基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析（一）

文章我们介绍了运用非标记定量蛋白质组LabelFree技术研究蛋白互作的背景，接下来我们将分几期，陆续给大家介绍具体的研究方法。本期要介绍到的是基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析。

在试验中使用不同的同位素标记（某些情况下等压标记）是一种行之有效的肽和蛋白质定量方法。通常，分析之前，标记样品和未标记样品是混合在一起的，这时可以通过测量相应的峰值强度来直接确定化合物比率。标记大致可以分成这些共价附着在肽上的标记，包括同位素编码的亲和标签、ICAT或iTRAQ、通过酶反应合成（例如通过胰蛋白酶合成18O）或通过代谢合成（例如在细胞培养中用氨基酸标记稳定同位素）、SILAC等。在蛋白质互作的背景下，标记法通常用于识别非特异性结合的蛋白，也适用于监测调节相互作用。总之，基于同位素标记的技术可获得非常好的分析结果，但由于分析时间长以及按比例缩放到与样本合适的大小的问题等因素限制了此类技术的应用。

非标记定量蛋白质组