生信技能10 - 生物信息分析常用Linux命令集合 (建议收藏！)

已于 2023-03-06 15:12:36 修改
阅读量332 收藏 1
点赞数
分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： linux 服务器 运维
于 2023-02-03 23:15:09 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/128876973
版权
本文汇总了生物信息分析中常用的Linux命令，包括解压压缩、文件权限、查看文件、文件操作、文件切分、文件比较、进程管理、文本排序筛选、sed和awk等高级命令，以及vim编辑器的高级技巧。这些命令对于提高生物信息分析效率至关重要，建议收藏学习。
摘要由CSDN通过智能技术生成

生物信息分析常用Linux命令集合(建议收藏！)

1. 解压和压缩命令

解压一个文件file.tar.gz到指定目录：
# ./表示当前目录
tar -zxvf file.tar.gz -C ./
创建压缩文件

将file1.txt和file2.txt压缩成file.tar.gz

tar -zcvf file.tar.gz file1
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
生信与基因组学
关注
专栏目录
订阅专栏
生信技能16 - 生信分析序列处理常用函数
LittleComputerRobot的博客
03-04 184
生信分析序列处理常用函数
生信技能树linux虚拟机,【生信技能树】Linux练习
weixin_42191480的博客
04-29 644
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9$ tree第一题结果截图二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt$cd 1/2/3/4/5/6/7/8/9$touch me.txt$ls第二题结果截图三、在...
生信技能树linux虚拟机,Linux 20题-生信技能树
weixin_42495394的博客
04-29 557
Linux 20题-生信技能树一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列vip52@VM-0-15-ubuntu:~/test$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9vip52@VM-0-15-ubuntu:~/test$ tree.├── 1│ └── 2│ └── 3│ └── 4│ ...
生信技能树linux虚拟机,生信人的linux考试-生信技能树学习笔记
weixin_32533957的博客
04-29 650
一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。mkdir testcd testmkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txttouch ./1/2/3/4/5/6/7/8/9/me.txttree.└── 1└──...
生信技能树 电脑配置linux,2019-07-23生信Linux20题---生信技能树
weixin_42355311的博客
05-13 217
生信Linux20题-----生信技能树一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。mkdir test1mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txttouch me.txt三、在文本文件 me.txt 里面输入...
生信技能树linux虚拟机,2019-08-21生信技能树Linux20题
weixin_33925126的博客
04-29 835
Linux_20题一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9tree.└── 1└── 2└── 3└── 4└── 5└── 6└── 7└── 8└── 9二、在创建好的文件夹下面，比如我的是/Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txttouc...
【Linux】生物信息学常用命令
2301_76771985的博客
07-02 868
如果搭配>，比如我写cat>file ,（这里如果没有file这个文件，则会自动创建一个名为file的文件）按回车，再输入123，我们发现屏幕上什么也没有，然而根据前面的经验我们知道cat已经输出了123，原因在于>把cat的结果重定向了，重定向顾名思义就是重新定义输出方向，此时cat的输出结果也就是123已经输出到了file文件里面，使用>的效果是覆盖原本文件的内容，或者说是先把原文件内容清空然后再把内容输出进去，要想不覆盖掉文件原本内容应该使用>>,使用方法和>一样，写作cat>>file。
生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装
weixin_43664814的博客
03-15 2957
用于建立 index；基于 BWT 算法，将 reads 比对到参考基因组；最新版本 bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。
RNA-seq分析最全教程（本科结课作业）
weixin_73362123的博客
11-24 3720
本次实操数据来自下面的文章，是量化环境葡萄糖对转录组的影响，比较低糖和高糖环境下胰岛转录组的变化，胰岛来源小鼠。
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
富集分析是生物信息学中的一个关键步骤，用于探索在特定条件下基因集合的功能特性。在R语言中，富集分析提供了强大的工具来解析基因表达数据并揭示潜在的生物学意义。本教程将深入讲解如何利用R进行富集分析，这对于...
生信技能51 - 基于BAM文件的微生物污染分析流程
LittleComputerRobot的博客
07-09 128
提取未比对到人类参考基因组的bam文件，将其比对到微生物参考基因组，根据比对情况查看是否存在污染
生物信息学分析服务器搭建教程,Snakemake搭建生信分析流程-步骤
weixin_42361623的博客
08-13 1821
什么是snakemake官网地址：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/使用snakemake的好处process data with the same pipeline自动生成拓扑图ATAC-seq 基本原理ATAC-seq基本原理image.png每个核小体上可以缠绕146-147bp的DNA,大概缠绕两圈左右，但是在核小体上并不是所有的组蛋白都...
生信技能树 linux下安装bowtie2和使用bowtie2进行初步比对
leianuo123的博客
08-12 6543
linux下安装软件 echo $PATH ##查看路径 echo $PATH|tr ":" "\n"|xargs ls -lh ls -lh /usr/bin 下载安装Bowtie2 首先在root下新建一个Biosoft的文件夹，切换目录到该文件夹 cd Biosoft 再在该文件夹下，新建一个Bwotie2的文件夹 mkdir Bowtie2 下载Bowtie2的网址 wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1
Linux介绍及常用命令
最新发布
小旺的博客
10-16 1083
1969 年，AT&T 公司的⻉尔实验室P MIT 合作开发的 Unix，í在于创建⼀个⽤于⼤型、并⾏、多⽤户的操作系统Unix 的推⼴：从学校⾛进企业Unix 的版本要两个：AT&T System V ——就是俗称的 系统 5linux是一种操作系统1991 年，芬兰赫尔⾟基⼤学的学⽣ Linus Torvals 为了能在家⾥的 PC 机上使⽤与学校⼀的操作系统，开始编写了类 UNIX.
linux逻辑卷扩容增加空间
放荡不羁爱自由
10-13 306
背景是使用vmware虚拟机安装的centos系统，在上面安装了mysql数据库为了测试千万级表模拟数据然后磁盘不够用了需要扩容。
【Linux】解读信号的本质＆相关函数及指令的介绍
YYDsis的博客
10-14 780
一.信号的本质与相关概念1.体现中断的例子：.系统定义的信号列表1.用kill -l命令可以察看系统定义的信号列表2.（ps＆kill＆raise＆abort）进程指令＆信号相关函数【总结】【1】ps指令【2】kill＆raise函数介绍与演示【3】abort函数介绍与演示三.产生信号的四种方式1.通过终端按键产生信号（Core Dump）2.调用系统函数向进程发信号3.由软件条件产生信号4.硬件异常产生信号
【Linux】ioctl分析
目标：MVP
10-14 1100
一个字符设备驱动通常会实现常规的openreleaseread和write接口，但是如果需要扩展新的功能，通常以ioctl接口的方式实现。fill:#333;user spacevfsdriverioctl()ulocked_ioctl()或compat_ioctl()user spacevfsdriver。
Linux动静态库
2301_76197086的博客
10-13 1132
详解Linux系统中的动静态库生成和使用，以及可执行程序运行时与动态库进行动态链接的原理
Linux--firewalld服务
Menimeky的专栏
10-16 964
firewalld是CentOS 7.0新推出的管理netfilter的用户空间软件工具firewalld是配置和监控防火墙规则的系统守护进程。可以实iptables,ip6tables,ebtables的功能firewalld服务由firewalld包提供firewalld支持划分区域zone,每个zone可以设置独立的防火墙规则先根据数据包中源地址，将其纳为某个zone纳为网络接口所属zone纳入默认zone，默认为public zone,管理员可以改为其它zone。
linux生信常用命令
03-01
Linux生信常用命令是在生物信息学领域中经常使用的一些命令行工具，用于处理和分析生物数据。以下是一些常见的Linux生信命令： 1. ls：列出当前目录下的文件和文件夹。 2. cd：切换目录。 3. pwd：显示当前所在的目录。 4. mkdir：创建新的文件夹。 5. cp：复制文件或文件夹。 6. mv：移动文件或文件夹，也可以用于重命名文件或文件夹。 7. rm：删除文件或文件夹。 8. cat：查看文件内容。 9. head：显示文件的前几行。 10. tail：显示文件的后几行。 11. grep：在文件中搜索指定的模式。 12. wc：统计文件中的行数、字数和字符数。 13. sort：对文件进行排序。 14. uniq：去除文件中的重复行。 15. tar：打包和解压缩文件。 16. gzip：压缩文件。 17. gunzip：解压缩文件。 18. wget：从网络上下载文件。 19. curl：通过URL获取数据。 20. find：在指定目录下查找文件。 这些命令只是Linux生信中的一部分，还有很多其他命令可以用于处理和分析生物数据。如果你有具体的需求或者更深入的问题，请告诉我，我可以为你提供更详细的帮助。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

生信与基因组学

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值