期，几个研究小组报告了使用MALDI-肽指纹图谱PMF进行敏感蛋白质谱鉴定。结果表明，准确鉴定蛋白质只需要少量精确测量的肽指纹图谱，并且使用这种技术可以鉴定出凝胶中分离的pmole~fmol量级别的蛋白。网上各类基于PMF的数据库搜索引擎，如MOWSE (http://srs.hgmp.mrc.ac.uk/cgi-bin/mowse), ProfFound (http://prowl.rockefeller.edu/cgi-bin/ProFound), PeptIdent (http://www.expasy.ch/tools/peptident.html) 和PeptideSearch (http://peptsearch.Protana.- com/FR_PeptideSearchForm.html), 很好地说明MALDI-PMF的成功。

将时滞聚焦技术（time-lag focusing）引入MALDI-电子飞行时间（RETOF）-质谱的离子源中，可以更准确地确定肽指纹。肽的质量准确度可高达几ppmÿ