生信技能34 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg19参考序列及其索引

最新推荐文章于 2024-07-05 16:38:39 发布
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： bash 数据分析
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版权

1. UCSC文件下载

# 染色体长度文件
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.chrom.sizes
# md5校验文件
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/md5sum.txt
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz

# 检查chromFa.tar.gz完整性
cat md5sum.txt |grep chromFa.tar.gz > chromFa.tar.gz.md5.check
md5sum -c chromFa.tar.gz.md5.check
# 输出OK表示完整

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生信与基因组学
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